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タイトルConformational diversity in class C GPCR positive allosteric modulation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 619, Year 2025
掲載日2025年1月13日
著者Giuseppe Cannone / Ludovic Berto / Fanny Malhaire / Gavin Ferguson / Aurelien Fouillen / Stéphanie Balor / Joan Font-Ingles / Amadeu Llebaria / Cyril Goudet / Abhay Kotecha / Vinothkumar K R / Guillaume Lebon /
PubMed 要旨The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are class C G protein-coupled receptors (GPCR) that form obligate dimers activated by the major excitatory neurotransmitter L-glutamate. The architecture ...The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are class C G protein-coupled receptors (GPCR) that form obligate dimers activated by the major excitatory neurotransmitter L-glutamate. The architecture of mGlu receptor comprises an extracellular Venus-Fly Trap domain (VFT) connected to the transmembrane domain (7TM) through a Cysteine-Rich Domain (CRD). The binding of L-glutamate in the VFTs and subsequent conformational change results in the signal being transmitted to the 7TM inducing G protein binding and activation. The mGlu receptors signal transduction can be allosterically potentiated by positive allosteric modulators (PAMs) binding to the 7TMs, which are of therapeutic interest in various neurological disorders. Here, we report the cryoEM structures of metabotropic glutamate receptor 5 (mGlu) purified with three chemically and pharmacologically distinct PAMs. We find that the PAMs modulate the receptor equilibrium through their different binding modes, revealing how their interactions in the 7TMs impact the mGlu receptor conformational landscape and function. In addition, we identified a PAM-free but agonist-bound intermediate state that also reveals interactions mediated by intracellular loop 2. The activation of mGlu receptor is a multi-step process in which the binding of the PAMs in the 7TM modulates the equilibrium towards the active state.
リンクNat Commun / PubMed:39805839 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.1 Å
構造データ

EMDB-37973, PDB-8x0b:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with Quisqualate and VU0424465
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-37974, PDB-8x0c:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with quisqualate and VU0424465, conformer 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-37975, PDB-8x0d:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with quisqualate and VU0424465, conformer 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-37976, PDB-8x0e:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with agonist and PAM, W785A mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-37977, PDB-8x0f:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with quisqualate and PAM VU29
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37978, PDB-8x0g:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with quisqualate, Acc conformation (purified with PAM VU0409551 but not modelled)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-37979, PDB-8x0h:
Human FL Metabotropic glutamate receptor 5, mGlu5-5M with quisqualate, Rcc conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-QUS:
(S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID / キスカル酸 / アゴニスト*YM


化合物 画像なし

ChemComp-XQT:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER


化合物 画像なし

ChemComp-XRQ:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTORS / SIGNAL TRANSDUCTION / METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / Agonist / active state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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