Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

VTZ

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
O6	V	sing	2.03Å	1.70Å
O5	V	doub	1.62Å	1.67Å
O4	V	sing	1.96Å	1.96Å
O4	C8	sing	1.25Å	1.19Å
V	O2	sing	1.63Å	1.69Å
V	O3	sing	1.63Å	1.69Å
C14	C13	sing	1.52Å	1.38Å
C13	C11	sing	1.51Å	1.38Å
C8	C11	doub	1.40Å	1.37Å
C8	C9	sing	1.43Å	1.42Å
C11	NA2	sing	1.40Å	1.41Å
O3	C9	doub	1.27Å	1.36Å
C9	C10	sing	1.42Å	1.39Å
NA2	CN2	sing	1.48Å	1.37Å
NA2	C12	sing	1.36Å	1.40Å
C10	C12	doub	1.36Å	1.41Å
C10	H1	sing	0.94Å	1.08Å
C12	H2	sing	0.94Å	1.08Å
C13	H3	sing	0.98Å	1.10Å
C13	H4	sing	0.98Å	1.10Å
C14	H5	sing	0.97Å	1.10Å
C14	H6	sing	0.97Å	1.10Å
C14	H7	sing	0.97Å	1.10Å
CN2	H11	sing	0.97Å	1.10Å
CN2	H12	sing	0.97Å	1.10Å
CN2	H13	sing	0.97Å	1.10Å
V	O1	sing	1.62Å	32.74Å
O2	H9	sing	0.86Å	0.95Å
O2	H10	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H14	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H15	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O6	V	O5	90.5°	89.0°
O6	V	O4	94.3°	85.2°
O6	V	O2	93.6°	94.5°
O6	V	O3	175.7°	173.4°
O6	V	O1	102.1°	84.4°
V	O6	H14	109.5°	109.6°
V	O6	H15	109.4°	110.0°
O5	V	O4	89.2°	89.1°
O5	V	O2	90.8°	97.2°
O5	V	O3	89.6°	94.5°
O5	V	O1	72.2°	172.9°
V	O4	C8	122.0°	105.1°
O4	V	O2	172.1°	173.6°
O4	V	O3	81.3°	89.3°
O4	V	O1	18.9°	88.1°
O4	C8	C11	141.5°	125.1°
O4	C8	C9	101.7°	114.9°
O2	V	O3	90.8°	90.6°
O2	V	O1	156.8°	85.6°
V	O2	H9	109.5°	111.0°
V	O2	H10	109.5°	112.5°
V	O3	C9	112.4°	113.4°
O3	V	O1	73.9°	91.9°
C14	C13	C11	109.6°	113.4°
C14	C13	H3	109.4°	108.9°
C14	C13	H4	109.4°	110.1°
C13	C14	H5	109.5°	109.5°
C13	C14	H6	109.5°	109.6°
C13	C14	H7	109.4°	109.5°
C13	C11	C8	121.7°	116.2°
C13	C11	NA2	113.9°	124.4°
C11	C13	H3	109.4°	109.6°
C11	C13	H4	109.4°	110.3°
C11	C8	C9	116.7°	120.0°
C8	C11	NA2	124.4°	119.4°
C8	C9	O3	122.5°	117.3°
C8	C9	C10	120.2°	117.8°
C11	NA2	CN2	117.0°	122.5°
C11	NA2	C12	118.4°	119.9°
O3	C9	C10	117.3°	125.0°
C9	C10	C12	122.4°	120.0°
C9	C10	H1	118.8°	119.9°
CN2	NA2	C12	124.6°	117.6°
NA2	CN2	H11	109.5°	110.7°
NA2	CN2	H12	109.5°	109.8°
NA2	CN2	H13	109.5°	109.7°
NA2	C12	C10	117.8°	122.8°
NA2	C12	H2	121.1°	119.0°
C12	C10	H1	118.8°	120.1°
C10	C12	H2	121.1°	118.2°
H3	C13	H4	109.5°	104.0°
H5	C14	H6	109.5°	109.4°
H5	C14	H7	109.5°	109.4°
H6	C14	H7	109.4°	109.4°
H11	CN2	H12	109.5°	107.7°
H11	CN2	H13	109.5°	108.8°
H12	CN2	H13	109.5°	110.1°
H9	O2	H10	109.5°	107.4°
H14	O6	H15	109.5°	107.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O6	V	O5	O4	94.3°	85.3°
O6	V	O5	O2	93.6°	94.4°
O6	V	O5	O3	175.7°	174.4°
O6	V	O5	O1	102.5°	18.6°
O6	V	O4	O2	178.9°	87.5°
O6	V	O4	O3	179.8°	176.4°
O6	V	O4	O1	115.2°	84.5°
O6	V	O4	C8	177.8°	178.6°
O6	V	O2	O3	179.8°	175.8°
O6	V	O2	O1	132.5°	84.0°
O6	V	O3	O1	19.9°	55.2°
O6	V	O3	C9	2.8°	35.1°
O6	V	O2	H9	90.6°	3.7°
O6	V	O2	H10	29.5°	124.1°
V	O6	H14	H15	120.0°	119.4°
O5	V	O4	O2	90.7°	176.5°
O5	V	O4	O3	89.7°	94.5°
O5	V	O4	O1	24.8°	173.5°
O5	V	O4	C8	87.3°	92.4°
O5	V	O2	O3	89.6°	94.6°
O5	V	O2	O1	42.0°	173.5°
O5	V	O3	O1	71.5°	177.1°
O5	V	O3	C9	88.6°	86.8°
O5	V	O2	H9	0.0°	85.8°
O5	V	O2	H10	120.0°	34.5°
O5	V	O6	H14	0.0°	132.6°
O5	V	O6	H15	120.0°	14.8°
O4	V	O2	O3	0.9°	88.9°
O4	V	O2	O1	48.6°	3.0°
O4	V	O3	O1	17.8°	88.1°
V	O4	C8	C11	179.0°	178.4°
V	O4	C8	C9	2.8°	1.6°
O4	V	O3	C9	0.7°	2.2°
O4	V	O2	H9	90.5°	90.7°
O4	V	O2	H10	149.4°	149.0°
O4	V	O6	H14	89.3°	43.4°
O4	V	O6	H15	30.7°	74.4°
C8	O4	V	O2	3.3°	91.1°
C8	O4	V	O3	2.4°	2.2°
O4	C8	C11	C13	4.0°	0.1°
O4	C8	C11	C9	175.8°	180.0°
O4	C8	C11	NA2	176.7°	179.8°
O4	C8	C9	O3	2.2°	0.1°
O4	C8	C9	C10	177.8°	179.9°
C8	O4	V	O1	62.6°	94.1°
O2	V	O3	O1	162.3°	85.6°
O2	V	O3	C9	179.4°	175.9°
V	O2	H9	H10	120.0°	123.4°
O2	V	O6	H14	90.8°	130.2°
O2	V	O6	H15	149.1°	112.0°
V	O3	C9	C8	0.6°	1.9°
V	O3	C9	C10	179.4°	178.2°
O3	V	O2	H9	89.6°	179.5°
O3	V	O2	H10	150.4°	60.1°
O3	V	O6	H14	91.4°	10.4°
O3	V	O6	H15	28.6°	107.4°
C14	C13	C11	H3	120.0°	122.0°
C14	C13	C11	H4	120.0°	124.0°
C14	C13	C11	C8	58.9°	87.3°
C14	C13	C11	NA2	121.8°	92.5°
C14	C13	H3	H4	119.9°	117.4°
C13	C14	H5	H6	120.0°	120.1°
C13	C14	H5	H7	120.0°	120.0°
C13	C14	H6	H7	120.0°	120.1°
C13	C11	C8	NA2	179.3°	179.7°
C13	C11	C8	C9	179.9°	179.9°
C13	C11	NA2	CN2	0.2°	0.2°
C13	C11	NA2	C12	179.8°	179.9°
C11	C13	H3	H4	120.0°	118.0°
C11	C13	C14	H5	180.0°	179.2°
C11	C13	C14	H6	60.0°	60.8°
C11	C13	C14	H7	60.0°	59.3°
C11	C8	C9	O3	179.6°	180.0°
C11	C8	C9	C10	0.4°	0.1°
C8	C11	NA2	CN2	179.1°	180.0°
C8	C11	NA2	C12	0.8°	0.2°
C8	C11	C13	H3	178.9°	34.7°
C8	C11	C13	H4	61.1°	148.7°
C9	C8	C11	NA2	0.9°	0.2°
C8	C9	O3	C10	180.0°	179.9°
C8	C9	C10	C12	0.0°	0.0°
C8	C9	C10	H1	179.9°	180.0°
C11	NA2	CN2	C12	179.9°	179.9°
C11	NA2	C12	C10	0.3°	0.1°
C11	NA2	C12	H2	179.7°	179.8°
NA2	C11	C13	H3	1.8°	145.6°
NA2	C11	C13	H4	118.2°	31.6°
C11	NA2	CN2	H11	180.0°	176.7°
C11	NA2	CN2	H12	60.0°	57.9°
C11	NA2	CN2	H13	60.0°	63.2°
O3	C9	C10	C12	180.0°	180.0°
O3	C9	C10	H1	0.1°	0.1°
C9	O3	V	O1	17.1°	90.3°
C9	C10	C12	NA2	0.1°	0.0°
C9	C10	C12	H1	180.0°	179.9°
C9	C10	C12	H2	179.9°	179.9°
CN2	NA2	C12	C10	179.6°	180.0°
CN2	NA2	C12	H2	0.4°	0.1°
NA2	CN2	H11	H12	120.0°	120.1°
NA2	CN2	H11	H13	120.0°	120.6°
NA2	CN2	H12	H13	120.0°	120.9°
NA2	C12	C10	H2	180.0°	179.9°
NA2	C12	C10	H1	179.9°	179.9°
C12	NA2	CN2	H11	0.1°	3.2°
C12	NA2	CN2	H12	120.1°	122.0°
C12	NA2	CN2	H13	119.9°	116.9°
H1	C10	C12	H2	0.1°	0.0°
H3	C13	C14	H5	60.0°	58.4°
H3	C13	C14	H6	60.0°	61.6°
H3	C13	C14	H7	180.0°	178.3°
H4	C13	C14	H5	60.0°	55.1°
H4	C13	C14	H6	180.0°	175.1°
H4	C13	C14	H7	60.1°	64.8°
H5	C14	H6	H7	120.0°	119.8°
H11	CN2	H12	H13	120.0°	118.5°
O1	V	O2	H9	42.0°	87.7°
O1	V	O2	H10	162.0°	152.0°
O1	V	O6	H14	71.9°	45.2°
O1	V	O6	H15	48.2°	162.9°

Release date:	2023-06-07
Definition date:	2023-03-31
Last modified:	2026-07-31
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	8OMT