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タイトルAntibody escape by polyomavirus capsid mutation facilitates neurovirulence.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年9月17日
著者Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein / Aron E Lukacher /
PubMed 要旨JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. ...JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. Mutations in the major viral capsid protein, VP1, are common in JCPyV from PML patients (JCPyV-PML) but whether they confer neurovirulence or escape from virus-neutralizing antibody (nAb) in vivo is unknown. A mouse polyomavirus (MuPyV) with a sequence-equivalent JCPyV-PML VP1 mutation replicated poorly in the kidney, a major reservoir for JCPyV persistence, but retained the CNS infectivity, cell tropism, and neuropathology of the parental virus. This mutation rendered MuPyV resistant to a monoclonal Ab (mAb), whose specificity overlapped the endogenous anti-VP1 response. Using cryo-EM and a custom sub-particle refinement approach, we resolved an MuPyV:Fab complex map to 3.2 Å resolution. The structure revealed the mechanism of mAb evasion. Our findings demonstrate convergence between nAb evasion and CNS neurovirulence in vivo by a frequent JCPyV-PML VP1 mutation.
リンクElife / PubMed:32940605 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.2 Å
構造データ

22640

7k22

EMDB-22640, PDB-7k22:
Murine polyomavirus pentavalent capsomer with 8A7H5 Fab, subparticle reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

22641

7k23

EMDB-22641, PDB-7k23:
Murine polyomavirus hexavalent capsomer with 8A7H5 Fab, subparticle reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22642

7k24

EMDB-22642, PDB-7k24:
Murine polyomavirus pentavalent capsomer, subparticle reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

22643

7k25

EMDB-22643, PDB-7k25:
Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-22645:
Murine polyomavirus (icosahedral reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-22646:
Murine polyomavirus with 8A7H5 Fab (icosahedral reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)
  • Norway rat (ドブネズミ)
  • mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / polyomavirus / capsomer / VP1 / Fab

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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