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タイトルCryo-EM visualization of DNA-PKcs structural intermediates in NHEJ.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 22, Page eadg2838, Year 2023
掲載日2023年6月2日
著者Siyu Chen / Alex Vogt / Linda Lee / Tasmin Naila / Ryan McKeown / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He /
PubMed 要旨DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). ...DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). Core NHEJ factors form an initial long-range (LR) synaptic complex that transitions into a DNA-PKcs (DNA-dependent protein kinase, catalytic subunit)-free, short-range state to align the DSB ends (Chen ). Using single-particle cryo-electron microscopy, we have visualized three additional key NHEJ complexes representing different transition states, with DNA-PKcs adopting distinct dimeric conformations within each of them. Upon DNA-PKcs autophosphorylation, the LR complex undergoes a substantial conformational change, with both Ku and DNA-PKcs rotating outward to promote DNA break exposure and DNA-PKcs dissociation. We also captured a dimeric state of catalytically inactive DNA-PKcs, which resembles structures of other PIKK (Phosphatidylinositol 3-kinase-related kinase) family kinases, revealing a model of the full regulatory cycle of DNA-PKcs during NHEJ.
リンクSci Adv / PubMed:37256947 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 14.0 Å
構造データ

28731

8ez9

EMDB-28731, PDB-8ez9:
Dimeric complex of DNA-PKcs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.67 Å

28732

8eza

EMDB-28732, PDB-8eza:
NHEJ Long-range complex with PAXX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.39 Å

28733

8ezb

EMDB-28733, PDB-8ezb:
NHEJ Long-range complex with ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-28734: DNA-PKcs monomer in dimer DNA-PKcs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-28735: DNAPKcs-Ku-LigIV(BRCT)-PAXX-DNA subcomplex in PAXX-LR complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-28736: XRCC4-XLF-XRCC4 subcomplex of PAXX-LR complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-28737: DNA-PKcs without N-terminus in PAXX-LR-ATP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-28738: DNAPKcs-Ku-DNA subcomplex in PAXX-LR-ATP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-28739: XRCC4-XLF-XRCC4 subcomplex in LR-ATP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Dimer / Kinase (キナーゼ) / Complex / NHEJ (非相同末端結合) / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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