LDY
Bonds
First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
C4 | C5 | sing | 1.53Å | 1.51Å | |
C5 | O5 | sing | 1.43Å | 1.45Å | |
C5 | H51 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
C5 | H52 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
C1 | O5 | sing | 1.43Å | 1.45Å | |
C2 | C1 | sing | 1.53Å | 1.56Å | |
C1 | O1 | sing | 1.43Å | 1.40Å | |
C1 | H1 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
O2 | C2 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
C3 | C2 | sing | 1.53Å | 1.54Å | |
C2 | H2 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
O2 | HO2 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O3 | C3 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
C3 | C4 | sing | 1.53Å | 1.52Å | |
C3 | H3 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
O3 | HO3 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
C4 | O4 | sing | 1.43Å | 1.42Å | |
C4 | H4 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
O4 | HO4 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
O1 | HO1 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
C4 | C5 | O5 | 109.7° | 109.4° |
C4 | C5 | H51 | 109.4° | 109.5° |
C4 | C5 | H52 | 109.4° | 109.5° |
C5 | C4 | C3 | 108.3° | 109.1° |
C5 | C4 | O4 | 110.1° | 109.6° |
C5 | C4 | H4 | 110.0° | 109.5° |
O5 | C5 | H51 | 109.4° | 109.5° |
O5 | C5 | H52 | 109.4° | 109.4° |
C5 | O5 | C1 | 114.1° | 114.1° |
H51 | C5 | H52 | 109.6° | 109.5° |
O5 | C1 | C2 | 111.9° | 109.4° |
O5 | C1 | O1 | 107.1° | 109.4° |
O5 | C1 | H1 | 109.0° | 109.5° |
C2 | C1 | O1 | 108.2° | 109.5° |
C2 | C1 | H1 | 108.0° | 109.5° |
C1 | C2 | O2 | 109.0° | 109.5° |
C1 | C2 | C3 | 114.3° | 109.2° |
C1 | C2 | H2 | 106.2° | 109.6° |
O1 | C1 | H1 | 112.7° | 109.5° |
C1 | O1 | HO1 | 109.5° | 114.0° |
O2 | C2 | C3 | 108.7° | 109.5° |
O2 | C2 | H2 | 112.1° | 109.5° |
C2 | O2 | HO2 | 109.5° | 114.0° |
C3 | C2 | H2 | 106.6° | 109.6° |
C2 | C3 | O3 | 110.4° | 109.6° |
C2 | C3 | C4 | 111.2° | 109.0° |
C2 | C3 | H3 | 107.6° | 109.5° |
O3 | C3 | C4 | 109.1° | 109.6° |
O3 | C3 | H3 | 109.7° | 109.6° |
C3 | O3 | HO3 | 109.5° | 114.0° |
C4 | C3 | H3 | 108.9° | 109.6° |
C3 | C4 | O4 | 109.9° | 109.5° |
C3 | C4 | H4 | 110.2° | 109.5° |
O4 | C4 | H4 | 108.4° | 109.6° |
C4 | O4 | HO4 | 109.5° | 113.9° |
Dihedrals
First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
C4 | C5 | O5 | H51 | 120.0° | 120.0° |
C4 | C5 | O5 | H52 | 119.9° | 119.9° |
C4 | C5 | H51 | H52 | 119.9° | 120.0° |
C4 | C5 | O5 | C1 | 64.1° | 61.2° |
C5 | C4 | C3 | C2 | 54.8° | 57.0° |
C5 | C4 | C3 | O3 | 67.2° | 62.8° |
C5 | C4 | C3 | O4 | 120.2° | 120.0° |
C5 | C4 | C3 | H4 | 120.3° | 119.8° |
C5 | C4 | C3 | H3 | 173.1° | 176.9° |
C5 | C4 | O4 | H4 | 120.3° | 120.2° |
C5 | C4 | O4 | HO4 | 22.7° | 60.3° |
O5 | C5 | H51 | H52 | 119.9° | 120.0° |
C5 | O5 | C1 | C2 | 50.9° | 61.2° |
C5 | O5 | C1 | O1 | 169.3° | 178.8° |
C5 | O5 | C1 | H1 | 68.5° | 58.8° |
O5 | C5 | C4 | C3 | 64.5° | 57.7° |
O5 | C5 | C4 | O4 | 55.6° | 62.2° |
O5 | C5 | C4 | H4 | 175.0° | 177.5° |
H51 | C5 | O5 | C1 | 175.9° | 58.8° |
H51 | C5 | C4 | C3 | 175.5° | 62.3° |
H51 | C5 | C4 | O4 | 64.4° | 177.8° |
H51 | C5 | C4 | H4 | 55.0° | 57.5° |
H52 | C5 | O5 | C1 | 55.9° | 178.8° |
H52 | C5 | C4 | C3 | 55.4° | 177.6° |
H52 | C5 | C4 | O4 | 175.6° | 57.7° |
H52 | C5 | C4 | H4 | 65.0° | 62.6° |
O5 | C1 | C2 | O1 | 117.8° | 119.9° |
O5 | C1 | C2 | H1 | 120.0° | 120.0° |
O5 | C1 | O1 | H1 | 119.9° | 120.1° |
O5 | C1 | C2 | O2 | 162.6° | 177.6° |
O5 | C1 | C2 | C3 | 40.8° | 57.7° |
O5 | C1 | C2 | H2 | 76.4° | 62.3° |
O5 | C1 | O1 | HO1 | 46.3° | 60.1° |
C2 | C1 | O1 | H1 | 119.3° | 120.1° |
C1 | C2 | O2 | C3 | 125.2° | 119.7° |
C1 | C2 | O2 | H2 | 117.3° | 120.1° |
C1 | C2 | C3 | H2 | 117.0° | 120.0° |
C1 | C2 | O2 | HO2 | 11.1° | 60.0° |
C1 | C2 | C3 | O3 | 77.1° | 62.8° |
C1 | C2 | C3 | C4 | 44.2° | 57.0° |
C1 | C2 | C3 | H3 | 163.3° | 176.9° |
C2 | C1 | O1 | HO1 | 167.1° | 179.9° |
O1 | C1 | C2 | O2 | 79.6° | 62.5° |
O1 | C1 | C2 | C3 | 158.6° | 177.6° |
O1 | C1 | C2 | H2 | 41.4° | 57.6° |
H1 | C1 | C2 | O2 | 42.7° | 57.6° |
H1 | C1 | C2 | C3 | 79.2° | 62.3° |
H1 | C1 | C2 | H2 | 163.7° | 177.7° |
H1 | C1 | O1 | HO1 | 73.6° | 60.0° |
O2 | C2 | C3 | H2 | 121.0° | 120.1° |
O2 | C2 | C3 | O3 | 45.0° | 57.1° |
O2 | C2 | C3 | C4 | 166.2° | 176.9° |
O2 | C2 | C3 | H3 | 74.7° | 63.2° |
C3 | C2 | O2 | HO2 | 136.3° | 179.7° |
C2 | C3 | O3 | C4 | 122.4° | 119.5° |
C2 | C3 | O3 | H3 | 118.3° | 120.2° |
C2 | C3 | C4 | H3 | 118.3° | 119.8° |
C2 | C3 | O3 | HO3 | 96.9° | 179.9° |
C2 | C3 | C4 | O4 | 65.5° | 62.9° |
C2 | C3 | C4 | H4 | 175.1° | 176.8° |
H2 | C2 | O2 | HO2 | 106.2° | 60.1° |
H2 | C2 | C3 | O3 | 165.9° | 177.2° |
H2 | C2 | C3 | C4 | 72.8° | 63.0° |
H2 | C2 | C3 | H3 | 46.3° | 56.9° |
O3 | C3 | C4 | H3 | 119.7° | 120.3° |
O3 | C3 | C4 | O4 | 172.6° | 177.2° |
O3 | C3 | C4 | H4 | 53.2° | 57.0° |
C4 | C3 | O3 | HO3 | 140.7° | 60.4° |
C3 | C4 | O4 | H4 | 120.5° | 120.1° |
C3 | C4 | O4 | HO4 | 141.9° | 180.0° |
H3 | C3 | O3 | HO3 | 21.5° | 59.8° |
H3 | C3 | C4 | O4 | 52.9° | 56.9° |
H3 | C3 | C4 | H4 | 66.5° | 63.3° |
H4 | C4 | O4 | HO4 | 97.6° | 59.8° |