Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

T8K

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
O1	N	doub	1.24Å	1.27Å
C30	N3	sing	1.46Å	1.34Å
O6	RU	sing	2.08Å	1.95Å
O3	N	sing	1.25Å	1.40Å
O3	RU	sing	2.09Å	2.04Å
N	O2	sing	1.24Å	1.39Å
O5	RU	sing	2.04Å	2.15Å
N3	C31	sing	1.34Å	1.38Å
N3	C29	sing	1.39Å	1.36Å
RU	C29	sing	1.87Å	2.10Å
RU	O4	sing	2.09Å	2.16Å
C31	C32	doub	1.32Å	1.31Å
C29	N4	sing	1.40Å	1.34Å
C32	N4	sing	1.37Å	1.33Å
N4	C33	sing	1.51Å	1.32Å
O11	C37	sing	1.43Å	1.34Å
C33	C37	sing	1.54Å	1.48Å
C33	O10	sing	1.45Å	1.33Å
C37	C36	sing	1.55Å	1.61Å
O10	C34	sing	1.45Å	1.52Å
C36	O13	sing	1.43Å	1.54Å
C36	C35	sing	1.53Å	1.43Å
C34	C35	sing	1.54Å	1.49Å
C34	C38	sing	1.51Å	1.50Å
C35	O15	sing	1.43Å	1.43Å
C38	O17	sing	1.42Å	1.39Å
O11	H4	sing	0.84Å	0.95Å
C37	H5	sing	0.99Å	1.10Å
C36	H6	sing	0.99Å	1.10Å
O13	H7	sing	0.84Å	0.95Å
C35	H8	sing	0.99Å	1.10Å
O15	H9	sing	0.84Å	0.95Å
C34	H10	sing	1.00Å	1.10Å
C38	H11	sing	0.99Å	1.10Å
C38	H12	sing	0.99Å	1.10Å
O17	H13	sing	0.85Å	0.95Å
C33	H14	sing	0.99Å	1.10Å
C32	H15	sing	0.95Å	1.08Å
C31	H16	sing	0.94Å	1.08Å
C30	H17	sing	0.97Å	1.10Å
C30	H18	sing	0.97Å	1.10Å
C30	H19	sing	0.97Å	1.10Å
O5	H2	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H3	sing	0.86Å	0.95Å
O4	H1	sing	0.86Å	0.95Å
H20	O4	sing	0.86Å	0.95Å
H21	O5	sing	0.86Å	0.95Å
H22	O6	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O1	N	O3	124.6°	122.5°
O1	N	O2	121.4°	118.4°
C30	N3	C31	124.0°	125.4°
C30	N3	C29	133.0°	125.0°
N3	C30	H17	109.5°	109.4°
N3	C30	H18	109.5°	110.0°
N3	C30	H19	109.4°	109.4°
O6	RU	O3	88.5°	98.2°
O6	RU	O5	89.9°	88.5°
O6	RU	C29	89.9°	88.0°
O6	RU	O4	179.1°	175.1°
RU	O6	H3	109.5°	109.8°
RU	O6	H22	109.5°	109.5°
N	O3	RU	134.8°	124.7°
O3	N	O2	113.9°	119.2°
O3	RU	O5	89.3°	89.8°
O3	RU	C29	91.8°	94.3°
O3	RU	O4	90.7°	82.4°
O5	RU	C29	178.8°	175.0°
O5	RU	O4	90.4°	86.6°
RU	O5	H2	109.5°	109.6°
RU	O5	H21	109.5°	109.4°
C31	N3	C29	103.0°	109.7°
N3	C31	C32	111.3°	107.4°
N3	C31	H16	124.3°	126.0°
N3	C29	RU	115.0°	118.2°
N3	C29	N4	109.8°	105.6°
C29	RU	O4	89.8°	96.8°
RU	C29	N4	134.6°	133.9°
RU	O4	H1	109.5°	110.1°
RU	O4	H20	109.5°	108.8°
C31	C32	N4	107.5°	111.5°
C31	C32	H15	126.3°	126.0°
C32	C31	H16	124.3°	126.5°
C29	N4	C32	108.3°	105.8°
C29	N4	C33	137.6°	132.7°
C32	N4	C33	114.1°	121.4°
N4	C32	H15	126.2°	122.6°
N4	C33	C37	121.8°	114.3°
N4	C33	O10	122.3°	110.4°
N4	C33	H14	92.8°	105.3°
O11	C37	C33	109.4°	110.8°
O11	C37	C36	107.0°	108.9°
C37	O11	H4	109.5°	111.0°
O11	C37	H5	105.6°	108.3°
C37	C33	O10	115.2°	108.8°
C33	C37	C36	126.0°	110.3°
C33	C37	H5	104.1°	109.6°
C37	C33	H14	92.5°	108.8°
C33	O10	C34	107.5°	115.6°
O10	C33	H14	92.8°	109.1°
C37	C36	O13	120.9°	107.3°
C37	C36	C35	102.8°	113.2°
C36	C37	H5	102.9°	108.8°
C37	C36	H6	109.3°	108.6°
O10	C34	C35	137.7°	111.1°
O10	C34	C38	114.0°	104.4°
O10	C34	H10	100.2°	108.7°
O13	C36	C35	101.0°	111.9°
O13	C36	H6	110.2°	107.7°
C36	O13	H7	109.5°	110.9°
C36	C35	C34	111.6°	110.4°
C36	C35	O15	110.1°	107.7°
C35	C36	H6	111.9°	107.9°
C36	C35	H8	109.7°	108.6°
C35	C34	C38	98.0°	116.4°
C34	C35	O15	106.9°	114.3°
C34	C35	H8	108.9°	108.6°
C35	C34	H10	100.5°	108.1°
C34	C38	O17	108.0°	112.0°
C38	C34	H10	100.3°	107.8°
C34	C38	H11	109.8°	109.2°
C34	C38	H12	109.9°	109.6°
O15	C35	H8	109.7°	107.1°
C35	O15	H9	109.5°	111.7°
O17	C38	H11	109.9°	108.9°
O17	C38	H12	109.8°	109.2°
C38	O17	H13	109.5°	109.4°
H11	C38	H12	109.5°	107.9°
H17	C30	H18	109.5°	109.3°
H17	C30	H19	109.5°	109.3°
H18	C30	H19	109.5°	109.3°
H2	O5	H21	109.5°	107.4°
H3	O6	H22	109.5°	107.4°
H1	O4	H20	109.4°	106.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O1	N	O3	O2	177.5°	178.7°
O1	N	O3	RU	179.8°	18.7°
C30	N3	C31	C29	179.2°	179.3°
C30	N3	C29	RU	7.3°	15.1°
C30	N3	C31	C32	179.9°	179.3°
C30	N3	C29	N4	179.6°	179.7°
C30	N3	C31	H16	0.1°	0.4°
N3	C30	H17	H18	120.0°	120.5°
N3	C30	H17	H19	120.0°	119.9°
N3	C30	H18	H19	120.0°	120.2°
O6	RU	O3	N	140.1°	132.6°
O6	RU	O3	O5	89.9°	88.5°
O6	RU	O3	C29	89.8°	88.6°
O6	RU	O3	O4	179.7°	175.1°
O6	RU	O5	C29	79.3°	45.7°
O6	RU	O5	O4	179.2°	179.3°
O6	RU	C29	N3	46.5°	116.9°
O6	RU	C29	O4	179.2°	179.0°
O6	RU	C29	N4	123.2°	43.1°
O6	RU	O5	H2	180.0°	50.2°
RU	O6	H3	H22	120.0°	119.0°
O6	RU	O4	H1	180.0°	68.8°
O6	RU	O4	H20	60.0°	47.3°
O6	RU	O5	H21	60.0°	67.3°
N	O3	RU	O5	130.0°	139.0°
N	O3	RU	C29	50.2°	44.0°
N	O3	RU	O4	39.6°	52.4°
RU	O3	N	O2	2.3°	162.6°
O3	RU	O5	C29	167.8°	143.9°
O3	RU	O5	O4	90.7°	82.4°
O3	RU	C29	N3	42.0°	145.0°
O3	RU	C29	O4	90.7°	82.9°
O3	RU	C29	N4	148.3°	55.0°
O3	RU	O5	H2	91.5°	48.0°
O3	RU	O6	H3	180.0°	73.7°
O3	RU	O4	H1	157.5°	29.1°
O3	RU	O4	H20	82.5°	145.2°
O3	RU	O5	H21	28.5°	165.5°
O3	RU	O6	H22	60.0°	168.6°
O5	RU	C29	N3	125.8°	71.2°
O5	RU	C29	O4	101.5°	133.3°
O5	RU	C29	N4	43.9°	88.8°
RU	O5	H2	H21	120.0°	118.7°
O5	RU	O6	H3	90.7°	15.9°
O5	RU	O4	H1	68.2°	61.1°
O5	RU	O4	H20	171.8°	55.0°
O5	RU	O6	H22	29.3°	101.8°
C31	N3	C29	RU	173.5°	164.2°
N3	C31	C32	H16	180.0°	179.7°
C31	N3	C29	N4	1.2°	1.0°
N3	C31	C32	N4	0.2°	1.2°
N3	C31	C32	H15	179.9°	179.4°
C31	N3	C30	H17	180.0°	143.1°
C31	N3	C30	H18	60.0°	23.0°
C31	N3	C30	H19	60.0°	97.1°
N3	C29	RU	N4	169.8°	160.0°
N3	C29	RU	O4	132.7°	62.1°
C29	N3	C31	C32	0.9°	0.1°
N3	C29	N4	C32	1.2°	1.6°
N3	C29	N4	C33	179.2°	178.4°
C29	N3	C31	H16	179.1°	179.7°
C29	N3	C30	H17	1.0°	36.1°
C29	N3	C30	H18	119.0°	156.2°
C29	N3	C30	H19	121.0°	83.6°
RU	C29	N4	C32	171.4°	160.2°
RU	C29	N4	C33	9.0°	16.6°
C29	RU	O5	H2	100.7°	95.9°
C29	RU	O6	H3	88.1°	167.7°
C29	RU	O4	H1	110.6°	122.6°
C29	RU	O4	H20	9.4°	121.3°
C29	RU	O5	H21	139.3°	21.6°
C29	RU	O6	H22	151.9°	74.6°
O4	RU	C29	N4	57.6°	137.9°
O4	RU	O5	H2	0.8°	130.5°
O4	RU	O6	H3	157.5°	23.6°
RU	O4	H1	H20	120.0°	117.7°
O4	RU	O5	H21	119.2°	112.0°
O4	RU	O6	H22	82.5°	94.1°
C31	C32	N4	C29	0.6°	1.8°
C31	C32	N4	H15	180.0°	178.3°
C31	C32	N4	C33	179.6°	179.0°
C29	N4	C32	C33	179.7°	177.2°
C29	N4	C33	C37	107.2°	109.3°
C29	N4	C33	O10	82.7°	13.7°
C29	N4	C33	H14	12.5°	131.3°
C29	N4	C32	H15	179.3°	179.9°
C32	N4	C33	C37	73.2°	74.4°
C32	N4	C33	O10	96.9°	162.6°
C32	N4	C33	H14	167.9°	45.0°
N4	C32	C31	H16	179.8°	179.2°
N4	C33	C37	O11	13.2°	60.8°
N4	C33	C37	O10	170.8°	123.9°
N4	C33	C37	H14	94.9°	117.3°
N4	C33	O10	H14	95.2°	115.3°
N4	C33	C37	C36	142.8°	178.5°
N4	C33	O10	C34	178.5°	172.9°
N4	C33	C37	H5	99.3°	58.7°
C33	N4	C32	H15	0.4°	2.7°
O11	C37	C33	C36	129.6°	120.7°
O11	C37	C33	H5	112.5°	119.5°
O11	C37	C33	O10	176.0°	175.3°
O11	C37	C36	H5	111.0°	117.9°
O11	C37	C36	O13	63.7°	62.7°
O11	C37	C36	C35	175.1°	173.4°
O11	C37	C36	H6	65.9°	53.6°
O11	C37	C33	H14	81.7°	56.5°
C37	C33	O10	H14	94.1°	118.6°
C33	C37	C36	H5	118.4°	120.3°
C37	C33	O10	C34	10.8°	61.0°
C33	C37	C36	O13	165.7°	175.5°
C33	C37	C36	C35	54.3°	51.6°
C33	C37	O11	H4	180.0°	166.3°
C33	C37	C36	H6	64.7°	68.2°
O10	C33	C37	C36	46.4°	54.6°
C33	O10	C34	C35	9.9°	59.3°
C33	O10	C34	C38	125.7°	174.4°
O10	C33	C37	H5	71.4°	65.2°
C33	O10	C34	H10	128.1°	59.5°
C37	C36	O13	C35	112.3°	124.7°
C37	C36	O13	H6	129.2°	116.8°
C37	C36	C35	H6	117.2°	120.3°
C37	C36	C35	C34	26.6°	48.9°
C37	C36	C35	O15	91.8°	76.5°
C36	C37	O11	H4	40.6°	72.2°
C37	C36	O13	H7	180.0°	167.2°
C37	C36	C35	H8	147.4°	167.9°
C36	C37	C33	H14	47.9°	64.1°
O10	C34	C35	C36	1.7°	50.6°
O10	C34	C35	C38	139.8°	119.3°
O10	C34	C35	H10	118.1°	119.2°
O10	C34	C38	H10	106.2°	115.5°
O10	C34	C35	O15	118.6°	71.0°
O10	C34	C38	O17	142.6°	169.0°
O10	C34	C35	H8	123.0°	169.6°
O10	C34	C38	H11	97.6°	48.3°
O10	C34	C38	H12	22.9°	69.7°
C34	O10	C33	H14	83.3°	57.6°
O13	C36	C35	H6	117.3°	118.4°
O13	C36	C35	C34	152.2°	170.3°
O13	C36	C35	O15	33.8°	44.9°
O13	C36	C37	H5	47.3°	55.2°
O13	C36	C35	H8	87.1°	70.7°
C36	C35	C34	O15	120.3°	121.6°
C36	C35	C34	H8	121.2°	118.9°
C36	C35	C34	C38	141.5°	170.0°
C36	C35	O15	H8	120.8°	116.6°
C35	C36	C37	H5	64.1°	68.7°
C35	C36	O13	H7	67.7°	68.1°
C36	C35	O15	H9	180.0°	156.3°
C36	C35	C34	H10	116.3°	68.5°
C35	C34	C38	H10	102.2°	121.6°
C34	C35	O15	H8	117.9°	120.3°
C35	C34	C38	O17	65.8°	68.1°
C34	C35	C36	H6	90.5°	71.3°
C34	C35	O15	H9	58.7°	80.6°
C35	C34	C38	H11	54.0°	171.2°
C35	C34	C38	H12	174.5°	53.2°
C38	C34	C35	O15	21.2°	48.4°
C34	C38	O17	H11	119.8°	120.8°
C34	C38	O17	H12	119.8°	121.6°
C38	C34	C35	H8	97.2°	71.1°
C34	C38	H11	H12	120.7°	119.0°
C34	C38	O17	H13	180.0°	180.0°
O15	C35	C36	H6	151.0°	163.2°
O15	C35	C34	H10	123.3°	169.8°
O17	C38	C34	H10	36.4°	53.5°
O17	C38	H11	H12	120.7°	118.4°
H4	O11	C37	H5	68.5°	46.0°
H5	C37	C36	H6	176.9°	171.5°
H5	C37	C33	H14	165.7°	176.0°
H6	C36	O13	H7	50.8°	50.3°
H6	C36	C35	H8	30.2°	47.6°
H8	C35	O15	H9	59.2°	39.7°
H8	C35	C34	H10	4.9°	50.4°
H10	C34	C38	H11	156.2°	67.2°
H10	C34	C38	H12	83.3°	174.8°
H11	C38	O17	H13	60.2°	59.2°
H12	C38	O17	H13	60.2°	58.4°
H15	C32	C31	H16	0.1°	0.9°
H17	C30	H18	H19	120.0°	119.6°

Release date:	2024-01-10
Definition date:	2023-01-04
Last modified:	2026-09-16
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	8C39