Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

F5T

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
C4	C3	sing	1.50Å	1.55Å
O3	RH1	sing	2.28Å	2.07Å
O7	C3	doub	1.25Å	1.24Å
O7	RH1	sing	2.18Å	2.07Å
C3	O8	sing	1.25Å	1.23Å
O4	RH2	sing	2.16Å	2.08Å
O8	RH2	sing	2.12Å	2.09Å
RH1	RH2	sing	2.29Å	2.38Å
RH1	O0	sing	2.17Å	2.09Å
RH1	O1	sing	3.83Å	2.10Å
RH2	O9	sing	2.11Å	2.09Å
RH2	O2	sing	1.92Å	2.09Å
O0	C5	sing	1.24Å	1.24Å
O1	C1	doub	1.26Å	1.21Å
C5	O9	doub	1.24Å	1.23Å
C5	C6	sing	1.54Å	1.57Å
F3	C6	sing	1.32Å	1.35Å
C1	O2	sing	1.25Å	1.24Å
C1	C2	sing	1.50Å	1.55Å
F1	C6	sing	1.31Å	1.35Å
C6	F2	sing	1.31Å	1.36Å
O3	H1	sing	0.86Å	0.95Å
O4	H2	sing	0.86Å	0.95Å
C2	H4	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H5	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H6	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H8	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H9	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H10	sing	0.97Å	1.10Å
H3	O3	sing	0.86Å	0.95Å
H7	O4	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
C4	C3	O7	97.2°	118.4°
C4	C3	O8	139.6°	118.0°
C3	C4	H8	109.5°	109.7°
C3	C4	H9	109.5°	109.7°
C3	C4	H10	109.4°	109.7°
O3	RH1	O7	89.9°	90.7°
O3	RH1	RH2	94.5°	161.8°
O3	RH1	O0	90.3°	90.4°
O3	RH1	O1	179.8°	179.5°
RH1	O3	H1	109.5°	109.4°
RH1	O3	H3	109.4°	109.5°
C3	O7	RH1	124.2°	105.5°
O7	C3	O8	123.1°	123.6°
O7	RH1	RH2	84.7°	88.9°
O7	RH1	O0	174.6°	177.4°
O7	RH1	O1	90.2°	89.4°
C3	O8	RH2	118.3°	108.3°
O4	RH2	O8	89.6°	90.3°
O4	RH2	RH1	87.0°	49.5°
O4	RH2	O9	91.5°	90.5°
O4	RH2	O2	175.8°	161.8°
RH2	O4	H2	109.5°	109.6°
RH2	O4	H7	109.5°	109.4°
O8	RH2	RH1	89.6°	88.8°
O8	RH2	O9	175.5°	176.5°
O8	RH2	O2	89.3°	90.3°
RH2	RH1	O0	89.9°	89.3°
RH2	RH1	O1	85.3°	17.7°
RH1	RH2	O9	86.2°	89.1°
RH1	RH2	O2	88.9°	148.7°
O0	RH1	O1	89.7°	89.4°
RH1	O0	C5	114.4°	103.6°
RH1	O1	C1	122.2°	109.1°
O9	RH2	O2	89.2°	90.1°
RH2	O9	C5	118.5°	106.7°
RH2	O2	C1	118.4°	81.0°
O0	C5	O9	130.1°	129.1°
O0	C5	C6	126.8°	116.3°
O1	C1	O2	125.2°	120.9°
O1	C1	C2	114.4°	119.6°
O9	C5	C6	103.1°	114.5°
C5	C6	F3	107.5°	114.1°
C5	C6	F1	102.9°	112.0°
C5	C6	F2	120.8°	112.2°
F3	C6	F1	109.4°	105.9°
F3	C6	F2	107.2°	106.1°
O2	C1	C2	120.2°	119.5°
C1	C2	H4	109.5°	109.7°
C1	C2	H5	109.4°	109.6°
C1	C2	H6	109.5°	109.6°
F1	C6	F2	108.7°	106.0°
H1	O3	H3	109.4°	107.4°
H2	O4	H7	109.4°	107.4°
H4	C2	H5	109.5°	109.4°
H4	C2	H6	109.5°	109.2°
H5	C2	H6	109.5°	109.4°
H8	C4	H9	109.5°	109.2°
H8	C4	H10	109.4°	109.2°
H9	C4	H10	109.5°	109.2°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
C4	C3	O7	O8	177.9°	179.3°
C4	C3	O7	RH1	178.7°	121.6°
C4	C3	O8	RH2	175.4°	119.9°
C3	C4	H8	H9	120.0°	120.3°
C3	C4	H8	H10	120.0°	120.3°
C3	C4	H9	H10	120.0°	120.3°
O3	RH1	O7	C3	96.6°	138.6°
O3	RH1	O7	RH2	94.6°	161.8°
O3	RH1	O7	O0	91.7°	115.0°
O3	RH1	O7	O1	179.8°	179.5°
O3	RH1	RH2	O4	1.6°	179.4°
O3	RH1	RH2	O8	91.2°	89.2°
O3	RH1	RH2	O0	90.2°	89.2°
O3	RH1	RH2	O1	179.9°	179.6°
O3	RH1	O0	O1	179.9°	179.5°
O3	RH1	RH2	O9	90.1°	88.0°
O3	RH1	RH2	O2	179.5°	0.7°
O3	RH1	O0	C5	89.6°	139.4°
O3	RH1	O1	C1	30.4°	13.5°
RH1	O3	H1	H3	120.0°	118.7°
O7	C3	O8	RH2	1.4°	59.5°
C3	O7	RH1	RH2	2.0°	23.3°
C3	O7	RH1	O0	4.9°	23.6°
C3	O7	RH1	O1	83.2°	41.0°
O7	C3	C4	H8	0.0°	1.5°
O7	C3	C4	H9	120.0°	118.5°
O7	C3	C4	H10	120.0°	121.5°
RH1	O7	C3	O8	0.8°	57.7°
O7	RH1	RH2	O4	87.9°	91.8°
O7	RH1	RH2	O8	1.7°	0.3°
O7	RH1	RH2	O0	179.7°	178.1°
O7	RH1	RH2	O1	90.6°	91.5°
O7	RH1	O0	O1	88.2°	64.5°
O7	RH1	RH2	O9	179.6°	176.9°
O7	RH1	RH2	O2	91.0°	88.2°
O7	RH1	O0	C5	2.1°	24.4°
O7	RH1	O1	C1	84.8°	88.3°
O7	RH1	O3	H1	180.0°	152.5°
O7	RH1	O3	H3	60.0°	90.0°
C3	O8	RH2	O4	84.7°	73.8°
C3	O8	RH2	RH1	2.3°	24.4°
C3	O8	RH2	O9	20.1°	28.1°
C3	O8	RH2	O2	91.2°	124.4°
O8	C3	C4	H8	177.3°	177.9°
O8	C3	C4	H9	57.3°	62.1°
O8	C3	C4	H10	62.7°	57.9°
O4	RH2	O8	RH1	87.0°	49.5°
O4	RH2	O8	O9	104.8°	101.9°
O4	RH2	O8	O2	175.9°	161.8°
O4	RH2	RH1	O9	91.7°	91.4°
O4	RH2	RH1	O2	178.9°	179.9°
O4	RH2	RH1	O0	91.8°	90.2°
O4	RH2	RH1	O1	178.5°	0.3°
O4	RH2	O9	O2	175.8°	161.8°
O4	RH2	O9	C5	81.9°	69.6°
O4	RH2	O2	C1	13.4°	0.1°
RH2	O4	H2	H7	120.0°	118.8°
O8	RH2	RH1	O9	178.6°	177.2°
O8	RH2	RH1	O2	89.3°	88.5°
O8	RH2	RH1	O0	178.5°	178.4°
O8	RH2	RH1	O1	88.9°	91.1°
O8	RH2	O9	O2	71.1°	96.3°
O8	RH2	O9	C5	22.8°	32.4°
O8	RH2	O2	C1	88.6°	91.9°
O8	RH2	O4	H2	180.0°	171.4°
O8	RH2	O4	H7	60.0°	53.9°
RH2	RH1	O0	O1	85.3°	17.7°
RH1	RH2	O9	O2	88.9°	148.8°
RH2	RH1	O0	C5	5.0°	22.4°
RH2	RH1	O1	C1	0.1°	0.0°
RH1	RH2	O9	C5	5.0°	20.1°
RH1	RH2	O2	C1	1.0°	180.0°
RH2	RH1	O3	H1	95.3°	63.9°
RH1	RH2	O4	H2	90.4°	100.4°
RH2	RH1	O3	H3	24.7°	178.6°
RH1	RH2	O4	H7	149.6°	142.1°
O0	RH1	RH2	O9	0.1°	1.2°
O0	RH1	RH2	O2	89.2°	89.9°
O0	RH1	O1	C1	89.9°	89.3°
RH1	O0	C5	O9	11.7°	57.6°
RH1	O0	C5	C6	164.6°	121.2°
O0	RH1	O3	H1	5.4°	25.1°
O0	RH1	O3	H3	114.6°	92.3°
O1	RH1	RH2	O9	89.8°	91.6°
O1	RH1	RH2	O2	0.4°	179.7°
O1	RH1	O0	C5	90.3°	40.1°
RH1	O1	C1	O2	0.7°	0.3°
RH1	O1	C1	C2	174.1°	179.6°
O1	RH1	O3	H1	64.8°	50.7°
O1	RH1	O3	H3	55.2°	168.2°
RH2	O9	C5	O0	12.0°	57.5°
RH2	O9	C5	C6	165.0°	121.3°
O9	RH2	O2	C1	87.2°	91.6°
O9	RH2	O4	H2	4.3°	12.0°
O9	RH2	O4	H7	124.3°	129.5°
RH2	O2	C1	O1	1.2°	0.3°
O2	RH2	O9	C5	93.9°	128.7°
RH2	O2	C1	C2	173.3°	179.6°
O2	RH2	O4	H2	104.8°	79.7°
O2	RH2	O4	H7	135.2°	37.8°
O0	C5	O9	C6	177.0°	178.8°
O0	C5	C6	F3	103.3°	3.8°
O0	C5	C6	F1	12.1°	124.2°
O0	C5	C6	F2	133.4°	116.8°
O1	C1	O2	C2	174.5°	180.0°
O1	C1	C2	H4	0.0°	0.2°
O1	C1	C2	H5	120.0°	119.9°
O1	C1	C2	H6	120.0°	120.1°
O9	C5	C6	F3	73.8°	175.1°
O9	C5	C6	F1	170.8°	54.8°
O9	C5	C6	F2	49.5°	64.2°
C5	C6	F3	F1	111.0°	123.6°
C5	C6	F3	F2	131.2°	124.0°
C5	C6	F1	F2	129.2°	122.6°
F3	C6	F1	F2	116.8°	112.4°
O2	C1	C2	H4	175.1°	179.9°
O2	C1	C2	H5	55.1°	60.0°
O2	C1	C2	H6	64.9°	60.0°
C1	C2	H4	H5	120.0°	120.2°
C1	C2	H4	H6	120.0°	120.1°
C1	C2	H5	H6	120.0°	120.2°
H4	C2	H5	H6	120.0°	119.6°
H8	C4	H9	H10	120.0°	119.4°

Release date:	2022-03-02
Definition date:	2022-01-19
Last modified:	2026-09-16
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	7QPW