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Structure paper

タイトルPartial closure of the γ-tubulin ring complex by CDK5RAP2 activates microtubule nucleation.
ジャーナル・号・ページDev Cell, Year 2024
掲載日2024年9月23日
著者Yixin Xu / Hugo Muñoz-Hernández / Rościsław Krutyhołowa / Florina Marxer / Ferdane Cetin / Michal Wieczorek /
PubMed 要旨Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor ...Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor nucleating activity. Several proteins may activate the γ-TuRC, but the mechanisms underlying activation are not known. Here, we determined the structure of the porcine γ-TuRC purified using CDK5RAP2's centrosomin motif 1 (CM1). We identified an unexpected conformation of the γ-TuRC bound to multiple protein modules containing MZT2, GCP2, and CDK5RAP2, resulting in a long-range constriction of the γ-tubulin ring that brings it in closer agreement with the 13-protofilament microtubule. Additional CDK5RAP2 promoted γ-TuRC decoration and stimulated the microtubule-nucleating activities of the porcine γ-TuRC and a reconstituted, CM1-free human complex in single-molecule assays. Our results provide a structural mechanism for the control of microtubule nucleation by CM1 proteins and identify conformational transitions in the γ-TuRC that prime it for microtubule nucleation.
リンクDev Cell / PubMed:39321808
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 7.5 Å
構造データ

EMDB-51007: Structure of the Position 1 to 3 Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-51008: Structure of the Position 4 to 11 Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.37 Å

EMDB-51010: Structure of the Position 10 to 12 Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-51011: Structure of the Position 1 to 3 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-51012: Structure of the Position 4 to 7 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-51013: Structure of the Position 13 to 14 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-51014: Structure of the Position 10 to 12 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-51015: Structure of the Position 8 to 9 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-51016: Consensus cryo-EM reconstruction of the S. scrofa gamma-TuRC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-51017, PDB-9g3x:
Structure of the Partially-assembled gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-51018, PDB-9g3y:
Structure of the Native CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-51019, PDB-9g3z:
Structure of the Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-51020, PDB-9g40:
Structure of the Position 7 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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