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- EMDB-36430: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36430
タイトルCryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)
マップデータpostprocessed map
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C
    • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain 863DK
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • 複合体: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-115 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-115 light chain
キーワードdengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / monoatomic ion transmembrane transport / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Fibriansah G / Ng TS / Tan AWK / Shi J / Lok SM
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers central region of diverse DENV3 morphological variants.
著者: Guntur Fibriansah / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Anastasia Shebanova / Lee Ching Ng / Song Ling Tan / Aaron W K Tan / Jian Shi / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: Dengue virus (DENV) consists of four serotypes (DENV1-4). Current vaccines induce differing levels of immune response against the four serotypes, that might prime recipients to develop severe disease ...Dengue virus (DENV) consists of four serotypes (DENV1-4). Current vaccines induce differing levels of immune response against the four serotypes, that might prime recipients to develop severe disease in subsequent infections. Several DENV tetravalent vaccine clinical trials suggested an increased incidence in severe DENV3 cases, suggesting a need to develop DENV3 therapeutics. Human monoclonal antibodies (HMAbs) DENV-290 and DENV-115 are ultrapotent against diverse DENV3 strains with differing particle morphologies. They mainly neutralize by inhibition of virus attachment to cells. CryoEM structures of Fabs complexed with differing DENV3 morphological variants show their Fabs binding across two E protein protomers at the center of the E dimer. This new class of E protein dimer binding antibodies is named EDE-C. The cryoEM structures also show how IgGs engage the DENV particles. Results define the structural and molecular basis for the ultrapotent activity of EDE-C antibodies.
履歴
登録2023年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36430.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 176 pix.
= 300.96 Å		1.71 Å/pix.
x 176 pix.
= 300.96 Å		1.71 Å/pix.
x 176 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8
最小 - 最大-9.376514 - 14.7957
平均 (標準偏差)-0.000000002373191 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 300.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36430_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_36430_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_36430_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibo...

全体名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C
    • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain 863DK
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • 複合体: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-115 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-115 light chain

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超分子 #1: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibo...

超分子名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Dengue virus serotype 3 strain 863DK

超分子名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

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超分子 #3: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain)

超分子名称: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope protein

分子名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 53.682484 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列:
MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST TEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW ASGATTETPT WNRKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQNSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCTNTFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEEPVNIE AEPPFGESNI VIGIGDNALK INWYKKGSSI GKMF EATAR GARRMAILGD TAWDFGSVGG VLNSLGKMVH QIFGSAYTAL FSGVSWVMKI GIGVLLTWIG LNSKNTSMSF SCIAI GIIT LYLGAVVQA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Membrane protein

分子名称: Membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 8.347836 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列:
SVALAPHVGM GLDTRTQTWM SAEGAWRQVE KVETWALRHP GFTILALFLA HYIGTSLTQK VVIFILLMLV TPSMT

UniProtKB: Polyprotein

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分子 #3: Human antibody DENV-115 heavy chain

分子名称: Human antibody DENV-115 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.607289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGAPVKV SCEASGYTFT DYFIHWVRQA PGQGLEWMGW INPISGGTNY HPRFHGGVTM TRDTSMKVAY MELKRLTSD DTAVYFCARG RDFRGGYSQL DYWGQGTLVT VSS

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分子 #4: Human antibody DENV-115 light chain

分子名称: Human antibody DENV-115 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.49662 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGGSSNIA INTVNWYQQV PGTAPKLLMY SNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC ATWDDSLKDV LFGGGTKLTV L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The purified virus was mixed with DENV-115 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5933

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 114755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j6s

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ifa

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6qb6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8jn2:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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