[日本語] English
万見
- PDB-1h9r: Tungstate bound complex Dimop domain of ModE from E.coli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9r
タイトルTungstate bound complex Dimop domain of ModE from E.coli
要素MOLYBDENUM TRANSPORT PROTEIN MODE
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ModE complex / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding ...ModE complex / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family ...Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / TUNGSTATE(VI)ION / DNA-binding transcriptional dual regulator ModE / Transcriptional regulator ModE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gourley, D.G. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Oxyanion Binding Alters Conformational and Quaternary Structure of the C-Terminal Domain of the Transcriptional Regulator Mode; Implications for Molybdate-Dependant Regulation, ...タイトル: Oxyanion Binding Alters Conformational and Quaternary Structure of the C-Terminal Domain of the Transcriptional Regulator Mode; Implications for Molybdate-Dependant Regulation, Signalling, Storage and Transport
著者: Gourley, D.G. / Schuttelkopf, A.W. / Anderson, L.A. / Price, N.C. / Boxer, D.H. / Hunter, W.N.
履歴
登録2001年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MOLYBDENUM TRANSPORT PROTEIN MODE
B: MOLYBDENUM TRANSPORT PROTEIN MODE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6525
ポリマ－30,0982
非ポリマー5543
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.230, 73.230, 49.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.125, -0.974, 0.187), (-0.973, -0.157, -0.171), (0.196, -0.16, -0.967)
ベクター: 27.88846, 42.33894, 51.43727)

-
要素

#1: タンパク質 MOLYBDENUM TRANSPORT PROTEIN MODE


分子量: 15048.901 Da / 分子数: 2 / 断片: MOLYBDATE BINDING DOMAIN RESIDUE 123-262 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46930, UniProt: P0A9G8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION FROM LEU 123 MET BINDS MOLYBDENUM. REGULATES MOD OPERON BY BINDING ...CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION FROM LEU 123 MET BINDS MOLYBDENUM. REGULATES MOD OPERON BY BINDING TO THE MODABCD PROMOTER REGION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
116 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
310 mM1dropNa2WO4
41.0 Mtrisodium citrate1reservoir
5100 mMHEPES1reservoir
610 %ethylene glycol1reservoiror 1.4M ammonium sulfate
7100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 20410 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.49 / Net I/σ(I): 27.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 182781 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 9.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B9N

1b9n


解像度: 1.9→20 Å / SU B: 3.285 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1018 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs-18899 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 11 312 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6462
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.5733
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7472
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7993
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0360.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2320.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.2877
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.75915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.04520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る