Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

R3D

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
O2	RU2	sing	2.09Å	2.01Å
O8	RU2	sing	2.09Å	2.02Å
RU2	O4	sing	2.09Å	2.02Å
RU2	O6	sing	2.09Å	2.02Å
RU2	RU1	sing	2.85Å	2.27Å
O1	RU1	sing	2.09Å	2.02Å
O3	RU1	sing	2.09Å	2.02Å
RU1	O7	sing	2.10Å	2.02Å
RU1	O5	sing	2.10Å	2.02Å
O1	H1	sing	0.86Å	0.95Å
O2	H2	sing	0.86Å	0.95Å
O3	H3	sing	0.86Å	0.95Å
O4	H4	sing	0.86Å	0.95Å
O5	H5	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H6	sing	0.86Å	0.95Å
O7	H7	sing	0.86Å	0.95Å
O8	H8	sing	0.86Å	0.95Å
H9	O1	sing	0.86Å	0.95Å
H10	O2	sing	0.86Å	0.95Å
H11	O3	sing	0.86Å	0.95Å
H12	O4	sing	0.86Å	0.95Å
H13	O5	sing	0.86Å	0.95Å
H14	O6	sing	0.86Å	0.95Å
H15	O7	sing	0.86Å	0.95Å
H16	O8	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O2	RU2	O8	91.9°	119.6°
O2	RU2	O4	87.2°	119.9°
O2	RU2	O6	174.9°	89.8°
O2	RU2	RU1	84.7°	130.9°
RU2	O2	H2	109.5°	109.5°
RU2	O2	H10	109.5°	109.5°
O8	RU2	O4	178.6°	120.5°
O8	RU2	O6	90.1°	89.6°
O8	RU2	RU1	91.7°	80.3°
RU2	O8	H8	109.5°	109.5°
RU2	O8	H16	109.4°	109.5°
O4	RU2	O6	90.9°	89.5°
O4	RU2	RU1	89.3°	62.3°
RU2	O4	H4	109.5°	109.6°
RU2	O4	H12	109.4°	109.7°
O6	RU2	RU1	90.6°	137.7°
RU2	O6	H6	109.5°	109.5°
RU2	O6	H14	109.4°	109.4°
RU2	RU1	O1	85.8°	148.0°
RU2	RU1	O3	90.9°	78.9°
RU2	RU1	O7	87.8°	48.5°
RU2	RU1	O5	90.1°	117.3°
O1	RU1	O3	90.3°	119.6°
O1	RU1	O7	90.1°	119.9°
O1	RU1	O5	175.8°	90.1°
RU1	O1	H1	109.5°	109.5°
RU1	O1	H9	109.5°	109.5°
O3	RU1	O7	178.6°	120.5°
O3	RU1	O5	89.4°	90.1°
RU1	O3	H3	109.5°	109.5°
RU1	O3	H11	109.4°	109.5°
O7	RU1	O5	90.2°	91.5°
RU1	O7	H7	109.5°	110.1°
RU1	O7	H15	109.5°	109.5°
RU1	O5	H5	109.5°	110.0°
RU1	O5	H13	109.5°	109.6°
H1	O1	H9	109.5°	107.4°
H2	O2	H10	109.5°	107.4°
H3	O3	H11	109.5°	107.4°
H4	O4	H12	109.4°	107.4°
H5	O5	H13	109.5°	107.4°
H6	O6	H14	109.5°	107.4°
H7	O7	H15	109.5°	107.4°
H8	O8	H16	109.4°	107.4°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O2	RU2	O8	O4	48.0°	178.6°
O2	RU2	O8	O6	175.3°	89.5°
O2	RU2	O8	RU1	84.7°	131.8°
O2	RU2	O4	O6	175.3°	89.4°
O2	RU2	O4	RU1	84.7°	123.4°
O2	RU2	O6	RU1	21.6°	165.4°
O2	RU2	RU1	O1	10.1°	54.4°
O2	RU2	RU1	O3	80.1°	176.0°
O2	RU2	RU1	O7	100.3°	26.3°
O2	RU2	RU1	O5	169.5°	91.7°
RU2	O2	H2	H10	120.0°	118.8°
O2	RU2	O4	H4	180.0°	154.4°
O2	RU2	O6	H6	180.0°	43.5°
O2	RU2	O8	H8	180.0°	7.9°
O2	RU2	O4	H12	60.0°	87.9°
O2	RU2	O6	H14	60.0°	74.0°
O2	RU2	O8	H16	60.0°	109.5°
O8	RU2	O4	O6	136.7°	89.2°
O8	RU2	O4	RU1	132.8°	58.0°
O8	RU2	O6	RU1	91.7°	75.0°
O8	RU2	RU1	O1	81.7°	175.4°
O8	RU2	RU1	O3	171.9°	55.0°
O8	RU2	RU1	O7	8.6°	94.7°
O8	RU2	RU1	O5	98.8°	29.3°
O8	RU2	O2	H2	180.0°	12.9°
O8	RU2	O4	H4	131.9°	24.1°
O8	RU2	O6	H6	66.7°	76.2°
RU2	O8	H8	H16	120.0°	118.8°
O8	RU2	O2	H10	60.0°	130.4°
O8	RU2	O4	H12	108.1°	93.5°
O8	RU2	O6	H14	53.3°	166.3°
O4	RU2	O6	RU1	89.3°	45.5°
O4	RU2	RU1	O1	97.3°	52.5°
O4	RU2	RU1	O3	7.1°	77.2°
O4	RU2	RU1	O7	172.5°	133.1°
O4	RU2	RU1	O5	82.2°	161.5°
O4	RU2	O2	H2	1.1°	168.5°
RU2	O4	H4	H12	120.0°	119.1°
O4	RU2	O6	H6	112.3°	163.3°
O4	RU2	O8	H8	132.0°	170.7°
O4	RU2	O2	H10	121.1°	51.0°
O4	RU2	O6	H14	127.7°	45.8°
O4	RU2	O8	H16	12.0°	71.9°
O6	RU2	RU1	O1	171.8°	106.1°
O6	RU2	RU1	O3	98.0°	23.5°
O6	RU2	RU1	O7	81.6°	173.2°
O6	RU2	RU1	O5	8.6°	107.8°
O6	RU2	O2	H2	66.8°	102.2°
O6	RU2	O4	H4	4.7°	65.0°
RU2	O6	H6	H14	120.0°	118.8°
O6	RU2	O8	H8	4.7°	81.5°
O6	RU2	O2	H10	53.2°	140.3°
O6	RU2	O4	H12	115.3°	177.3°
O6	RU2	O8	H16	124.7°	161.0°
RU2	RU1	O1	O3	90.8°	119.6°
RU2	RU1	O1	O7	87.8°	58.4°
RU2	RU1	O1	O5	6.2°	150.2°
RU2	RU1	O3	O7	17.6°	26.0°
RU2	RU1	O3	O5	90.1°	117.8°
RU2	RU1	O7	O5	90.1°	126.1°
RU2	RU1	O1	H1	180.0°	116.0°
RU1	RU2	O2	H2	88.5°	90.8°
RU2	RU1	O3	H3	180.0°	110.7°
RU1	RU2	O4	H4	95.3°	82.1°
RU2	RU1	O5	H5	180.0°	17.2°
RU1	RU2	O6	H6	158.4°	151.2°
RU2	RU1	O7	H7	180.0°	110.3°
RU1	RU2	O8	H8	95.3°	139.7°
RU2	RU1	O1	H9	60.0°	1.5°
RU1	RU2	O2	H10	31.6°	26.7°
RU2	RU1	O3	H11	60.0°	131.8°
RU1	RU2	O4	H12	24.7°	35.5°
RU2	RU1	O5	H13	60.0°	135.2°
RU1	RU2	O6	H14	38.4°	91.3°
RU2	RU1	O7	H15	60.0°	131.9°
RU1	RU2	O8	H16	144.7°	22.3°
O1	RU1	O3	O7	103.4°	178.0°
O1	RU1	O3	O5	175.9°	90.2°
O1	RU1	O7	O5	175.9°	91.0°
RU1	O1	H1	H9	120.0°	118.8°
O1	RU1	O3	H3	94.2°	97.3°
O1	RU1	O5	H5	173.9°	145.5°
O1	RU1	O7	H7	94.2°	106.8°
O1	RU1	O3	H11	25.8°	20.1°
O1	RU1	O5	H13	53.9°	27.6°
O1	RU1	O7	H15	145.8°	11.0°
O3	RU1	O7	O5	72.5°	91.0°
O3	RU1	O1	H1	89.2°	124.4°
RU1	O3	H3	H11	120.0°	118.8°
O3	RU1	O5	H5	89.2°	94.8°
O3	RU1	O7	H7	162.4°	75.3°
O3	RU1	O1	H9	150.8°	118.1°
O3	RU1	O5	H13	30.8°	147.3°
O3	RU1	O7	H15	42.4°	166.9°
O7	RU1	O1	H1	92.2°	57.6°
O7	RU1	O3	H3	162.4°	84.7°
O7	RU1	O5	H5	92.2°	25.7°
RU1	O7	H7	H15	120.0°	119.1°
O7	RU1	O1	H9	27.8°	59.9°
O7	RU1	O3	H11	77.6°	157.8°
O7	RU1	O5	H13	147.8°	92.3°
O5	RU1	O1	H1	173.8°	34.2°
O5	RU1	O3	H3	89.9°	7.1°
RU1	O5	H5	H13	120.0°	119.3°
O5	RU1	O7	H7	89.9°	15.7°
O5	RU1	O1	H9	66.2°	151.7°
O5	RU1	O3	H11	150.1°	110.4°
O5	RU1	O7	H15	30.1°	102.1°

Release date:	2023-06-28
Definition date:	2022-11-22
Last modified:	2026-09-16
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	8BPH