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万見
- EMDB-7831: Cryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7831
タイトルCryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
マップデータSymmetrized map of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin. This map has been low-pass filtered to 3.6 A and sharpened with a B-factor of -150.
試料
  • 複合体: Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Filamin-A
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Phalloidin
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードActin-binding domain / Actin crosslinker / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / formation of radial glial scaffolds / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation ...regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / formation of radial glial scaffolds / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation / actin crosslink formation / blood coagulation, intrinsic pathway / Striated Muscle Contraction / protein localization to bicellular tight junction / OAS antiviral response / positive regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of neuron migration / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Cell-extracellular matrix interactions / early endosome to late endosome transport / apical dendrite / cell-cell junction organization / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of platelet activation / protein localization to cell surface / wound healing, spreading of cells / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Fc-gamma receptor I complex binding / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / cortical cytoskeleton / receptor clustering / positive regulation of axon regeneration / actin filament bundle / SMAD binding / RHO GTPases activate PAKs / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / 刷子縁 / semaphorin-plexin signaling pathway / cilium assembly / mitotic spindle assembly / potassium channel regulator activity / 上皮間葉転換 / blood vessel remodeling / skeletal muscle fiber development / axonal growth cone / stress fiber / heart morphogenesis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cell migration / protein kinase C binding / dendritic shaft / G protein-coupled receptor binding / マイクロフィラメント / protein localization to plasma membrane / synapse organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mRNA transcription by RNA polymerase II / establishment of protein localization / ゴルジ体 / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein catabolic process / cerebral cortex development / 血小板 / small GTPase binding / Z disc / kinase binding / positive regulation of protein import into nucleus / actin filament binding / cell-cell junction / マイクロフィラメント / negative regulation of neuron projection development / Platelet degranulation / GTPase binding / toxin activity / perikaryon / actin cytoskeleton organization / postsynapse / 血管新生 / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / protein stabilization / hydrolase activity / cadherin binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Amanitin/phalloidin toxin / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site ...Amanitin/phalloidin toxin / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Phalloidin proprotein / Filamin-A / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Gallus gallus (ニワトリ) / Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Iwamoto DV / Huehn AR
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the filamin A actin-binding domain interaction with F-actin.
著者: Daniel V Iwamoto / Andrew Huehn / Bertrand Simon / Clotilde Huet-Calderwood / Massimiliano Baldassarre / Charles V Sindelar / David A Calderwood /
要旨: Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology ...Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology domains of their actin-binding domains (ABDs) underlie numerous genetic diseases, but a molecular understanding of these pathologies is hampered by the lack of high-resolution structures of any actin-cross-linking protein bound to F-actin. Here, taking advantage of a high-affinity, disease-associated mutant of the human filamin A (FLNa) ABD, we combine cryo-electron microscopy and functional studies to reveal at near-atomic resolution how the first calponin homology domain (CH1) and residues immediately N-terminal to it engage actin. We further show that reorientation of CH2 relative to CH1 is required to avoid clashes with actin and to expose F-actin-binding residues on CH1. Our data explain localization of disease-associated loss-of-function mutations to FLNaCH1 and gain-of-function mutations to the regulatory FLNaCH2. Sequence conservation argues that this provides a general model for ABD-F-actin binding.
履歴
登録2018年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月8日-
マップ公開2018年9月19日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d8c
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6d8c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Symmetrized map of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin. This map has been low-pass filtered to 3.6 A and sharpened with a B-factor of -150.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.17799109 - 0.40055856
平均 (標準偏差)0.0012726671 (±0.014981323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 279.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.300279.300279.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.1780.4010.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7831_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Symmetrized map of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin....

ファイルemd_7831_additional.map
注釈Symmetrized map of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin. Low-pass filtered to 10 A and sharpened with a B-factor of -150. Masked to display the FLNaABD CH2 domain cryo-EM density.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Independently refined half map(2) of FLNaABD-E254K bound to...

ファイルemd_7831_half_map_1.map
注釈Independently refined half map(2) of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin. This half map was symmetrized using parameters calculated from the full map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Independently refined half map(1) of FLNaABD-E254K bound to...

ファイルemd_7831_half_map_2.map
注釈Independently refined half map(1) of FLNaABD-E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin. This half map was symmetrized using parameters calculated from the full map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F...

全体名称: Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
要素
  • 複合体: Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Filamin-A
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Phalloidin
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F...

超分子名称: Helical complex of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Filamin-A

分子名称: Filamin-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.47625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGSL VPRSENLYFQ GSDILQGTMS SSHSRAGQSA AGAAPGGGVD TRDAEMPATE KDLAEDAPWK KIQQNTFTRW CNEHLKCVS KRIANLQTDL SDGLRLIALL EVLSQKKMHR KHNQRPTFRQ MQLENVSVAL EFLDRESIKL VSIDSKAIVD G NLKLILGL ...文字列:
MHHHHHHGSL VPRSENLYFQ GSDILQGTMS SSHSRAGQSA AGAAPGGGVD TRDAEMPATE KDLAEDAPWK KIQQNTFTRW CNEHLKCVS KRIANLQTDL SDGLRLIALL EVLSQKKMHR KHNQRPTFRQ MQLENVSVAL EFLDRESIKL VSIDSKAIVD G NLKLILGL IWTLILHYSI SMPMWDEEED EEAKKQTPKQ RLLGWIQNKL PQLPITNFSR DWQSGRALGA LVDSCAPGLC PD WDSWDAS KPVTNAREAM QQADDWLGIP QVITPEEIVD PNVDKHSVMT YLSQFPKAKL KPGAPLRPK

UniProtKB: Filamin-A

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分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Breast
分子量理論値: 41.862613 KDa
配列文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIITNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HNVPIYEG ...文字列:
DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIITNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle

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分子 #3: Phalloidin

分子名称: Phalloidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
分子量理論値: 808.899 Da
配列文字列:
(HYP)AW(G5G)A(ALO)C

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 37500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2140 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Micrographs from only one of the grids were used in the reconstruction. From that grid, only micrographs where Gctf detected signal at resolutions better than 4A were used in the reconstruction (~15%).
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 67000 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.54 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.73 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.3) / 使用した粒子像数: 67000
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6c1d

chain_id: B, residue_range: 1-375, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3hoc

chain_id: A, residue_range: 39-153, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6d8c:
Cryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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