Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

VW5

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
O7	RH3	sing	2.08Å	2.10Å
RH3	O8	sing	2.08Å	2.10Å
RH3	RH4	sing	2.41Å	2.46Å
O5	RH4	sing	2.08Å	2.11Å
RH4	O6	sing	2.08Å	2.10Å
O8	H8	sing	0.86Å	0.95Å
O5	H5	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H6	sing	0.86Å	0.95Å
O7	H7	sing	0.86Å	0.95Å
RH4	O3	sing	2.08Å	22.94Å
RH3	O1	sing	2.08Å	21.22Å
RH3	O4	sing	2.08Å	21.22Å
RH4	O2	sing	2.08Å	22.94Å
O1	H1	sing	0.86Å	0.00Å
O2	H2	sing	0.86Å	0.00Å
O4	H4	sing	0.86Å	0.00Å
O3	H3	sing	0.86Å	0.00Å
H9	O1	sing	0.86Å	0.00Å
H10	O2	sing	0.86Å	0.00Å
H11	O3	sing	0.86Å	0.00Å
H12	O5	sing	0.86Å	0.95Å
H13	O4	sing	0.86Å	0.00Å
H14	O6	sing	0.86Å	0.95Å
H15	O7	sing	0.86Å	0.95Å
H16	O8	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O7	RH3	O8	178.2°	89.6°
O7	RH3	RH4	93.5°	88.4°
RH3	O7	H7	109.5°	109.4°
O7	RH3	O1	125.3°	179.4°
O7	RH3	O4	125.3°	90.1°
RH3	O7	H15	109.4°	109.5°
O8	RH3	RH4	84.7°	87.1°
RH3	O8	H8	109.5°	109.4°
O8	RH3	O1	56.4°	90.6°
O8	RH3	O4	56.4°	179.6°
RH3	O8	H16	109.5°	109.6°
RH3	RH4	O5	86.3°	90.3°
RH3	RH4	O6	90.9°	94.2°
RH3	RH4	O3	43.5°	86.0°
RH4	RH3	O1	131.9°	92.1°
RH4	RH3	O4	131.9°	93.2°
RH3	RH4	O2	43.5°	90.3°
O5	RH4	O6	177.2°	89.9°
RH4	O5	H5	109.5°	109.4°
O5	RH4	O3	121.7°	90.0°
O5	RH4	O2	121.7°	179.3°
RH4	O5	H12	109.5°	109.5°
RH4	O6	H6	109.5°	109.5°
O6	RH4	O3	55.9°	179.7°
O6	RH4	O2	55.9°	90.4°
RH4	O6	H14	109.5°	109.6°
H8	O8	H16	109.5°	107.4°
H5	O5	H12	109.5°	107.4°
H6	O6	H14	109.5°	107.4°
H7	O7	H15	109.5°	107.5°
O3	RH4	O2	0.0°	89.8°
RH4	O3	H3	90.0°	109.4°
RH4	O3	H11	90.0°	109.4°
O1	RH3	O4	0.0°	89.6°
RH3	O1	H1	90.0°	109.8°
RH3	O1	H9	90.0°	109.5°
RH3	O4	H4	90.0°	109.5°
RH3	O4	H13	90.0°	109.5°
RH4	O2	H2	90.0°	109.6°
RH4	O2	H10	90.0°	109.4°
H1	O1	H9	90.0°	107.4°
H2	O2	H10	90.0°	107.3°
H4	O4	H13	90.0°	107.4°
H3	O3	H11	90.0°	107.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O7	RH3	O8	RH4	12.5°	88.4°
O7	RH3	O8	O1	162.6°	179.5°
O7	RH3	O8	O4	162.6°	56.1°
O7	RH3	RH4	O1	146.5°	179.8°
O7	RH3	RH4	O4	146.5°	90.0°
O7	RH3	RH4	O5	0.1°	44.3°
O7	RH3	RH4	O6	179.7°	45.6°
O7	RH3	O8	H8	180.0°	30.3°
RH3	O7	H7	H15	120.0°	118.8°
O7	RH3	RH4	O3	146.5°	134.2°
O7	RH3	O1	O4	90.0°	62.3°
O7	RH3	RH4	O2	146.5°	136.0°
O7	RH3	O1	H1	90.0°	126.4°
O7	RH3	O4	H4	90.0°	40.6°
O7	RH3	O1	H9	90.0°	115.9°
O7	RH3	O4	H13	90.0°	158.1°
O7	RH3	O8	H16	60.0°	147.8°
O8	RH3	RH4	O1	33.9°	90.5°
O8	RH3	RH4	O4	33.9°	179.8°
O8	RH3	RH4	O5	179.7°	134.0°
O8	RH3	RH4	O6	0.0°	44.1°
RH3	O8	H8	H16	120.0°	118.8°
O8	RH3	O7	H7	180.0°	64.8°
O8	RH3	RH4	O3	33.9°	136.1°
O8	RH3	O1	O4	90.0°	179.7°
O8	RH3	RH4	O2	33.9°	46.3°
O8	RH3	O1	H1	90.0°	9.1°
O8	RH3	O4	H4	90.0°	96.7°
O8	RH3	O1	H9	90.0°	126.7°
O8	RH3	O4	H13	90.0°	145.8°
O8	RH3	O7	H15	60.0°	177.7°
RH3	RH4	O5	O6	5.5°	94.2°
RH3	RH4	O5	O3	26.6°	86.0°
RH3	RH4	O5	O2	26.6°	156.9°
RH3	RH4	O6	O3	27.6°	138.4°
RH3	RH4	O6	O2	27.6°	90.4°
RH4	RH3	O8	H8	167.5°	118.7°
RH3	RH4	O5	H5	180.0°	113.9°
RH3	RH4	O6	H6	180.0°	50.3°
RH4	RH3	O7	H7	167.5°	151.8°
RH3	RH4	O3	O2	90.0°	90.3°
RH4	RH3	O1	O4	90.0°	93.2°
RH4	RH3	O1	H1	90.0°	78.0°
RH3	RH4	O2	H2	90.0°	116.6°
RH4	RH3	O4	H4	90.0°	47.8°
RH3	RH4	O3	H3	90.0°	110.0°
RH4	RH3	O1	H9	90.0°	39.6°
RH3	RH4	O2	H10	90.0°	125.9°
RH3	RH4	O3	H11	90.0°	132.7°
RH3	RH4	O5	H12	60.0°	128.7°
RH4	RH3	O4	H13	90.0°	69.7°
RH3	RH4	O6	H14	60.0°	67.3°
RH4	RH3	O7	H15	47.5°	90.6°
RH4	RH3	O8	H16	72.5°	123.8°
O5	RH4	O6	O3	33.1°	48.0°
O5	RH4	O6	O2	33.1°	179.3°
RH4	O5	H5	H12	120.0°	118.8°
O5	RH4	O6	H6	174.5°	40.0°
O5	RH4	O3	O2	90.0°	179.3°
O5	RH4	RH3	O1	146.4°	135.5°
O5	RH4	RH3	O4	146.4°	45.8°
O5	RH4	O2	H2	90.0°	86.5°
O5	RH4	O3	H3	90.0°	19.6°
O5	RH4	O2	H10	90.0°	30.9°
O5	RH4	O3	H11	90.0°	136.9°
O5	RH4	O6	H14	65.5°	157.6°
O6	RH4	O5	H5	174.5°	19.8°
RH4	O6	H6	H14	120.0°	119.0°
O6	RH4	O3	O2	90.0°	131.3°
O6	RH4	RH3	O1	33.8°	134.6°
O6	RH4	RH3	O4	33.8°	135.6°
O6	RH4	O2	H2	90.0°	22.5°
O6	RH4	O3	H3	90.0°	28.4°
O6	RH4	O2	H10	90.0°	139.9°
O6	RH4	O3	H11	90.0°	88.9°
O6	RH4	O5	H12	54.5°	137.2°
H8	O8	RH3	O1	17.4°	149.2°
H8	O8	RH3	O4	17.4°	25.8°
H5	O5	RH4	O3	153.4°	160.0°
H5	O5	RH4	O2	153.4°	89.2°
H6	O6	RH4	O3	152.4°	88.0°
H6	O6	RH4	O2	152.4°	140.7°
H7	O7	RH3	O1	17.8°	52.6°
H7	O7	RH3	O4	17.8°	114.9°
O3	RH4	RH3	O1	0.0°	45.5°
O3	RH4	RH3	O4	0.0°	44.2°
O3	RH4	O2	H2	90.0°	157.3°
RH4	O3	H3	H11	90.0°	118.6°
O3	RH4	O2	H10	90.0°	39.9°
O3	RH4	O5	H12	86.6°	42.6°
O3	RH4	O6	H14	32.4°	154.4°
O1	RH3	RH4	O2	0.0°	44.2°
RH3	O1	H1	H9	90.0°	119.0°
O1	RH3	O4	H4	90.0°	139.9°
O1	RH3	O4	H13	90.0°	22.4°
O1	RH3	O7	H15	102.3°	64.9°
O1	RH3	O8	H16	137.4°	31.8°
O4	RH3	RH4	O2	0.0°	133.9°
O4	RH3	O1	H1	90.0°	171.3°
RH3	O4	H4	H13	90.0°	118.8°
O4	RH3	O1	H9	90.0°	53.6°
O4	RH3	O7	H15	102.3°	2.6°
O4	RH3	O8	H16	137.4°	91.7°
RH4	O2	H2	H10	90.0°	118.7°
O2	RH4	O3	H3	90.0°	159.7°
O2	RH4	O3	H11	90.0°	42.4°
O2	RH4	O5	H12	86.6°	28.2°
O2	RH4	O6	H14	32.4°	23.1°

Release date:	2023-06-14
Definition date:	2023-04-12
Last modified:	2026-07-31
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	8OQG