VNL
Bonds
| First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
| C1 | CO1 | doub | 1.40Å | 1.37Å | Aromatic |
| C1 | CO2 | sing | 1.40Å | 1.27Å | Aromatic |
| C1 | CC | sing | 1.47Å | 1.35Å | |
| CO1 | CM1 | sing | 1.38Å | 1.42Å | Aromatic |
| CO1 | HO1 | sing | 1.08Å | 1.08Å | |
| CO2 | CM2 | doub | 1.38Å | 1.34Å | Aromatic |
| CO2 | HO2 | sing | 1.08Å | 1.08Å | |
| CM1 | CZ | doub | 1.39Å | 1.41Å | Aromatic |
| CM1 | HM1 | sing | 1.08Å | 1.08Å | |
| CM2 | OM | sing | 1.36Å | 1.31Å | |
| CM2 | CZ | sing | 1.40Å | 1.39Å | Aromatic |
| OM | CV | sing | 1.43Å | 1.43Å | |
| CZ | O3 | sing | 1.36Å | 1.46Å | |
| CC | O1 | sing | 1.22Å | 1.28Å | |
| CC | O2 | doub | 1.22Å | 1.24Å | |
| CV | HV1 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| CV | HV2 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| CV | HV3 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O3 | HO3 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
| First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
| CO1 | C1 | CO2 | 123.4° | 119.8° |
| CO1 | C1 | CC | 119.9° | 120.1° |
| C1 | CO1 | CM1 | 119.1° | 120.0° |
| C1 | CO1 | HO1 | 120.4° | 119.9° |
| CO2 | C1 | CC | 116.6° | 120.1° |
| C1 | CO2 | CM2 | 121.6° | 119.9° |
| C1 | CO2 | HO2 | 119.2° | 120.1° |
| C1 | CC | O1 | 124.2° | 120.0° |
| C1 | CC | O2 | 110.4° | 120.0° |
| CM1 | CO1 | HO1 | 120.4° | 120.0° |
| CO1 | CM1 | CZ | 116.0° | 120.1° |
| CO1 | CM1 | HM1 | 122.0° | 119.9° |
| CM2 | CO2 | HO2 | 119.2° | 120.0° |
| CO2 | CM2 | OM | 118.1° | 120.0° |
| CO2 | CM2 | CZ | 120.4° | 120.0° |
| CZ | CM1 | HM1 | 122.0° | 119.9° |
| CM1 | CZ | CM2 | 119.4° | 120.2° |
| CM1 | CZ | O3 | 113.8° | 119.9° |
| OM | CM2 | CZ | 121.1° | 120.0° |
| CM2 | OM | CV | 110.4° | 117.0° |
| CM2 | CZ | O3 | 126.8° | 119.9° |
| OM | CV | HV1 | 109.5° | 109.4° |
| OM | CV | HV2 | 109.5° | 109.5° |
| OM | CV | HV3 | 109.5° | 109.5° |
| CZ | O3 | HO3 | 109.5° | 114.0° |
| O1 | CC | O2 | 125.2° | 120.0° |
| HV1 | CV | HV2 | 109.4° | 109.5° |
| HV1 | CV | HV3 | 109.5° | 109.5° |
| HV2 | CV | HV3 | 109.5° | 109.5° |
Dihedrals
| First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
| CO1 | C1 | CO2 | CC | 176.8° | 179.8° |
| C1 | CO1 | CM1 | HO1 | 180.0° | 180.0° |
| CO1 | C1 | CO2 | CM2 | 0.2° | 0.0° |
| CO1 | C1 | CO2 | HO2 | 179.8° | 180.0° |
| C1 | CO1 | CM1 | CZ | 0.1° | 0.0° |
| C1 | CO1 | CM1 | HM1 | 179.9° | 180.0° |
| CO1 | C1 | CC | O1 | 2.4° | 0.0° |
| CO1 | C1 | CC | O2 | 172.3° | 180.0° |
| CO2 | C1 | CO1 | CM1 | 0.3° | 0.0° |
| CO2 | C1 | CO1 | HO1 | 179.7° | 179.9° |
| C1 | CO2 | CM2 | HO2 | 180.0° | 179.9° |
| C1 | CO2 | CM2 | OM | 173.0° | 180.0° |
| C1 | CO2 | CM2 | CZ | 0.1° | 0.0° |
| CO2 | C1 | CC | O1 | 179.3° | 179.8° |
| CO2 | C1 | CC | O2 | 4.6° | 0.2° |
| CC | C1 | CO1 | CM1 | 176.4° | 179.7° |
| CC | C1 | CO1 | HO1 | 3.6° | 0.3° |
| CC | C1 | CO2 | CM2 | 176.5° | 179.7° |
| CC | C1 | CO2 | HO2 | 3.5° | 0.2° |
| C1 | CC | O1 | O2 | 174.0° | 180.0° |
| CO1 | CM1 | CZ | HM1 | 180.0° | 180.0° |
| CO1 | CM1 | CZ | CM2 | 0.2° | 0.0° |
| CO1 | CM1 | CZ | O3 | 178.7° | 180.0° |
| HO1 | CO1 | CM1 | CZ | 179.9° | 179.9° |
| HO1 | CO1 | CM1 | HM1 | 0.1° | 0.1° |
| CO2 | CM2 | CZ | CM1 | 0.3° | 0.0° |
| CO2 | CM2 | OM | CZ | 172.9° | 180.0° |
| CO2 | CM2 | OM | CV | 1.6° | 0.0° |
| CO2 | CM2 | CZ | O3 | 178.4° | 180.0° |
| HO2 | CO2 | CM2 | OM | 7.0° | 0.1° |
| HO2 | CO2 | CM2 | CZ | 179.9° | 180.0° |
| CM1 | CZ | CM2 | OM | 173.1° | 180.0° |
| CM1 | CZ | CM2 | O3 | 178.8° | 180.0° |
| CM1 | CZ | O3 | HO3 | 180.0° | 90.0° |
| HM1 | CM1 | CZ | CM2 | 179.8° | 180.0° |
| HM1 | CM1 | CZ | O3 | 1.3° | 0.0° |
| OM | CM2 | CZ | O3 | 5.7° | 0.0° |
| CM2 | OM | CV | HV1 | 180.0° | 60.0° |
| CM2 | OM | CV | HV2 | 60.0° | 180.0° |
| CM2 | OM | CV | HV3 | 60.0° | 59.9° |
| CZ | CM2 | OM | CV | 174.5° | 180.0° |
| CM2 | CZ | O3 | HO3 | 1.2° | 90.0° |
| OM | CV | HV1 | HV2 | 120.0° | 120.0° |
| OM | CV | HV1 | HV3 | 120.0° | 120.0° |
| OM | CV | HV2 | HV3 | 120.0° | 120.0° |
| HV1 | CV | HV2 | HV3 | 120.0° | 120.0° |
