SEB
Bonds
| First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
| C | CA | sing | 1.51Å | 1.52Å | |
| C | O | doub | 1.21Å | 1.24Å | |
| C | OXT | sing | 1.34Å | 1.33Å | |
| N | CA | sing | 1.47Å | 1.48Å | |
| N | H | sing | 1.01Å | 1.02Å | |
| N | H2 | sing | 1.01Å | 1.02Å | |
| CI2 | CH2 | doub | 1.38Å | 1.40Å | Aromatic |
| CI2 | CJ | sing | 1.38Å | 1.39Å | Aromatic |
| CI2 | HI2 | sing | 1.08Å | 1.10Å | |
| CH2 | CZ | sing | 1.38Å | 1.46Å | Aromatic |
| CH2 | HH2 | sing | 1.08Å | 1.10Å | |
| CJ | CI1 | doub | 1.38Å | 1.42Å | Aromatic |
| CJ | HJ | sing | 1.08Å | 1.10Å | |
| CI1 | CH1 | sing | 1.38Å | 1.41Å | Aromatic |
| CI1 | HI1 | sing | 1.08Å | 1.10Å | |
| CH1 | CZ | doub | 1.38Å | 1.42Å | Aromatic |
| CH1 | HH1 | sing | 1.08Å | 1.10Å | |
| CZ | CE | sing | 1.51Å | 1.55Å | |
| CE | SD | sing | 1.81Å | 1.80Å | |
| CE | HE3 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
| CE | HE2 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
| OD2 | SD | doub | 1.42Å | 1.44Å | |
| OD1 | SD | doub | 1.42Å | 1.46Å | |
| SD | OG | sing | 1.52Å | 1.57Å | |
| OG | CB | sing | 1.43Å | 1.34Å | |
| CB | CA | sing | 1.53Å | 1.47Å | |
| CB | HB3 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
| CB | HB2 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
| CA | HA | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
| OXT | HXT | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
| First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
| CA | C | O | 113.1° | 120.0° |
| CA | C | OXT | 118.7° | 120.0° |
| C | CA | N | 109.2° | 109.5° |
| C | CA | CB | 124.6° | 109.5° |
| C | CA | HA | 96.9° | 109.5° |
| O | C | OXT | 128.2° | 120.0° |
| C | OXT | HXT | 118.7° | 120.0° |
| CA | N | H | 109.3° | 106.6° |
| CA | N | H2 | 112.3° | 106.7° |
| N | CA | CB | 103.8° | 109.5° |
| N | CA | HA | 120.4° | 109.4° |
| H | N | H2 | 112.2° | 106.8° |
| CH2 | CI2 | CJ | 121.7° | 120.0° |
| CH2 | CI2 | HI2 | 119.7° | 120.0° |
| CI2 | CH2 | CZ | 115.5° | 120.0° |
| CI2 | CH2 | HH2 | 120.4° | 120.0° |
| CJ | CI2 | HI2 | 118.6° | 120.0° |
| CI2 | CJ | CI1 | 123.0° | 120.0° |
| CI2 | CJ | HJ | 117.2° | 120.0° |
| CZ | CH2 | HH2 | 124.1° | 120.0° |
| CH2 | CZ | CH1 | 122.4° | 120.0° |
| CH2 | CZ | CE | 119.6° | 120.0° |
| CI1 | CJ | HJ | 119.8° | 120.0° |
| CJ | CI1 | CH1 | 117.3° | 120.0° |
| CJ | CI1 | HI1 | 122.0° | 120.0° |
| CH1 | CI1 | HI1 | 120.7° | 120.0° |
| CI1 | CH1 | CZ | 120.0° | 120.0° |
| CI1 | CH1 | HH1 | 119.6° | 120.0° |
| CZ | CH1 | HH1 | 120.4° | 120.0° |
| CH1 | CZ | CE | 118.0° | 120.0° |
| CZ | CE | SD | 112.4° | 109.5° |
| CZ | CE | HE3 | 111.1° | 109.4° |
| CZ | CE | HE2 | 111.1° | 109.5° |
| SD | CE | HE3 | 111.1° | 109.5° |
| SD | CE | HE2 | 111.1° | 109.5° |
| CE | SD | OD2 | 110.6° | 111.6° |
| CE | SD | OD1 | 106.9° | 111.6° |
| CE | SD | OG | 113.2° | 103.2° |
| HE3 | CE | HE2 | 99.2° | 109.5° |
| OD2 | SD | OD1 | 110.7° | 122.1° |
| OD2 | SD | OG | 103.8° | 102.8° |
| OD1 | SD | OG | 111.6° | 102.8° |
| SD | OG | CB | 132.4° | 106.9° |
| OG | CB | CA | 124.9° | 109.6° |
| OG | CB | HB3 | 106.7° | 109.4° |
| OG | CB | HB2 | 106.7° | 109.4° |
| CA | CB | HB3 | 106.8° | 109.4° |
| CA | CB | HB2 | 106.8° | 109.6° |
| CB | CA | HA | 103.2° | 109.4° |
| HB3 | CB | HB2 | 102.9° | 109.4° |
Dihedrals
| First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
| CA | C | O | OXT | 175.9° | 179.9° |
| C | CA | N | CB | 134.8° | 120.1° |
| C | CA | N | HA | 110.6° | 120.0° |
| C | CA | N | H | 180.0° | 60.0° |
| C | CA | N | H2 | 54.8° | 173.8° |
| C | CA | CB | OG | 60.9° | 180.0° |
| C | CA | CB | HA | 108.1° | 120.0° |
| C | CA | CB | HB3 | 173.8° | 60.0° |
| C | CA | CB | HB2 | 64.3° | 60.0° |
| CA | C | OXT | HXT | 180.0° | 180.0° |
| O | C | CA | N | 162.3° | 30.0° |
| O | C | CA | CB | 74.6° | 90.1° |
| O | C | CA | HA | 36.7° | 149.9° |
| O | C | OXT | HXT | 4.3° | 0.1° |
| OXT | C | CA | N | 14.0° | 150.0° |
| OXT | C | CA | CB | 109.1° | 90.0° |
| OXT | C | CA | HA | 139.6° | 30.0° |
| CA | N | H | H2 | 125.3° | 113.8° |
| N | CA | CB | OG | 64.6° | 59.9° |
| N | CA | CB | HA | 126.3° | 119.9° |
| N | CA | CB | HB3 | 60.6° | 60.0° |
| N | CA | CB | HB2 | 170.2° | 180.0° |
| H | N | CA | CB | 45.2° | 60.1° |
| H | N | CA | HA | 69.4° | 180.0° |
| H2 | N | CA | CB | 80.0° | 53.7° |
| H2 | N | CA | HA | 165.4° | 66.2° |
| CH2 | CI2 | CJ | HI2 | 180.0° | 180.0° |
| CI2 | CH2 | CZ | HH2 | 180.0° | 179.9° |
| CH2 | CI2 | CJ | CI1 | 2.9° | 0.0° |
| CH2 | CI2 | CJ | HJ | 177.1° | 180.0° |
| CI2 | CH2 | CZ | CH1 | 0.6° | 0.4° |
| CI2 | CH2 | CZ | CE | 179.8° | 180.0° |
| CJ | CI2 | CH2 | CZ | 2.4° | 0.0° |
| CJ | CI2 | CH2 | HH2 | 177.7° | 180.0° |
| CI2 | CJ | CI1 | HJ | 180.0° | 180.0° |
| CI2 | CJ | CI1 | CH1 | 0.3° | 0.2° |
| CI2 | CJ | CI1 | HI1 | 179.7° | 180.0° |
| HI2 | CI2 | CH2 | CZ | 177.7° | 179.9° |
| HI2 | CI2 | CH2 | HH2 | 2.3° | 0.0° |
| HI2 | CI2 | CJ | CI1 | 177.1° | 180.0° |
| HI2 | CI2 | CJ | HJ | 2.9° | 0.0° |
| CH2 | CZ | CH1 | CI1 | 3.1° | 0.6° |
| CH2 | CZ | CH1 | CE | 179.2° | 179.6° |
| CH2 | CZ | CH1 | HH1 | 176.9° | 179.9° |
| CH2 | CZ | CE | SD | 92.0° | 90.1° |
| CH2 | CZ | CE | HE3 | 142.8° | 29.9° |
| CH2 | CZ | CE | HE2 | 33.3° | 150.0° |
| HH2 | CH2 | CZ | CH1 | 179.4° | 179.7° |
| HH2 | CH2 | CZ | CE | 0.2° | 0.1° |
| CJ | CI1 | CH1 | HI1 | 180.0° | 179.9° |
| CJ | CI1 | CH1 | CZ | 2.6° | 0.5° |
| CJ | CI1 | CH1 | HH1 | 177.3° | 180.0° |
| HJ | CJ | CI1 | CH1 | 179.7° | 179.8° |
| HJ | CJ | CI1 | HI1 | 0.3° | 0.1° |
| CI1 | CH1 | CZ | HH1 | 180.0° | 179.6° |
| CI1 | CH1 | CZ | CE | 177.7° | 179.8° |
| HI1 | CI1 | CH1 | CZ | 177.4° | 179.7° |
| HI1 | CI1 | CH1 | HH1 | 2.6° | 0.1° |
| CH1 | CZ | CE | SD | 87.3° | 90.3° |
| CH1 | CZ | CE | HE3 | 38.0° | 149.7° |
| CH1 | CZ | CE | HE2 | 147.5° | 29.7° |
| HH1 | CH1 | CZ | CE | 2.4° | 0.3° |
| CZ | CE | SD | HE3 | 125.3° | 120.0° |
| CZ | CE | SD | HE2 | 125.3° | 120.0° |
| CZ | CE | HE3 | HE2 | 117.0° | 120.0° |
| CZ | CE | SD | OD2 | 48.5° | 70.3° |
| CZ | CE | SD | OD1 | 169.1° | 70.3° |
| CZ | CE | SD | OG | 67.6° | 180.0° |
| SD | CE | HE3 | HE2 | 117.0° | 120.0° |
| CE | SD | OD2 | OD1 | 118.4° | 135.8° |
| CE | SD | OD2 | OG | 121.8° | 110.0° |
| CE | SD | OD1 | OG | 124.3° | 110.0° |
| CE | SD | OG | CB | 73.9° | 90.0° |
| HE3 | CE | SD | OD2 | 76.8° | 169.8° |
| HE3 | CE | SD | OD1 | 43.9° | 49.7° |
| HE3 | CE | SD | OG | 167.2° | 60.0° |
| HE2 | CE | SD | OD2 | 173.8° | 49.7° |
| HE2 | CE | SD | OD1 | 65.6° | 169.8° |
| HE2 | CE | SD | OG | 57.7° | 60.0° |
| OD2 | SD | OD1 | OG | 115.1° | 114.3° |
| OD2 | SD | OG | CB | 166.0° | 153.9° |
| OD1 | SD | OG | CB | 46.7° | 26.2° |
| SD | OG | CB | CA | 96.3° | 180.0° |
| SD | OG | CB | HB3 | 29.0° | 60.0° |
| SD | OG | CB | HB2 | 138.5° | 59.9° |
| OG | CB | CA | HB3 | 125.2° | 119.9° |
| OG | CB | CA | HB2 | 125.3° | 120.1° |
| OG | CB | HB3 | HB2 | 112.2° | 119.9° |
| OG | CB | CA | HA | 169.1° | 60.0° |
| CA | CB | HB3 | HB2 | 112.2° | 120.1° |
| HB3 | CB | CA | HA | 65.7° | 179.9° |
| HB2 | CB | CA | HA | 43.8° | 60.1° |
