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Summary Geometry Related PDB entries

PON

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
P1	O1	doub	1.55Å	1.50Å
P1	O2	sing	1.61Å	1.49Å
P1	O3	sing	1.61Å	1.59Å
P1	O4	sing	1.55Å	1.59Å
O2	HO2	sing	0.97Å	0.95Å
O3	P2	sing	1.61Å	1.55Å
P2	O5	sing	1.61Å	1.48Å
P2	O6	sing	1.61Å	1.53Å
P2	N7	doub	1.55Å	1.49Å
O5	HO5	sing	0.97Å	0.95Å
N7	H7	sing	0.97Å	1.02Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O1	P1	O2	119.6°	109.5°
O1	P1	O3	109.7°	109.4°
O1	P1	O4	106.9°	109.5°
O2	P1	O3	111.0°	109.5°
O2	P1	O4	103.9°	109.5°
P1	O2	HO2	119.6°	106.8°
O3	P1	O4	104.3°	109.5°
P1	O3	P2	160.4°	106.8°
O3	P2	O5	112.1°	109.5°
O3	P2	O6	110.7°	109.5°
O3	P2	N7	112.3°	109.5°
O5	P2	O6	104.8°	109.4°
O5	P2	N7	110.4°	109.5°
P2	O5	HO5	112.1°	106.8°
O6	P2	N7	106.2°	109.4°
P2	N7	H7	110.8°	120.1°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O1	P1	O2	O3	129.4°	120.0°
O1	P1	O2	O4	119.1°	120.0°
O1	P1	O3	O4	114.2°	120.0°
O1	P1	O2	HO2	180.0°	60.0°
O1	P1	O3	P2	114.3°	75.0°
O2	P1	O3	O4	111.3°	120.0°
O2	P1	O3	P2	111.2°	165.0°
O3	P1	O2	HO2	50.6°	180.0°
P1	O3	P2	O5	179.5°	60.0°
P1	O3	P2	O6	63.0°	60.0°
P1	O3	P2	N7	55.5°	180.0°
O4	P1	O2	HO2	60.9°	60.0°
O4	P1	O3	P2	0.1°	45.0°
O3	P2	O5	O6	120.1°	120.0°
O3	P2	O5	N7	126.0°	120.1°
O3	P2	O6	N7	122.1°	120.1°
O3	P2	O5	HO5	180.0°	60.0°
O3	P2	N7	H7	154.9°	180.0°
O5	P2	O6	N7	116.9°	120.0°
O5	P2	N7	H7	79.2°	60.0°
O6	P2	O5	HO5	59.8°	180.0°
O6	P2	N7	H7	33.8°	60.0°
N7	P2	O5	HO5	54.1°	60.0°

222415

PDB entries from 2024-07-10

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