RP5
Bonds
| First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
| C1 | O4 | sing | 1.44Å | 1.41Å | |
| C1 | C2 | sing | 1.54Å | 1.53Å | |
| C1 | O1 | sing | 1.43Å | 1.40Å | |
| C1 | H1 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O4 | C4 | sing | 1.44Å | 1.42Å | |
| C2 | O2 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
| C2 | C3 | sing | 1.55Å | 1.53Å | |
| C2 | H2 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O2 | HO2 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| C3 | O3 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
| C3 | C4 | sing | 1.54Å | 1.54Å | |
| C3 | H3 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O3 | HO3 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| C4 | C5 | sing | 1.53Å | 1.54Å | |
| C4 | H4 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C5 | O5 | sing | 1.43Å | 1.45Å | |
| C5 | H51 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C5 | H52 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O5 | P' | sing | 1.61Å | 1.58Å | |
| P' | O1X | doub | 1.48Å | 1.48Å | |
| P' | O2X | sing | 1.61Å | 1.54Å | |
| P' | O3X | sing | 1.61Å | 1.53Å | |
| O2X | HO' | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O3X | HOA | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O1 | HO1 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
| First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
| O4 | C1 | C2 | 105.9° | 104.8° |
| O4 | C1 | O1 | 104.9° | 110.4° |
| O4 | C1 | H1 | 115.9° | 110.4° |
| C1 | O4 | C4 | 111.3° | 105.3° |
| C2 | C1 | O1 | 113.1° | 110.4° |
| C2 | C1 | H1 | 108.2° | 110.4° |
| C1 | C2 | O2 | 109.7° | 110.6° |
| C1 | C2 | C3 | 101.7° | 104.0° |
| C1 | C2 | H2 | 114.1° | 110.5° |
| O1 | C1 | H1 | 109.0° | 110.4° |
| C1 | O1 | HO1 | 109.5° | 114.0° |
| O4 | C4 | C3 | 106.4° | 104.8° |
| O4 | C4 | C5 | 110.7° | 110.4° |
| O4 | C4 | H4 | 111.6° | 110.4° |
| O2 | C2 | C3 | 109.1° | 110.5° |
| O2 | C2 | H2 | 107.4° | 110.4° |
| C2 | O2 | HO2 | 109.5° | 114.0° |
| C3 | C2 | H2 | 114.7° | 110.6° |
| C2 | C3 | O3 | 107.6° | 110.5° |
| C2 | C3 | C4 | 103.1° | 104.1° |
| C2 | C3 | H3 | 116.7° | 110.5° |
| O3 | C3 | C4 | 114.8° | 110.5° |
| O3 | C3 | H3 | 105.3° | 110.4° |
| C3 | O3 | HO3 | 109.5° | 114.0° |
| C4 | C3 | H3 | 109.7° | 110.6° |
| C3 | C4 | C5 | 112.1° | 110.4° |
| C3 | C4 | H4 | 110.3° | 110.4° |
| C5 | C4 | H4 | 105.9° | 110.5° |
| C4 | C5 | O5 | 111.2° | 109.5° |
| C4 | C5 | H51 | 108.9° | 109.5° |
| C4 | C5 | H52 | 108.9° | 109.5° |
| O5 | C5 | H51 | 108.9° | 109.5° |
| O5 | C5 | H52 | 108.9° | 109.5° |
| C5 | O5 | P' | 115.8° | 123.0° |
| H51 | C5 | H52 | 110.0° | 109.4° |
| O5 | P' | O1X | 109.5° | 109.5° |
| O5 | P' | O2X | 109.3° | 109.5° |
| O5 | P' | O3X | 110.3° | 109.5° |
| O1X | P' | O2X | 109.1° | 109.4° |
| O1X | P' | O3X | 109.4° | 109.5° |
| O2X | P' | O3X | 109.2° | 109.5° |
| P' | O2X | HO' | 109.5° | 114.0° |
| P' | O3X | HOA | 109.5° | 114.0° |
Dihedrals
| First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
| O4 | C1 | C2 | O1 | 114.4° | 118.8° |
| O4 | C1 | C2 | H1 | 124.8° | 118.8° |
| O4 | C1 | O1 | H1 | 124.7° | 122.3° |
| O4 | C1 | C2 | O2 | 82.8° | 142.6° |
| O4 | C1 | C2 | C3 | 32.6° | 24.0° |
| O4 | C1 | C2 | H2 | 156.7° | 94.8° |
| C1 | O4 | C4 | C3 | 0.9° | 40.5° |
| C1 | O4 | C4 | C5 | 122.9° | 159.3° |
| C1 | O4 | C4 | H4 | 119.4° | 78.3° |
| O4 | C1 | O1 | HO1 | 180.0° | 61.4° |
| C2 | C1 | O1 | H1 | 120.4° | 122.3° |
| C2 | C1 | O4 | C4 | 20.2° | 40.5° |
| C1 | C2 | O2 | C3 | 110.6° | 114.6° |
| C1 | C2 | O2 | H2 | 124.5° | 122.6° |
| C1 | C2 | C3 | H2 | 123.7° | 118.7° |
| C1 | C2 | O2 | HO2 | 180.0° | 61.4° |
| C1 | C2 | C3 | O3 | 153.7° | 118.6° |
| C1 | C2 | C3 | C4 | 32.0° | 0.0° |
| C1 | C2 | C3 | H3 | 88.3° | 118.8° |
| C2 | C1 | O1 | HO1 | 65.1° | 176.8° |
| O1 | C1 | O4 | C4 | 99.6° | 159.4° |
| O1 | C1 | C2 | O2 | 162.8° | 98.6° |
| O1 | C1 | C2 | C3 | 81.8° | 142.8° |
| O1 | C1 | C2 | H2 | 42.3° | 24.0° |
| H1 | C1 | O4 | C4 | 140.1° | 78.3° |
| H1 | C1 | C2 | O2 | 42.0° | 23.8° |
| H1 | C1 | C2 | C3 | 157.4° | 94.9° |
| H1 | C1 | C2 | H2 | 78.5° | 146.4° |
| H1 | C1 | O1 | HO1 | 55.3° | 60.8° |
| O4 | C4 | C3 | C2 | 21.4° | 24.0° |
| O4 | C4 | C3 | O3 | 138.2° | 142.6° |
| O4 | C4 | C3 | C5 | 121.1° | 118.8° |
| O4 | C4 | C3 | H4 | 121.2° | 118.8° |
| O4 | C4 | C3 | H3 | 103.5° | 94.8° |
| O4 | C4 | C5 | H4 | 121.2° | 122.3° |
| O4 | C4 | C5 | O5 | 60.6° | 66.5° |
| O4 | C4 | C5 | H51 | 179.3° | 173.5° |
| O4 | C4 | C5 | H52 | 59.4° | 53.6° |
| O2 | C2 | C3 | H2 | 120.5° | 122.6° |
| O2 | C2 | C3 | O3 | 37.9° | 0.0° |
| O2 | C2 | C3 | C4 | 83.8° | 118.7° |
| O2 | C2 | C3 | H3 | 155.9° | 122.5° |
| C3 | C2 | O2 | HO2 | 69.4° | 176.1° |
| C2 | C3 | O3 | C4 | 114.1° | 114.6° |
| C2 | C3 | O3 | H3 | 125.1° | 122.6° |
| C2 | C3 | C4 | H3 | 124.9° | 118.7° |
| C2 | C3 | O3 | HO3 | 180.0° | 61.5° |
| C2 | C3 | C4 | C5 | 142.5° | 142.8° |
| C2 | C3 | C4 | H4 | 99.8° | 94.8° |
| H2 | C2 | O2 | HO2 | 55.4° | 61.2° |
| H2 | C2 | C3 | O3 | 82.5° | 122.6° |
| H2 | C2 | C3 | C4 | 155.7° | 118.7° |
| H2 | C2 | C3 | H3 | 35.5° | 0.1° |
| O3 | C3 | C4 | H3 | 118.3° | 122.6° |
| O3 | C3 | C4 | C5 | 100.7° | 98.6° |
| O3 | C3 | C4 | H4 | 16.9° | 23.8° |
| C4 | C3 | O3 | HO3 | 65.9° | 176.1° |
| C3 | C4 | C5 | H4 | 120.2° | 122.3° |
| C3 | C4 | C5 | O5 | 179.2° | 178.2° |
| C3 | C4 | C5 | H51 | 60.7° | 58.2° |
| C3 | C4 | C5 | H52 | 59.2° | 61.8° |
| H3 | C3 | O3 | HO3 | 54.9° | 61.1° |
| H3 | C3 | C4 | C5 | 17.6° | 24.1° |
| H3 | C3 | C4 | H4 | 135.3° | 146.4° |
| C4 | C5 | O5 | H51 | 120.0° | 120.0° |
| C4 | C5 | O5 | H52 | 120.0° | 120.0° |
| C4 | C5 | H51 | H52 | 119.3° | 120.0° |
| C4 | C5 | O5 | P' | 86.7° | 180.0° |
| H4 | C4 | C5 | O5 | 60.5° | 55.9° |
| H4 | C4 | C5 | H51 | 59.5° | 64.1° |
| H4 | C4 | C5 | H52 | 179.5° | 175.9° |
| O5 | C5 | H51 | H52 | 119.3° | 120.0° |
| C5 | O5 | P' | O1X | 179.2° | 55.0° |
| C5 | O5 | P' | O2X | 61.3° | 65.0° |
| C5 | O5 | P' | O3X | 58.8° | 175.0° |
| H51 | C5 | O5 | P' | 33.3° | 60.0° |
| H52 | C5 | O5 | P' | 153.3° | 60.0° |
| O5 | P' | O1X | O2X | 119.6° | 120.0° |
| O5 | P' | O1X | O3X | 121.0° | 120.0° |
| O5 | P' | O2X | O3X | 120.7° | 120.0° |
| O5 | P' | O2X | HO' | 119.7° | 60.0° |
| O5 | P' | O3X | HOA | 120.4° | 180.0° |
| O1X | P' | O2X | O3X | 119.6° | 120.0° |
| O1X | P' | O2X | HO' | 0.0° | 180.0° |
| O1X | P' | O3X | HOA | 0.0° | 60.0° |
| O2X | P' | O3X | HOA | 119.4° | 60.0° |
| O3X | P' | O2X | HO' | 119.6° | 60.0° |
