RIP
Bonds
First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
C1 | C2 | sing | 1.53Å | 1.55Å | |
C1 | O1 | sing | 1.43Å | 1.41Å | |
C1 | O5 | sing | 1.43Å | 1.44Å | |
C1 | H1 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
C2 | C3 | sing | 1.53Å | 1.53Å | |
C2 | O2 | sing | 1.43Å | 1.43Å | |
C2 | H2 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
C3 | C4 | sing | 1.53Å | 1.53Å | |
C3 | O3 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
C3 | H3 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
C4 | C5 | sing | 1.53Å | 1.51Å | |
C4 | O4 | sing | 1.43Å | 1.39Å | |
C4 | H4 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
C5 | O5 | sing | 1.42Å | 1.41Å | |
C5 | H51 | sing | 1.09Å | 1.12Å | |
C5 | H52 | sing | 1.09Å | 1.11Å | |
O1 | HO1 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O2 | HO2 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O3 | HO3 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O4 | HO4 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
C2 | C1 | O1 | 111.4° | 109.4° |
C2 | C1 | O5 | 110.4° | 109.8° |
C2 | C1 | H1 | 107.3° | 109.4° |
C1 | C2 | C3 | 109.6° | 109.1° |
C1 | C2 | O2 | 111.7° | 109.5° |
C1 | C2 | H2 | 107.9° | 109.6° |
O1 | C1 | O5 | 108.8° | 109.5° |
O1 | C1 | H1 | 108.9° | 109.4° |
C1 | O1 | HO1 | 111.4° | 106.8° |
O5 | C1 | H1 | 110.0° | 109.4° |
C1 | O5 | C5 | 114.1° | 107.7° |
C3 | C2 | O2 | 109.4° | 109.6° |
C3 | C2 | H2 | 110.2° | 109.4° |
C2 | C3 | C4 | 110.0° | 108.7° |
C2 | C3 | O3 | 110.4° | 109.6° |
C2 | C3 | H3 | 108.7° | 109.6° |
O2 | C2 | H2 | 108.0° | 109.6° |
C2 | O2 | HO2 | 111.7° | 106.8° |
C4 | C3 | O3 | 110.3° | 109.6° |
C4 | C3 | H3 | 108.9° | 109.7° |
C3 | C4 | C5 | 111.9° | 109.1° |
C3 | C4 | O4 | 110.1° | 109.6° |
C3 | C4 | H4 | 106.9° | 109.5° |
O3 | C3 | H3 | 108.4° | 109.6° |
C3 | O3 | HO3 | 110.4° | 106.8° |
C5 | C4 | O4 | 108.0° | 109.6° |
C5 | C4 | H4 | 109.0° | 109.5° |
C4 | C5 | O5 | 109.6° | 109.8° |
C4 | C5 | H51 | 112.1° | 109.4° |
C4 | C5 | H52 | 112.2° | 109.4° |
O4 | C4 | H4 | 111.0° | 109.6° |
C4 | O4 | HO4 | 110.1° | 106.8° |
O5 | C5 | H51 | 112.1° | 109.4° |
O5 | C5 | H52 | 112.1° | 109.4° |
H51 | C5 | H52 | 98.3° | 109.4° |
Dihedrals
First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
C2 | C1 | O1 | O5 | 121.9° | 120.3° |
C2 | C1 | O1 | H1 | 118.2° | 119.8° |
C2 | C1 | O5 | H1 | 118.2° | 120.1° |
C1 | C2 | C3 | O2 | 122.7° | 120.0° |
C1 | C2 | C3 | H2 | 118.6° | 119.9° |
C1 | C2 | O2 | H2 | 118.5° | 120.2° |
C1 | C2 | C3 | C4 | 51.4° | 53.6° |
C1 | C2 | C3 | O3 | 70.5° | 66.2° |
C1 | C2 | C3 | H3 | 170.6° | 173.5° |
C2 | C1 | O5 | C5 | 60.9° | 67.5° |
C2 | C1 | O1 | HO1 | 180.0° | 179.7° |
C1 | C2 | O2 | HO2 | 180.0° | 60.0° |
O1 | C1 | O5 | H1 | 119.2° | 119.9° |
O1 | C1 | C2 | C3 | 175.6° | 178.7° |
O1 | C1 | C2 | O2 | 63.0° | 58.7° |
O1 | C1 | C2 | H2 | 55.5° | 61.5° |
O1 | C1 | O5 | C5 | 176.6° | 172.4° |
O5 | C1 | C2 | C3 | 54.6° | 61.1° |
O5 | C1 | C2 | O2 | 176.0° | 178.9° |
O5 | C1 | C2 | H2 | 65.5° | 58.6° |
C1 | O5 | C5 | C4 | 60.9° | 67.6° |
C1 | O5 | C5 | H51 | 64.3° | 52.6° |
C1 | O5 | C5 | H52 | 173.9° | 172.4° |
O5 | C1 | O1 | HO1 | 58.1° | 60.0° |
H1 | C1 | C2 | C3 | 65.3° | 58.9° |
H1 | C1 | C2 | O2 | 56.1° | 61.1° |
H1 | C1 | C2 | H2 | 174.7° | 178.7° |
H1 | C1 | O5 | C5 | 57.3° | 52.5° |
H1 | C1 | O1 | HO1 | 61.8° | 59.9° |
C3 | C2 | O2 | H2 | 120.0° | 120.1° |
C2 | C3 | C4 | O3 | 122.0° | 119.8° |
C2 | C3 | C4 | H3 | 119.1° | 119.9° |
C2 | C3 | O3 | H3 | 119.0° | 120.4° |
C2 | C3 | C4 | C5 | 53.1° | 53.5° |
C2 | C3 | C4 | O4 | 173.1° | 173.5° |
C2 | C3 | C4 | H4 | 66.3° | 66.3° |
C3 | C2 | O2 | HO2 | 58.5° | 179.7° |
C2 | C3 | O3 | HO3 | 180.0° | 180.0° |
O2 | C2 | C3 | C4 | 174.1° | 173.5° |
O2 | C2 | C3 | O3 | 52.2° | 53.8° |
O2 | C2 | C3 | H3 | 66.7° | 66.6° |
H2 | C2 | C3 | C4 | 67.2° | 66.3° |
H2 | C2 | C3 | O3 | 170.9° | 173.9° |
H2 | C2 | C3 | H3 | 52.0° | 53.6° |
H2 | C2 | O2 | HO2 | 61.5° | 60.2° |
C4 | C3 | O3 | H3 | 119.2° | 120.4° |
C3 | C4 | C5 | O4 | 121.3° | 119.9° |
C3 | C4 | C5 | H4 | 118.0° | 119.8° |
C3 | C4 | O4 | H4 | 118.1° | 120.2° |
C3 | C4 | C5 | O5 | 56.1° | 61.2° |
C3 | C4 | C5 | H51 | 69.1° | 58.9° |
C3 | C4 | C5 | H52 | 178.6° | 178.8° |
C4 | C3 | O3 | HO3 | 58.2° | 60.8° |
C3 | C4 | O4 | HO4 | 180.0° | 179.8° |
O3 | C3 | C4 | C5 | 68.9° | 66.2° |
O3 | C3 | C4 | O4 | 51.2° | 53.7° |
O3 | C3 | C4 | H4 | 171.8° | 173.9° |
H3 | C3 | C4 | C5 | 172.2° | 173.4° |
H3 | C3 | C4 | O4 | 67.8° | 66.7° |
H3 | C3 | C4 | H4 | 52.9° | 53.5° |
H3 | C3 | O3 | HO3 | 61.0° | 59.6° |
C5 | C4 | O4 | H4 | 119.5° | 120.2° |
C4 | C5 | O5 | H51 | 125.2° | 120.1° |
C4 | C5 | O5 | H52 | 125.3° | 120.1° |
C4 | C5 | H51 | H52 | 118.1° | 119.8° |
C5 | C4 | O4 | HO4 | 57.6° | 60.2° |
O4 | C4 | C5 | O5 | 177.4° | 178.9° |
O4 | C4 | C5 | H51 | 52.2° | 61.0° |
O4 | C4 | C5 | H52 | 57.3° | 58.9° |
H4 | C4 | C5 | O5 | 61.9° | 58.7° |
H4 | C4 | C5 | H51 | 172.9° | 178.8° |
H4 | C4 | C5 | H52 | 63.4° | 61.4° |
H4 | C4 | O4 | HO4 | 61.9° | 60.0° |
O5 | C5 | H51 | H52 | 118.1° | 119.8° |