XYP
Bonds
First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
O1 | C1 | sing | 1.43Å | 1.41Å | |
O1 | HO1 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
C1 | C2 | sing | 1.53Å | 1.55Å | |
C1 | O5 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
C1 | H1 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
C2 | C3 | sing | 1.53Å | 1.53Å | |
C2 | O2 | sing | 1.43Å | 1.41Å | |
C2 | H2 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
C3 | C4 | sing | 1.53Å | 1.55Å | |
C3 | O3 | sing | 1.43Å | 1.39Å | |
C3 | H3 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
C4 | C5 | sing | 1.53Å | 1.54Å | |
C4 | O4 | sing | 1.43Å | 1.44Å | |
C4 | H4 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
C5 | O5 | sing | 1.42Å | 1.40Å | |
C5 | H51 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
C5 | H52 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
O2 | HO2 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O3 | HO3 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O4 | HO4 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
C1 | O1 | HO1 | 106.4° | 106.9° |
O1 | C1 | C2 | 106.4° | 109.4° |
O1 | C1 | O5 | 104.7° | 109.4° |
O1 | C1 | H1 | 112.4° | 109.4° |
C2 | C1 | O5 | 102.9° | 109.8° |
C2 | C1 | H1 | 114.0° | 109.4° |
C1 | C2 | C3 | 104.4° | 109.1° |
C1 | C2 | O2 | 110.4° | 109.6° |
C1 | C2 | H2 | 112.5° | 109.5° |
O5 | C1 | H1 | 115.5° | 109.4° |
C1 | O5 | C5 | 115.0° | 107.7° |
C3 | C2 | O2 | 110.5° | 109.7° |
C3 | C2 | H2 | 112.4° | 109.4° |
C2 | C3 | C4 | 109.2° | 108.7° |
C2 | C3 | O3 | 109.4° | 109.7° |
C2 | C3 | H3 | 110.8° | 109.5° |
O2 | C2 | H2 | 106.7° | 109.5° |
C2 | O2 | HO2 | 110.4° | 106.8° |
C4 | C3 | O3 | 112.8° | 109.9° |
C4 | C3 | H3 | 107.4° | 109.4° |
C3 | C4 | C5 | 109.4° | 109.1° |
C3 | C4 | O4 | 101.0° | 109.6° |
C3 | C4 | H4 | 114.3° | 109.5° |
O3 | C3 | H3 | 107.2° | 109.6° |
C3 | O3 | HO3 | 109.5° | 106.9° |
C5 | C4 | O4 | 107.6° | 109.6° |
C5 | C4 | H4 | 108.3° | 109.5° |
C4 | C5 | O5 | 113.7° | 109.8° |
C4 | C5 | H51 | 110.7° | 109.4° |
C4 | C5 | H52 | 110.7° | 109.4° |
O4 | C4 | H4 | 115.9° | 109.5° |
C4 | O4 | HO4 | 100.9° | 106.8° |
O5 | C5 | H51 | 110.7° | 109.4° |
O5 | C5 | H52 | 110.6° | 109.5° |
H51 | C5 | H52 | 99.6° | 109.3° |
Dihedrals
First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
O1 | C1 | C2 | O5 | 109.7° | 120.1° |
O1 | C1 | C2 | H1 | 124.4° | 119.8° |
O1 | C1 | O5 | H1 | 124.1° | 119.8° |
O1 | C1 | C2 | C3 | 178.1° | 178.8° |
O1 | C1 | C2 | O2 | 59.3° | 58.7° |
O1 | C1 | C2 | H2 | 59.7° | 61.5° |
O1 | C1 | O5 | C5 | 179.9° | 172.3° |
HO1 | O1 | C1 | C2 | 180.0° | 179.7° |
HO1 | O1 | C1 | O5 | 71.5° | 59.9° |
HO1 | O1 | C1 | H1 | 54.6° | 59.9° |
C2 | C1 | O5 | H1 | 124.8° | 120.0° |
C1 | C2 | C3 | O2 | 118.7° | 120.0° |
C1 | C2 | C3 | H2 | 122.3° | 119.8° |
C1 | C2 | O2 | H2 | 122.5° | 120.2° |
C1 | C2 | C3 | C4 | 65.7° | 53.5° |
C1 | C2 | C3 | O3 | 170.4° | 173.7° |
C1 | C2 | C3 | H3 | 52.4° | 66.0° |
C2 | C1 | O5 | C5 | 69.0° | 67.6° |
C1 | C2 | O2 | HO2 | 180.0° | 60.0° |
O5 | C1 | C2 | C3 | 72.2° | 61.1° |
O5 | C1 | C2 | O2 | 169.1° | 178.8° |
O5 | C1 | C2 | H2 | 50.1° | 58.6° |
C1 | O5 | C5 | C4 | 55.4° | 67.6° |
C1 | O5 | C5 | H51 | 69.9° | 52.5° |
C1 | O5 | C5 | H52 | 179.4° | 172.3° |
H1 | C1 | C2 | C3 | 53.7° | 58.9° |
H1 | C1 | C2 | O2 | 65.1° | 61.2° |
H1 | C1 | C2 | H2 | 175.9° | 178.7° |
H1 | C1 | O5 | C5 | 55.8° | 52.5° |
C3 | C2 | O2 | H2 | 122.5° | 120.1° |
C2 | C3 | C4 | O3 | 121.9° | 120.0° |
C2 | C3 | C4 | H3 | 120.2° | 119.6° |
C2 | C3 | O3 | H3 | 120.2° | 120.3° |
C2 | C3 | C4 | C5 | 49.9° | 53.5° |
C2 | C3 | C4 | O4 | 163.1° | 173.5° |
C2 | C3 | C4 | H4 | 71.7° | 66.4° |
C3 | C2 | O2 | HO2 | 65.1° | 179.7° |
C2 | C3 | O3 | HO3 | 180.0° | 180.0° |
O2 | C2 | C3 | C4 | 175.6° | 173.5° |
O2 | C2 | C3 | O3 | 51.7° | 66.3° |
O2 | C2 | C3 | H3 | 66.3° | 54.0° |
H2 | C2 | C3 | C4 | 56.5° | 66.3° |
H2 | C2 | C3 | O3 | 67.4° | 53.8° |
H2 | C2 | C3 | H3 | 174.7° | 174.1° |
H2 | C2 | O2 | HO2 | 57.4° | 60.2° |
C4 | C3 | O3 | H3 | 118.0° | 120.3° |
C3 | C4 | C5 | O4 | 108.9° | 120.0° |
C3 | C4 | C5 | H4 | 125.1° | 119.8° |
C3 | C4 | O4 | H4 | 124.0° | 120.1° |
C3 | C4 | C5 | O5 | 42.5° | 61.1° |
C3 | C4 | C5 | H51 | 82.8° | 59.0° |
C3 | C4 | C5 | H52 | 167.7° | 178.7° |
C4 | C3 | O3 | HO3 | 58.3° | 60.6° |
C3 | C4 | O4 | HO4 | 180.0° | 179.8° |
O3 | C3 | C4 | C5 | 171.8° | 173.5° |
O3 | C3 | C4 | O4 | 75.0° | 66.5° |
O3 | C3 | C4 | H4 | 50.2° | 53.6° |
H3 | C3 | C4 | C5 | 70.3° | 66.1° |
H3 | C3 | C4 | O4 | 42.9° | 53.9° |
H3 | C3 | C4 | H4 | 168.1° | 174.0° |
H3 | C3 | O3 | HO3 | 59.8° | 59.7° |
C5 | C4 | O4 | H4 | 121.4° | 120.2° |
C4 | C5 | O5 | H51 | 125.3° | 120.1° |
C4 | C5 | O5 | H52 | 125.3° | 120.2° |
C4 | C5 | H51 | H52 | 116.6° | 119.8° |
C5 | C4 | O4 | HO4 | 65.4° | 60.1° |
O4 | C4 | C5 | O5 | 151.3° | 178.9° |
O4 | C4 | C5 | H51 | 26.1° | 61.0° |
O4 | C4 | C5 | H52 | 83.4° | 58.7° |
H4 | C4 | C5 | O5 | 82.6° | 58.7° |
H4 | C4 | C5 | H51 | 152.1° | 178.8° |
H4 | C4 | C5 | H52 | 42.6° | 61.5° |
H4 | C4 | O4 | HO4 | 56.0° | 60.1° |
O5 | C5 | H51 | H52 | 116.5° | 119.9° |