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- EMDB-9512: Cryo-EM map of the human 26S proteasome at 3.5A resolution with C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9512
タイトルCryo-EM map of the human 26S proteasome at 3.5A resolution with C2 symmetry
マップデータwith C2 symmetry
試料
  • 複合体: human 26S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 1種
キーワードprotein complex / human proteasome / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thyrotropin-releasing hormone receptor binding / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear proteasome complex / host-mediated perturbation of viral transcription / positive regulation of inclusion body assembly / integrator complex / proteasome accessory complex / meiosis I / purine ribonucleoside triphosphate binding ...thyrotropin-releasing hormone receptor binding / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear proteasome complex / host-mediated perturbation of viral transcription / positive regulation of inclusion body assembly / integrator complex / proteasome accessory complex / meiosis I / purine ribonucleoside triphosphate binding / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome-activating activity / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome regulatory particle, base subcomplex / sperm glycocalyx / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of programmed cell death / metal-dependent deubiquitinase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / proteasome core complex / perinuclear theca / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / K63-linked deubiquitinase activity / transcription factor binding / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / proteasome binding / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / myofibril / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / sperm head-tail coupling apparatus / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / general transcription initiation factor binding / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / blastocyst development / polyubiquitin modification-dependent protein binding / immune system process / proteasome endopeptidase complex / NF-kappaB binding / proteasome core complex, beta-subunit complex / endopeptidase activator activity / threonine-type endopeptidase activity / proteasome assembly / mRNA export from nucleus / proteasome core complex, alpha-subunit complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / enzyme regulator activity / ERAD pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / inclusion body / ciliary tip / : / TBP-class protein binding / proteasome complex / stem cell differentiation / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / sarcomere / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / centriole / sperm end piece / P-body / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / lipopolysaccharide binding / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of CRY and PER proteins / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / Activation of NF-kappaB in B cells / G2/M Checkpoints / Hedgehog ligand biogenesis / Degradation of GLI1 by the proteasome / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin interaction motif / : / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / PSMD3-like, N-terminal TPR repeats / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain ...: / Ubiquitin interaction motif / : / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / PSMD3-like, N-terminal TPR repeats / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / PSD13 N-terminal repeats / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / : / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / Proteasome subunit Rpn10 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 C-terminal domain / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / Ubiquitin-interacting motif. / Proteasome/cyclosome repeat / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / Proteasome/cyclosome repeat / von Willebrand factor type A domain / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / : / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / HEAT repeats / Proteasome subunit alpha 1 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / VWFA domain profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / MPN domain profile. / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / Ubiquitin C-terminal hydrolase PSMD14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 ...26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / Ubiquitin C-terminal hydrolase PSMD14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / 26S proteasome regulatory subunit 7 / 26S proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome subunit alpha type-6 / 26S proteasome regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S proteasome regulatory subunit 10B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / Proteasome subunit beta type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Huang XL / Luan B / Wu JP / Shi YG
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31130002 中国
National Natural Science Foundation of China31321062 中国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: An atomic structure of the human 26S proteasome.
著者: Xiuliang Huang / Bai Luan / Jianping Wu / Yigong Shi /
要旨: We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory ...We report the cryo-EM structure of the human 26S proteasome at an average resolution of 3.5 Å, allowing atomic modeling of 28 subunits in the core particle (CP) and 18 subunits in the regulatory particle (RP). The C-terminal residues of Rpt3 and Rpt5 subunits in the RP can be seen inserted into surface pockets formed between adjacent α subunits in the CP. Each of the six Rpt subunits contains a bound nucleotide, and the central gate of the CP α-ring is closed despite RP association. The six pore 1 loops in the Rpt ring are arranged similarly to a spiral staircase along the axial channel of substrate transport, which is constricted by the pore 2 loops. We also determined the cryo-EM structure of the human proteasome bound to the deubiquitinating enzyme USP14 at 4.35-Å resolution. Together, our structures provide a framework for mechanistic understanding of eukaryotic proteasome function.
履歴
登録2016年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月31日-
マップ公開2016年8月31日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0336
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0336
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gjr
  • 表面レベル: 0.0336
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gjr
  • 表面レベル: 0.0336
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9512.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈with C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 547.84 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 547.84 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 547.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0336 / ムービー #1: 0.0336
最小 - 最大-0.12650682 - 0.2578584
平均 (標準偏差)-0.000032757263 (±0.007097687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 547.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z547.840547.840547.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ399399399
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.1270.258-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human 26S proteasome

全体名称: human 26S proteasome
要素
  • 複合体: human 26S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 10B
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: 26S protease regulatory subunit 6B
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome complex subunit DSS1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: human 26S proteasome

超分子名称: human 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
詳細: cryo-EM map of human 26S proteasome by single particle reconstruction
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 26S protease regulatory subunit 4

分子名称: 26S protease regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.260504 KDa
配列文字列: MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD ...文字列:
MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD PLVTVMKVEK APQETYADIG GLDNQIQEIK ESVELPLTHP EYYEEMGIKP PKGVILYGPP GTGKTLLAKA VA NQTSATF LRVVGSELIQ KYLGDGPKLV RELFRVAEEH APSIVFIDEI DAIGTKRYDS NSGGEREIQR TMLELLNQLD GFD SRGDVK VIMATNRIET LDPALIRPGR IDRKIEFPLP DEKTKKRIFQ IHTSRMTLAD DVTLDDLIMA KDDLSGADIK AICT EAGLM ALRERRMKVT NEDFKKSKEN VLYKKQEGTP EGLYL

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 4

+
分子 #2: 26S protease regulatory subunit 7

分子名称: 26S protease regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.700805 KDa
配列文字列: MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE ...文字列:
MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE KPDVTYSDVG GCKEQIEKLR EVVETPLLHP ERFVNLGIEP PKGVLLFGPP GTGKTLCARA VANRTDACFI RV IGSELVQ KYVGEGARMV RELFEMARTK KACLIFFDEI DAIGGARFDD GAGGDNEVQR TMLELINQLD GFDPRGNIKV LMA TNRPDT LDPALMRPGR LDRKIEFSLP DLEGRTHIFK IHARSMSVER DIRFELLARL CPNSTGAEIR SVCTEAGMFA IRAR RKIAT EKDFLEAVNK VIKSYAKFSA TPRYMTYN

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 7

+
分子 #3: 26S protease regulatory subunit 10B

分子名称: 26S protease regulatory subunit 10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.241008 KDa
配列文字列: MADPRDKALQ DYRKKLLEHK EIDGRLKELR EQLKELTKQY EKSENDLKAL QSVGQIVGEV LKQLTEEKFI VKATNGPRYV VGCRRQLDK SKLKPGTRVA LDMTTLTIMR YLPREVDPLV YNMSHEDPGN VSYSEIGGLS EQIRELREVI ELPLTNPELF Q RVGIIPPK ...文字列:
MADPRDKALQ DYRKKLLEHK EIDGRLKELR EQLKELTKQY EKSENDLKAL QSVGQIVGEV LKQLTEEKFI VKATNGPRYV VGCRRQLDK SKLKPGTRVA LDMTTLTIMR YLPREVDPLV YNMSHEDPGN VSYSEIGGLS EQIRELREVI ELPLTNPELF Q RVGIIPPK GCLLYGPPGT GKTLLARAVA SQLDCNFLKV VSSSIVDKYI GESARLIREM FNYARDHQPC IIFMDEIDAI GG RRFSEGT SADREIQRTL MELLNQMDGF DTLHRVKMIM ATNRPDTLDP ALLRPGRLDR KIHIDLPNEQ ARLDILKIHA GPI TKHGEI DYEAIVKLSD GFNGADLRNV CTEAGMFAIR ADHDFVVQED FMKAVRKVAD SKKLESKLDY KPV

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 10B

+
分子 #4: 26S protease regulatory subunit 6A

分子名称: 26S protease regulatory subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.266457 KDa
配列文字列: MNLLPNIESP VTRQEKMATV WDEAEQDGIG EEVLKMSTEE IIQRTRLLDS EIKIMKSEVL RVTHELQAMK DKIKENSEKI KVNKTLPYL VSNVIELLDV DPNDQEEDGA NIDLDSQRKG KCAVIKTSTR QTYFLPVIGL VDAEKLKPGD LVGVNKDSYL I LETLPTEY ...文字列:
MNLLPNIESP VTRQEKMATV WDEAEQDGIG EEVLKMSTEE IIQRTRLLDS EIKIMKSEVL RVTHELQAMK DKIKENSEKI KVNKTLPYL VSNVIELLDV DPNDQEEDGA NIDLDSQRKG KCAVIKTSTR QTYFLPVIGL VDAEKLKPGD LVGVNKDSYL I LETLPTEY DSRVKAMEVD ERPTEQYSDI GGLDKQIQEL VEAIVLPMNH KEKFENLGIQ PPKGVLMYGP PGTGKTLLAR AC AAQTKAT FLKLAGPQLV QMFIGDGAKL VRDAFALAKE KAPSIIFIDE LDAIGTKRFD SEKAGDREVQ RTMLELLNQL DGF QPNTQV KVIAATNRVD ILDPALLRSG RLDRKIEFPM PNEEARARIM QIHSRKMNVS PDVNYEELAR CTDDFNGAQC KAVC VEAGM IALRRGATEL THEDYMEGIL EVQAKKKANL QYYA

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 6A

+
分子 #5: 26S protease regulatory subunit 8

分子名称: 26S protease regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.694047 KDa
配列文字列: MALDGPEQME LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKV HPEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK E IKEVIELP ...文字列:
MALDGPEQME LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKV HPEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK E IKEVIELP VKHPELFEAL GIAQPKGVLL YGPPGTGKTL LARAVAHHTD CTFIRVSGSE LVQKFIGEGA RMVRELFVMA RE HAPSIIF MDEIDSIGSS RLEGGSGGDS EVQRTMLELL NQLDGFEATK NIKVIMATNR IDILDSALLR PGRIDRKIEF PPP NEEARL DILKIHSRKM NLTRGINLRK IAELMPGASG AEVKGVCTEA GMYALRERRV HVTQEDFEMA VAKVMQKDSE KNMS IKKLW K

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 8

+
分子 #6: 26S protease regulatory subunit 6B

分子名称: 26S protease regulatory subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.426141 KDa
配列文字列: MEEIGILVEK AQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG ...文字列:
MEEIGILVEK AQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG GMDIQKQEVR EAVELPLTHF ELYKQIGIDP PRGVLMYGPP GCGKTMLAKA VAHHTTAAFI RVVGSEFVQK YL GEGPRMV RDVFRLAKEN APAIIFIDEI DAIATKRFDA QTGADREVQR ILLELLNQMD GFDQNVNVKV IMATNRADTL DPA LLRPGR LDRKIEFPLP DRRQKRLIFS TITSKMNLSE EVDLEDYVAR PDKISGADIN SICQESGMLA VRENRYIVLA KDFE KAYKT VIKKDEQEHE FYK

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 6B

+
分子 #7: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.958234 KDa
配列文字列: MITSAAGIIS LLDEDEPQLK EFALHKLNAV VNDFWAEISE SVDKIEVLYE DEGFRSRQFA ALVASKVFYH LGAFEESLNY ALGAGDLFN VNDNSEYVET IIAKCIDHYT KQCVENADLP EGEKKPIDQR LEGIVNKMFQ RCLDDHKYKQ AIGIALETRR L DVFEKTIL ...文字列:
MITSAAGIIS LLDEDEPQLK EFALHKLNAV VNDFWAEISE SVDKIEVLYE DEGFRSRQFA ALVASKVFYH LGAFEESLNY ALGAGDLFN VNDNSEYVET IIAKCIDHYT KQCVENADLP EGEKKPIDQR LEGIVNKMFQ RCLDDHKYKQ AIGIALETRR L DVFEKTIL ESNDVPGMLA YSLKLCMSLM QNKQFRNKVL RVLVKIYMNL EKPDFINVCQ CLIFLDDPQA VSDILEKLVK ED NLLMAYQ ICFDLYESAS QQFLSSVIQN LRTVGTPIAS VPGSTNTGTV PGSEKDSDSM ETEEKTSSAF VGKTPEASPE PKD QTLKMI KILSGEMAIE LHLQFLIRNN NTDLMILKNT KDAVRNSVCH TATVIANSFM HCGTTSDQFL RDNLEWLARA TNWA KFTAT ASLGVIHKGH EKEALQLMAT YLPKDTSPGS AYQEGGGLYA LGLIHANHGG DIIDYLLNQL KNASNDIVRH GGSLG LGLA AMGTARQDVY DLLKTNLYQD DAVTGEAAGL ALGLVMLGSK NAQAIEDMVG YAQETQHEKI LRGLAVGIAL VMYGRM EEA DALIESLCRD KDPILRRSGM YTVAMAYCGS GNNKAIRRLL HVAVSDVNDD VRRAAVESLG FILFRTPEQC PSVVSLL SE SYNPHVRYGA AMALGICCAG TGNKEAINLL EPMTNDPVNY VRQGALIASA LIMIQQTEIT CPKVNQFRQL YSKVINDK H DDVMAKFGAI LAQGILDAGG HNVTISLQSR TGHTHMPSVV GVLVFTQFWF WFPLSHFLSL AYTPTCVIGL NKDLKMPKV QYKSNCKPST FAYPAPLEVP KEKEKEKVST AVLSITAKAK KKEKEKEKKE EEKMEVDEAE KKEEKEKKKE PEPNFQLLDN PARVMPAQL KVLTMPETCR YQPFKPLSIG GIIILKDTSE DIEELVEPVA AHGPKIEEEE QEPEPPEPFE YIDD

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

+
分子 #8: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.995359 KDa
配列文字列: MKDVPGFLQQ SQNSGPGQPA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ VTKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN ...文字列:
MKDVPGFLQQ SQNSGPGQPA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ VTKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN HASYYKDALR FLGCVDIKDL PVSEQQERAF TLGLAGLLGE GVFNFGELLM HPVLESLRNT DRQWLIDTLY AF NSGNVER FQTLKTAWGQ QPDLAANEAQ LLRKIQLLCL MEMTFTRPAN HRQLTFEEIA KSAKITVNEV ELLVMKALSV GLV KGSIDE VDKRVHMTWV QPRVLDLQQI KGMKDRLEFW CTDVKSMEML VEHQAHDILT

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

+
分子 #9: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.979359 KDa
配列文字列: MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE ...文字列:
MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE LQVETYGSME KKERVEFILE QMRLCLAVKD YIRTQIISKK INTKFFQEEN TEKLKLKYYN LMIQLDQHEG SY LSICKHY RAIYDTPCIQ AESEKWQQAL KSVVLYVILA PFDNEQSDLV HRISGDKKLE EIPKYKDLLK LFTTMELMRW STL VEDYGM ELRKGSLESP ATDVFGSTEE GEKRWKDLKN RVVEHNIRIM AKYYTRITMK RMAQLLDLSV DESEAFLSNL VVNK TIFAK VDRLAGIINF QRPKDPNNLL NDWSQKLNSL MSLVNKTTHL IAKEEMIHNL Q

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12

+
分子 #10: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.526688 KDa
配列文字列: MAAAAVVEFQ RAQSLLSTDR EASIDILHSI VKRDIQENDE EAVQVKEQSI LELGSLLAKT GQAAELGGLL KYVRPFLNSI SKAKAARLV RSLLDLFLDM EAATGQEVEL CLECIEWAKS EKRTFLRQAL EARLVSLYFD TKRYQEALHL GSQLLRELKK M DDKALLVE ...文字列:
MAAAAVVEFQ RAQSLLSTDR EASIDILHSI VKRDIQENDE EAVQVKEQSI LELGSLLAKT GQAAELGGLL KYVRPFLNSI SKAKAARLV RSLLDLFLDM EAATGQEVEL CLECIEWAKS EKRTFLRQAL EARLVSLYFD TKRYQEALHL GSQLLRELKK M DDKALLVE VQLLESKTYH ALSNLPKARA ALTSARTTAN AIYCPPKLQA TLDMQSGIIH AAEEKDWKTA YSYFYEAFEG YD SIDSPKA ITSLKYMLLC KIMLNTPEDV QALVSGKLAL RYAGRQTEAL KCVAQASKNR SLADFEKALT DYRAELRDDP IIS THLAKL YDNLLEQNLI RVIEPFSRVQ IEHISSLIKL SKADVERKLS QMILDKKFHG ILDQGEGVLI IFDEPPVDKT YEAA LETIQ NMSKVVDSLY NKAKKLT

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

+
分子 #11: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.592285 KDa
配列文字列: MPLENLEEEG LPKNPDLRIA QLRFLLSLPE HRGDAAVRDE LMAAVRDNNM APYYEALCKS LDWQIDVDLL NKMKKANEDE LKRLDEELE DAEKNLGESE IRDAMMAKAE YLCRIGDKEG ALTAFRKTYD KTVALGHRLD IVFYLLRIGL FYMDNDLITR N TEKAKSLI ...文字列:
MPLENLEEEG LPKNPDLRIA QLRFLLSLPE HRGDAAVRDE LMAAVRDNNM APYYEALCKS LDWQIDVDLL NKMKKANEDE LKRLDEELE DAEKNLGESE IRDAMMAKAE YLCRIGDKEG ALTAFRKTYD KTVALGHRLD IVFYLLRIGL FYMDNDLITR N TEKAKSLI EEGGDWDRRN RLKVYQGLYC VAIRDFKQAA ELFLDTVSTF TSYELMDYKT FVTYTVYVSM IALERPDLRE KV IKGAEIL EVLHSLPAVR QYLFSLYECR YSVFFQSLAV VEQEMKKDWL FAPHYRYYVR EMRIHAYSQL LESYRSLTLG YMA EAFGVG VEFIDQELSR FIAAGRLHCK IDKVNEIVET NRPDSKNWQY QETIKKGDLL LNRVQKLSRV INM

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6

+
分子 #12: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.07459 KDa
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MKQEGSARRR GADKAKPPPG GGEQEPPPPP APQDVEMKEE AATGGGSTGE ADGKTAAAAA EHSQRELDTV TLEDIKEHVK QLEKAVSGK EPRFVLRALR MLPSTSRRLN HYVLYKAVQG FFTSNNATRD FLLPFLEEPM DTEADLQFRP RTGKAASTPL L PEVEAYLQ LLVVIFMMNS KRYKEAQKIS DDLMQKISTQ NRRALDLVAA KCYYYHARVY EFLDKLDVVR SFLHARLRTA TL RHDADGQ ATLLNLLLRN YLHYSLYDQA EKLVSKSVFP EQANNNEWAR YLYYTGRIKA IQLEYSEARR TMTNALRKAP QHT AVGFKQ TVHKLLIVVE LLLGEIPDRL QFRQPSLKRS LMPYFLLTQA VRTGNLAKFN QVLDQFGEKF QADGTYTLII RLRH NVIKT GVRMISLSYS RISLADIAQK LQLDSPEDAE FIVAKAIRDG VIEASINHEK GYVQSKEMID IYSTREPQLA FHQRI SFCL DIHNMSVKAM RFPPKSYNKD LESAEERRER EQQDLEFAKE M

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3

+
分子 #13: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.667871 KDa
配列文字列: MFIKGRAPRA PPRERRRATR GGLRQVVAPP RALGSTSRPH FRRASVCRRR CRKSGGLLAA SRKMAAAAVN GAAGFSSSGP AATSGAVLQ AATGMYEQLK GEWNRKSPNL SKCGEELGRL KLVLLELNFL PTTGTKLTKQ QLILARDILE IGAQWSILRK D IPSFERYM ...文字列:
MFIKGRAPRA PPRERRRATR GGLRQVVAPP RALGSTSRPH FRRASVCRRR CRKSGGLLAA SRKMAAAAVN GAAGFSSSGP AATSGAVLQ AATGMYEQLK GEWNRKSPNL SKCGEELGRL KLVLLELNFL PTTGTKLTKQ QLILARDILE IGAQWSILRK D IPSFERYM AQLKCYYFDY KEQLPESAYM HQLLGLNLLF LLSQNRVAEF HTELERLPAK DIQTNVYIKH PVSLEQYLME GS YNKVFLA KGNIPAESYT FFIDILLDTI RDEIAGCIEK AYEKILFTEA TRILFFNTPK KMTDYAKKRG WVLGPNNYYS FAS QQQKPE DTTIPSTELA KQVIEYARQL EMIV

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8

+
分子 #14: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.086441 KDa
配列文字列: MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE ...文字列:
MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE EVGVEHLLRD IKDTTVGTLS QRITNQVHGL KGLNSKLLDI RSYLEKVATG KLPINHQIIY QLQDVFNLLP DV SLQEFVK AFYLKTNDQM VVVYLASLIR SVVALHNLIN NKIANRDAEK KEGQEKEESK KDRKEDKEKD KDKEKSDVKK EEK KEKK

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7

+
分子 #15: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.620023 KDa
配列文字列: MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM ...文字列:
MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM VLGHEPRQTT SNLGHLNKPS IQALIHGLNR HYYSITINYR KNELEQKMLL NLHKKSWMEG LTLQDYSEHC KH NESVVKE MLELAKNYNK AVEEEDKMTP EQLAIKNVGK QDPKRHLEEH VDVLMTSNIV QCLAAMLDTV VFK

UniProtKB: Ubiquitin C-terminal hydrolase PSMD14

+
分子 #16: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.78159 KDa
配列文字列: MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS ...文字列:
MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS HLVTVPPGPS LADALISSPI LAGEGGAMLG LGASDFEFGV DPSADPELAL ALRVSMEEQR QRQEEEARRA AA ASAAEAG IATTGTEDSD DALLKMTISQ QEFGRTGLPD LSSMTEEEQI AYAMQMSLQG AEFGQAESAD IDASSAMDTS EPA KEEDDY DVMQDPEFLQ SVLENLPGVD PNNEAIRNAM GSLASQATKD GKKDKKEEDK K

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4

+
分子 #17: 26S proteasome complex subunit DSS1

分子名称: 26S proteasome complex subunit DSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.284611 KDa
配列文字列:
MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS

UniProtKB: 26S proteasome complex subunit SEM1

+
分子 #18: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.313625 KDa
配列文字列: MEEGGRDKAP VQPQQSPAAA PGGTDEKPSG KERRDAGDKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK RFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK ...文字列:
MEEGGRDKAP VQPQQSPAAA PGGTDEKPSG KERRDAGDKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK RFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK EWQELDDAEK VQREPLLTLV KEIVPYNMAH NAEHEACDLL MEIEQVDMLE KDIDENAYAK VCLYLTSCVN YV PEPENSA LLRCALGVFR KFSRFPEALR LALMLNDMEL VEDIFTSCKD VVVQKQMAFM LGRHGVFLEL SEDVEEYEDL TEI MSNVQL NSNFLALARE LDIMEPKVPD DIYKTHLENN RFGGSGSQVD SARMNLASSF VNGFVNAAFG QDKLLTDDGN KWLY KNKDH GMLSAAASLG MILLWDVDGG LTQIDKYLYS SEDYIKSGAL LACGIVNSGV RNECDPALAL LSDYVLHNSN TMRLG SIFG LGLAYAGSNR EDVLTLLLPV MGDSKSSMEV AGVTALACGM IAVGSCNGDV TSTILQTIME KSETELKDTY ARWLPL GLG LNHLGKGEAI EAILAALEVV SEPFRSFANT LVDVCAYAGS GNVLKVQQLL HICSEHFDSK EKEEDKDKKE KKDKDKK EA PADMGAHQGV AVLGIALIAM GEEIGAEMAL RTFGHLLRYG EPTLRRAVPL ALALISVSNP RLNILDTLSK FSHDADPE V SYNSIFAMGM VGSGTNNARL AAMLRQLAQY HAKDPNNLFM VRLAQGLTHL GKGTLTLCPY HSDRQLMSQV AVAGLLTVL VSFLDVRNII LGKSHYVLYG LVAAMQPRML VTFDEELRPL PVSVRVGQAV DVVGQAGKPK TITGFQTHTT PVLLAHGERA ELATEEFLP VTPILEGFVI LRKNPNYDL

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

+
分子 #19: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.432459 KDa
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #20: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
配列文字列: MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV ...文字列:
MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #21: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.525842 KDa
配列文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS ...文字列:
MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS AAAVSMLKQD YKEGEMTLKS ALALAIKVLN KTMDVSKLSA EKVEIATLTR ENGKTVIRVL KQKEVEQLIK KH EEEEAKA EREKKEKEQK EKDK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #22: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.929891 KDa
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV REFLEKNYTD EAIETDDLTI KLVIKALLEV VQSGGKNIEL AVMRRDQSLK ILNPEEIEKY VAEIEKEKEE NE KKKQKKA S

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #23: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.435977 KDa
配列文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR ...文字列:
MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #24: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.595627 KDa
配列文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列:
MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPA QPADEPAEKA DEPMEH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #25: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.469252 KDa
配列文字列: MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ...文字列:
MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DIVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG ELTNGRHEIV PKDIREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #26: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.377652 KDa
配列文字列: MAATLLAARG AGPAPAWGPE AFTPDWESRE VSTGTTIMAV QFDGGVVLGA DSRTTTGSYI ANRVTDKLTP IHDRIFCCRS GSAADTQAV ADAVTYQLGF HSIELNEPPL VHTAASLFKE MCYRYREDLM AGIIIAGWDP QEGGQVYSVP MGGMMVRQSF A IGGSGSSY ...文字列:
MAATLLAARG AGPAPAWGPE AFTPDWESRE VSTGTTIMAV QFDGGVVLGA DSRTTTGSYI ANRVTDKLTP IHDRIFCCRS GSAADTQAV ADAVTYQLGF HSIELNEPPL VHTAASLFKE MCYRYREDLM AGIIIAGWDP QEGGQVYSVP MGGMMVRQSF A IGGSGSSY IYGYVDATYR EGMTKEECLQ FTANALALAM ERDGSSGGVI RLAAIAESGV ERQVLLGDQI PKFAVATLPP A

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

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分子 #27: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.000418 KDa
配列文字列: MAAVSVYAPP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KRGYKLPKVR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLSTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV ...文字列:
MAAVSVYAPP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KRGYKLPKVR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLSTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV TMGSGSLAAM AVFEDKFRPD MEEEEAKNLV SEAIAAGIFN DLGSGSNIDL CVISKNKLDF LRPYTVPNKK GT RLGRYRC EKGTTAVLTE KITPLEIEVL EETVQTMDTS

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-7

+
分子 #28: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.972896 KDa
配列文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS ...文字列:
MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #29: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.864277 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ KRFILNLPTF SVRIIDKNGI HDLDNISFPK QGS

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

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分子 #30: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.510248 KDa
配列文字列: MALASVLERP LPVNQRGFFG LGGRADLLDL GPGSLSDGLS LAAPGWGVPE EPGIEMLHGT TTLAFKFRHG VIVAADSRAT AGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQY KGMGLSMGTM I CGWDKRGP ...文字列:
MALASVLERP LPVNQRGFFG LGGRADLLDL GPGSLSDGLS LAAPGWGVPE EPGIEMLHGT TTLAFKFRHG VIVAADSRAT AGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQY KGMGLSMGTM I CGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA IYQATYRDAY SGGAVNLYHV RE DGWIRVS SDNVADLHEK YSGSTP

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

+
分子 #31: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.522396 KDa
配列文字列: MLSSTAMYSA PGRDLGMEPH RAAGPLQLRF SPYVFNGGTI LAIAGEDFAI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ...文字列:
MLSSTAMYSA PGRDLGMEPH RAAGPLQLRF SPYVFNGGTI LAIAGEDFAI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN VEHVPLSLDR AMRLVKDVFI SAAERDVYTG DALRICIVTK EGIREETVSL RK D

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

+
分子 #32: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.231178 KDa
配列文字列: MEAFLGSRSG LWAGGPAPGQ FYRIPSTPDS FMDPASALYR GPITRTQNPM VTGTSVLGVK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG ...文字列:
MEAFLGSRSG LWAGGPAPGQ FYRIPSTPDS FMDPASALYR GPITRTQNPM VTGTSVLGVK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG YVDMLGVAYE APSLATGYGA YLAQPLLREV LEKQPVLSQT EARDLVERCM RVLYYRDARS YNRFQIATVT EK GVEIEGP LSTETNWDIA HMISGFE

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

+
分子 #33: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 12 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMDTTDTT
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K
詳細Preliminary grid screening was performed manually
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 0.0026000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.0016 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 443359
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6575

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: apply C2 symmetry / 使用した粒子像数: 165699
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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