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Structure paper

タイトルAn atomic structure of the human 26S proteasome.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 23, Issue 9, Page 778-785, Year 2016
掲載日2016年7月18日
著者Xiuliang Huang / Bai Luan / Jianping Wu / Yigong Shi /
PubMed 要旨We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory ...We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory particle (RP). The C-terminal residues of Rpt3 and Rpt5 subunits in the RP can be seen inserted into surface pockets formed between adjacent α subunits in the CP. Each of the six Rpt subunits contains a bound nucleotide, and the central gate of the CP α-ring is closed despite RP association. The six pore 1 loops in the Rpt ring are arranged similarly to a spiral staircase along the axial channel of substrate transport, which is constricted by the pore 2 loops. We also determined the cryo-EM structure of the human proteasome bound to the deubiquitinating enzyme USP14 at 4.35-Å resolution. Together, our structures provide a framework for mechanistic understanding of eukaryotic proteasome function.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:27428775
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.6 Å
構造データ

EMDB-9507:
Cryo-EM map of the RP region of human 26S proteasome at 4.3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-9508:
Cryo-EM map of the human 26S proteasome with C1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-9509:
Cryo-EM map of the RP region (Class1) of human 26S proteasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-9510:
Cryo-EM map of the RP region (Class2) of human 26S proteasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

9511

5gjq

EMDB-9511: Cryo-EM map of the human 26S proteasome bound to USP14_UbAl
PDB-5gjq: Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

9512

5gjr

EMDB-9512: Cryo-EM map of the human 26S proteasome at 3.5A resolution with C2 symmetry
PDB-5gjr: An atomic structure of the human 26S proteasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードHYDROLASE / protein complex / human proteasome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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