[日本語] English
万見
- EMDB-2698: The cryoEM structure of Monalysin Toxin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2698
タイトルThe cryoEM structure of Monalysin Toxin
マップデータReconstruction of Monalysin
試料
  • 試料: Monalysin
  • タンパク質・ペプチド: Monalysin
キーワードMonalysin / cryo electron microscopy / single-particle
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Leone P / Bebeacua C / Opota O / Kellenberger C / Klaholz B / Cambillau C / Lemaitre B / Roussel A
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: X-ray and Cryo-electron Microscopy Structures of Monalysin Pore-forming Toxin Reveal Multimerization of the Pro-form.
著者: Philippe Leone / Cecilia Bebeacua / Onya Opota / Christine Kellenberger / Bruno Klaholz / Igor Orlov / Christian Cambillau / Bruno Lemaitre / Alain Roussel /
要旨: β-Barrel pore-forming toxins (β-PFT), a large family of bacterial toxins, are generally secreted as water-soluble monomers and can form oligomeric pores in membranes following proteolytic cleavage ...β-Barrel pore-forming toxins (β-PFT), a large family of bacterial toxins, are generally secreted as water-soluble monomers and can form oligomeric pores in membranes following proteolytic cleavage and interaction with cell surface receptors. Monalysin has been recently identified as a β-PFT that contributes to the virulence of Pseudomonas entomophila against Drosophila. It is secreted as a pro-protein that becomes active upon cleavage. Here we report the crystal and cryo-electron microscopy structure of the pro-form of Monalysin as well as the crystal structures of the cleaved form and of an inactive mutant lacking the membrane-spanning region. The overall structure of Monalysin displays an elongated shape, which resembles those of β-pore-forming toxins, such as Aerolysin, but is devoid of a receptor-binding domain. X-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and light-scattering studies show that pro-Monalysin forms a stable doughnut-like 18-mer complex composed of two disk-shaped nonamers held together by N-terminal swapping of the pro-peptides. This observation is in contrast with the monomeric pro-form of the other β-PFTs that are receptor-dependent for membrane interaction. The membrane-spanning region of pro-Monalysin is fully buried in the center of the doughnut, suggesting that upon cleavage of pro-peptides, the two disk-shaped nonamers can, and have to, dissociate to leave the transmembrane segments free to deploy and lead to pore formation. In contrast with other toxins, the delivery of 18 subunits at once, nearby the cell surface, may be used to bypass the requirement of receptor-dependent concentration to reach the threshold for oligomerization into the pore-forming complex.
履歴
登録2014年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2014年12月24日-
更新2014年12月24日-
現状2014年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2698.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Monalysin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.92 Å
密度
表面レベル登録者による: 15.0 / ムービー #1: 15
最小 - 最大0.0 - 26.511838910000002
平均 (標準偏差)0.86904889 (±4.25143194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 276.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.921.921.92
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.00026.5120.869

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Monalysin

全体名称: Monalysin
要素
  • 試料: Monalysin
  • タンパク質・ペプチド: Monalysin

-
超分子 #1000: Monalysin

超分子名称: Monalysin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 18mer / Number unique components: 1

-
分子 #1: Monalysin

分子名称: Monalysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 集合状態: 9mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris, 500mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
日付2012年9月1日
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 1.92 µm / 実像数: 220 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Images
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D9 (2回x9回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Eman2, Spider, Xmipp / 使用した粒子像数: 12000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る