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- PDB-9g40: Structure of the Position 7 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g40
タイトルStructure of the Position 7 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
要素
  • CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
  • Gamma-tubulin complex component
  • Gamma-tubulin complex component 3
  • Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / negative regulation of centriole replication / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule organizing center organization / polar microtubule / microtubule plus-end / gamma-tubulin complex / microtubule bundle formation / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding ...Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / negative regulation of centriole replication / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule organizing center organization / polar microtubule / microtubule plus-end / gamma-tubulin complex / microtubule bundle formation / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / centrosome cycle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of neuron differentiation / mitotic spindle pole / pericentriolar material / centriole replication / establishment of mitotic spindle orientation / negative regulation of neuron differentiation / spindle assembly / neurogenesis / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / tubulin binding / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / meiotic cell cycle / chromosome segregation / brain development / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell junction / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / transcription cis-regulatory region binding / calmodulin binding / ciliary basal body / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / : / CDK5 regulatory subunit-associated protein 2-like, coiled coil / MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1 / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal ...CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / : / CDK5 regulatory subunit-associated protein 2-like, coiled coil / MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1 / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-tubulin complex component / Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 / Gamma-tubulin complex component 3 / CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Munoz-Hernandez, H. / Krutyholowa, R. / Wieczorek, M.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationTMSGI3_211309 スイス
Swiss National Science Foundation310030_208120 スイス
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: Partial closure of the γ-tubulin ring complex by CDK5RAP2 activates microtubule nucleation.
著者: Yixin Xu / Hugo Muñoz-Hernández / Rościsław Krutyhołowa / Florina Marxer / Ferdane Cetin / Michal Wieczorek /
要旨: Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor ...Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor nucleating activity. Several proteins may activate the γ-TuRC, but the mechanisms underlying activation are not known. Here, we determined the structure of the porcine γ-TuRC purified using CDK5RAP2's centrosomin motif 1 (CM1). We identified an unexpected conformation of the γ-TuRC bound to multiple protein modules containing MZT2, GCP2, and CDK5RAP2, resulting in a long-range constriction of the γ-tubulin ring that brings it in closer agreement with the 13-protofilament microtubule. Additional CDK5RAP2 promoted γ-TuRC decoration and stimulated the microtubule-nucleating activities of the porcine γ-TuRC and a reconstituted, CM1-free human complex in single-molecule assays. Our results provide a structural mechanism for the control of microtubule nucleation by CM1 proteins and identify conformational transitions in the γ-TuRC that prime it for microtubule nucleation.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Gamma-tubulin complex component 3
G: Gamma-tubulin complex component
X: Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4
u: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
v: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)652,3915
ポリマ－652,3915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 3 / Tubulin gamma complex associated protein 3


分子量: 103172.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SsGCP3 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: F1RN46
#2: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 102609.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: A0A480VJI0
#3: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4


分子量: 15920.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: F1RK97
#4: タンパク質 CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / CDK5 activator-binding protein C48 / Centrosome-associated protein 215


分子量: 215344.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5RAP2, CEP215, KIAA1633 / 詳細 (発現宿主): (Kan) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pRARE / 参照: UniProt: Q96SN8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: Listed in "g-TuRC cryo-EM sample preparation" section.
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
140 mMHEPES1
2150 mMNaCl1
31 mMMgCl21
41 mMEGTA1
52 mM2-mercaptoethanol1
60.01 % v/vIGEPAL1
70.1 mMGTP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93207 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212695
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42917136
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6454763
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0321914
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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