Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

F5I

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
C4	C3	sing	1.50Å	1.54Å
O7	C3	doub	1.25Å	1.24Å
O7	RH1	sing	2.29Å	2.10Å
O3	RH1	sing	2.30Å	2.10Å
C3	O8	sing	1.25Å	1.23Å
O8	RH2	sing	2.10Å	2.09Å
O4	RH2	sing	2.10Å	2.10Å
RH1	RH2	sing	2.42Å	2.41Å
RH1	O1	sing	2.27Å	2.09Å
RH1	O6	sing	2.30Å	2.11Å
RH2	O2	sing	2.10Å	2.10Å
RH2	O5	sing	2.09Å	2.10Å
O1	C1	doub	1.25Å	1.23Å
C1	O2	sing	1.25Å	1.23Å
C1	C2	sing	1.50Å	1.54Å
C2	H1	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H2	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H3	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H4	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H5	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H6	sing	0.97Å	1.10Å
O4	H7	sing	0.86Å	0.95Å
O3	H8	sing	0.86Å	0.95Å
O5	H9	sing	0.86Å	0.95Å
O6	H10	sing	0.86Å	0.95Å
H11	O3	sing	0.86Å	0.95Å
H12	O4	sing	0.86Å	0.95Å
H13	O5	sing	0.86Å	0.95Å
H14	O6	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
C4	C3	O7	119.2°	118.3°
C4	C3	O8	114.0°	117.7°
C3	C4	H4	109.5°	109.8°
C3	C4	H5	109.5°	109.6°
C3	C4	H6	109.5°	109.6°
C3	O7	RH1	125.2°	110.3°
O7	C3	O8	126.8°	124.0°
O7	RH1	O3	90.5°	90.4°
O7	RH1	RH2	81.5°	83.8°
O7	RH1	O1	87.7°	89.7°
O7	RH1	O6	169.7°	177.7°
O3	RH1	RH2	94.3°	98.5°
O3	RH1	O1	176.3°	178.1°
O3	RH1	O6	90.0°	89.7°
RH1	O3	H8	109.5°	109.4°
RH1	O3	H11	109.4°	109.4°
C3	O8	RH2	113.4°	110.8°
O8	RH2	O4	90.2°	90.7°
O8	RH2	RH1	93.0°	90.7°
O8	RH2	O2	89.1°	89.5°
O8	RH2	O5	174.5°	177.9°
O4	RH2	RH1	86.1°	91.6°
O4	RH2	O2	175.3°	177.2°
O4	RH2	O5	89.2°	89.4°
RH2	O4	H7	109.5°	109.5°
RH2	O4	H12	109.4°	110.1°
RH2	RH1	O1	82.2°	83.3°
RH2	RH1	O6	88.1°	98.5°
RH1	RH2	O2	89.3°	91.2°
RH1	RH2	O5	81.5°	91.4°
O1	RH1	O6	91.2°	90.1°
RH1	O1	C1	129.9°	109.5°
RH1	O6	H10	109.5°	109.4°
RH1	O6	H14	109.5°	109.4°
O2	RH2	O5	91.1°	90.3°
RH2	O2	C1	121.1°	110.7°
RH2	O5	H9	109.5°	109.4°
RH2	O5	H13	109.5°	109.6°
O1	C1	O2	117.5°	123.9°
O1	C1	C2	117.1°	118.4°
O2	C1	C2	125.4°	117.8°
C1	C2	H1	109.5°	109.7°
C1	C2	H2	109.4°	109.6°
C1	C2	H3	109.4°	109.6°
H1	C2	H2	109.5°	109.3°
H1	C2	H3	109.5°	109.3°
H2	C2	H3	109.5°	109.3°
H4	C4	H5	109.5°	109.3°
H4	C4	H6	109.5°	109.3°
H5	C4	H6	109.5°	109.2°
H7	O4	H12	109.4°	107.5°
H8	O3	H11	109.5°	107.4°
H9	O5	H13	109.5°	107.4°
H10	O6	H14	109.5°	107.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
C4	C3	O7	O8	179.1°	179.8°
C4	C3	O7	RH1	177.1°	129.5°
C4	C3	O8	RH2	177.5°	124.7°
C3	C4	H4	H5	120.0°	120.2°
C3	C4	H4	H6	120.0°	120.3°
C3	C4	H5	H6	120.0°	120.1°
C3	O7	RH1	O3	96.1°	80.7°
O7	C3	O8	RH2	3.3°	55.5°
C3	O7	RH1	RH2	1.8°	17.8°
C3	O7	RH1	O1	80.6°	101.2°
C3	O7	RH1	O6	3.3°	173.8°
O7	C3	C4	H4	0.0°	1.8°
O7	C3	C4	H5	120.0°	121.9°
O7	C3	C4	H6	120.0°	118.3°
O7	RH1	O3	RH2	81.6°	83.8°
O7	RH1	O3	O1	61.5°	93.0°
O7	RH1	O3	O6	169.7°	177.7°
RH1	O7	C3	O8	3.8°	50.7°
O7	RH1	RH2	O8	0.1°	3.7°
O7	RH1	RH2	O4	90.0°	87.0°
O7	RH1	RH2	O1	88.8°	90.4°
O7	RH1	RH2	O6	179.7°	179.5°
O7	RH1	O1	O6	169.7°	177.7°
O7	RH1	RH2	O2	89.1°	93.2°
O7	RH1	RH2	O5	179.7°	176.5°
O7	RH1	O1	C1	80.8°	109.4°
O7	RH1	O3	H8	180.0°	164.0°
O7	RH1	O6	H10	180.0°	163.1°
O7	RH1	O3	H11	60.0°	78.6°
O7	RH1	O6	H14	60.0°	79.5°
O3	RH1	RH2	O8	89.9°	93.1°
O3	RH1	RH2	O4	0.1°	2.4°
O3	RH1	RH2	O1	178.7°	179.9°
O3	RH1	RH2	O6	89.9°	91.0°
O3	RH1	O1	O6	108.2°	84.7°
O3	RH1	RH2	O2	179.0°	177.3°
O3	RH1	RH2	O5	89.9°	87.0°
O3	RH1	O1	C1	19.2°	157.7°
RH1	O3	H8	H11	120.0°	118.7°
O3	RH1	O6	H10	87.2°	70.0°
O3	RH1	O6	H14	152.8°	172.6°
C3	O8	RH2	O4	87.5°	65.0°
C3	O8	RH2	RH1	1.4°	26.6°
C3	O8	RH2	O2	87.8°	117.8°
C3	O8	RH2	O5	3.4°	156.9°
O8	C3	C4	H4	179.2°	178.3°
O8	C3	C4	H5	59.2°	58.3°
O8	C3	C4	H6	60.8°	61.6°
O8	RH2	O4	RH1	93.0°	90.8°
O8	RH2	O4	O2	81.4°	93.7°
O8	RH2	O4	O5	174.5°	177.9°
O8	RH2	RH1	O2	89.0°	89.5°
O8	RH2	RH1	O5	179.8°	179.9°
O8	RH2	RH1	O1	88.8°	86.8°
O8	RH2	RH1	O6	179.8°	175.9°
O8	RH2	O2	O5	174.5°	177.9°
O8	RH2	O2	C1	91.4°	110.0°
O8	RH2	O4	H7	180.0°	54.8°
O8	RH2	O5	H9	180.0°	40.4°
O8	RH2	O4	H12	60.0°	63.2°
O8	RH2	O5	H13	60.0°	77.1°
O4	RH2	RH1	O2	179.1°	179.8°
O4	RH2	RH1	O5	89.8°	89.5°
O4	RH2	RH1	O1	178.8°	177.5°
O4	RH2	RH1	O6	89.8°	93.5°
O4	RH2	O2	O5	93.0°	84.2°
O4	RH2	O2	C1	10.0°	156.2°
RH2	O4	H7	H12	120.0°	119.6°
O4	RH2	O5	H9	95.8°	51.6°
O4	RH2	O5	H13	24.2°	169.1°
RH2	RH1	O1	O6	88.0°	98.5°
RH1	RH2	O2	O5	81.5°	91.4°
RH2	RH1	O1	C1	1.0°	25.6°
RH1	RH2	O2	C1	1.6°	19.3°
RH1	RH2	O4	H7	87.1°	145.5°
RH2	RH1	O3	H8	98.5°	80.3°
RH1	RH2	O5	H9	178.0°	143.2°
RH2	RH1	O6	H10	178.5°	28.5°
RH2	RH1	O3	H11	21.6°	162.4°
RH1	RH2	O4	H12	153.0°	27.6°
RH1	RH2	O5	H13	62.0°	99.4°
RH2	RH1	O6	H14	58.4°	88.8°
O1	RH1	RH2	O2	0.3°	2.8°
O1	RH1	RH2	O5	91.4°	93.1°
RH1	O1	C1	O2	2.4°	56.0°
RH1	O1	C1	C2	178.5°	124.2°
O1	RH1	O3	H8	118.5°	103.0°
O1	RH1	O6	H10	96.3°	111.8°
O1	RH1	O3	H11	1.5°	14.4°
O1	RH1	O6	H14	23.7°	5.6°
O6	RH1	RH2	O2	91.2°	86.3°
O6	RH1	RH2	O5	0.0°	4.0°
O6	RH1	O1	C1	88.9°	72.9°
O6	RH1	O3	H8	10.3°	18.3°
RH1	O6	H10	H14	120.0°	118.7°
O6	RH1	O3	H11	109.7°	99.1°
RH2	O2	C1	O1	2.5°	53.0°
RH2	O2	C1	C2	178.4°	127.1°
O2	RH2	O4	H7	98.6°	39.0°
O2	RH2	O5	H9	88.9°	125.6°
O2	RH2	O4	H12	141.4°	156.9°
O2	RH2	O5	H13	151.1°	8.2°
O5	RH2	O2	C1	83.0°	72.1°
O5	RH2	O4	H7	5.5°	123.1°
RH2	O5	H9	H13	120.0°	118.8°
O5	RH2	O4	H12	125.5°	118.9°
O1	C1	O2	C2	179.1°	179.8°
O1	C1	C2	H1	0.0°	0.5°
O1	C1	C2	H2	120.0°	120.5°
O1	C1	C2	H3	120.0°	119.6°
O2	C1	C2	H1	179.0°	179.4°
O2	C1	C2	H2	60.9°	59.3°
O2	C1	C2	H3	59.1°	60.6°
C1	C2	H1	H2	120.0°	120.2°
C1	C2	H1	H3	120.0°	120.2°
C1	C2	H2	H3	120.0°	120.1°
H1	C2	H2	H3	120.0°	119.6°
H4	C4	H5	H6	120.0°	119.5°

Release date:	2022-03-02
Definition date:	2022-01-19
Last modified:	2026-09-16
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
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