Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

D1O

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
C4	C3	sing	1.50Å	1.54Å
O3	RH1	sing	2.31Å	2.10Å
O7	C3	doub	1.25Å	1.23Å
O7	RH1	sing	2.23Å	2.10Å
C3	O8	sing	1.25Å	1.23Å
O8	RH2	sing	2.11Å	2.10Å
O4	RH2	sing	2.09Å	2.09Å
RH1	RH2	sing	2.38Å	2.40Å
RH1	O0	sing	2.20Å	2.10Å
RH1	O1	sing	2.29Å	2.11Å
RH2	O2	sing	2.09Å	2.10Å
RH2	O9	sing	2.11Å	2.09Å
O0	C5	sing	1.25Å	1.23Å
O1	C1	doub	1.25Å	1.23Å
C5	O9	doub	1.25Å	1.23Å
C5	C6	sing	1.50Å	1.55Å
C1	O2	sing	1.25Å	1.23Å
C1	C2	sing	1.50Å	1.53Å
C2	H2	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H3	sing	0.97Å	1.10Å
C2	H4	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H6	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H7	sing	0.97Å	1.10Å
C4	H8	sing	0.97Å	1.10Å
C6	H10	sing	0.97Å	1.10Å
C6	H11	sing	0.97Å	1.10Å
C6	H12	sing	0.97Å	1.10Å
O3	H13	sing	0.86Å	0.95Å
O4	H14	sing	0.86Å	0.95Å
H1	O4	sing	0.86Å	0.95Å
H5	O3	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
C4	C3	O7	116.0°	118.2°
C4	C3	O8	117.1°	117.7°
C3	C4	H6	109.5°	109.8°
C3	C4	H7	109.5°	109.6°
C3	C4	H8	109.5°	109.6°
O3	RH1	O7	90.9°	89.9°
O3	RH1	RH2	101.9°	101.6°
O3	RH1	O0	90.6°	90.7°
O3	RH1	O1	171.3°	178.2°
RH1	O3	H13	109.5°	109.5°
RH1	O3	H5	109.4°	109.5°
C3	O7	RH1	120.7°	108.1°
O7	C3	O8	126.4°	124.1°
O7	RH1	RH2	86.2°	83.7°
O7	RH1	O0	176.6°	172.9°
O7	RH1	O1	91.0°	90.7°
C3	O8	RH2	118.4°	110.9°
O8	RH2	O4	88.7°	90.3°
O8	RH2	RH1	88.3°	90.9°
O8	RH2	O2	90.0°	89.8°
O8	RH2	O9	176.2°	175.9°
O4	RH2	RH1	91.4°	88.0°
O4	RH2	O2	177.1°	177.8°
O4	RH2	O9	91.3°	89.8°
RH2	O4	H14	109.5°	109.5°
RH2	O4	H1	109.4°	109.5°
RH2	RH1	O0	90.6°	89.2°
RH2	RH1	O1	86.7°	80.2°
RH1	RH2	O2	86.0°	94.3°
RH1	RH2	O9	87.9°	85.0°
O0	RH1	O1	87.9°	89.0°
RH1	O0	C5	107.2°	107.9°
RH1	O1	C1	122.9°	111.0°
O2	RH2	O9	89.9°	90.2°
RH2	O2	C1	124.3°	111.3°
RH2	O9	C5	110.3°	111.1°
O0	C5	O9	143.7°	124.3°
O0	C5	C6	102.8°	118.2°
O1	C1	O2	119.7°	124.1°
O1	C1	C2	119.7°	118.2°
O9	C5	C6	113.6°	117.5°
C5	C6	H10	109.5°	109.8°
C5	C6	H11	109.5°	109.6°
C5	C6	H12	109.5°	109.6°
O2	C1	C2	120.6°	117.7°
C1	C2	H2	109.5°	109.7°
C1	C2	H3	109.5°	109.6°
C1	C2	H4	109.5°	109.6°
H2	C2	H3	109.5°	109.4°
H2	C2	H4	109.5°	109.3°
H3	C2	H4	109.5°	109.2°
H6	C4	H7	109.4°	109.3°
H6	C4	H8	109.5°	109.3°
H7	C4	H8	109.5°	109.2°
H10	C6	H11	109.5°	109.3°
H10	C6	H12	109.5°	109.2°
H11	C6	H12	109.4°	109.3°
H13	O3	H5	109.5°	107.3°
H14	O4	H1	109.4°	107.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
C4	C3	O7	O8	171.4°	180.0°
C4	C3	O7	RH1	174.9°	121.3°
C4	C3	O8	RH2	175.7°	134.2°
C3	C4	H6	H7	120.0°	120.3°
C3	C4	H6	H8	120.0°	120.3°
C3	C4	H7	H8	120.0°	120.1°
O3	RH1	O7	C3	102.7°	67.1°
O3	RH1	O7	RH2	101.9°	101.7°
O3	RH1	O7	O0	116.6°	94.6°
O3	RH1	O7	O1	171.5°	178.3°
O3	RH1	RH2	O8	89.4°	77.1°
O3	RH1	RH2	O4	0.7°	13.2°
O3	RH1	RH2	O0	90.7°	90.6°
O3	RH1	RH2	O1	178.6°	179.6°
O3	RH1	O0	O1	171.4°	178.2°
O3	RH1	RH2	O2	179.5°	167.0°
O3	RH1	RH2	O9	90.5°	103.2°
O3	RH1	O0	C5	99.7°	94.7°
O3	RH1	O1	C1	176.9°	155.8°
RH1	O3	H13	H5	120.0°	118.8°
O7	C3	O8	RH2	4.4°	45.8°
C3	O7	RH1	RH2	0.9°	34.6°
C3	O7	RH1	O0	13.9°	27.5°
C3	O7	RH1	O1	85.8°	114.6°
O7	C3	C4	H6	0.0°	0.5°
O7	C3	C4	H7	120.0°	120.5°
O7	C3	C4	H8	120.0°	119.6°
RH1	O7	C3	O8	3.5°	58.6°
O7	RH1	RH2	O8	0.8°	11.5°
O7	RH1	RH2	O4	89.4°	101.8°
O7	RH1	RH2	O0	179.1°	179.1°
O7	RH1	RH2	O1	91.2°	91.8°
O7	RH1	O0	O1	71.9°	87.2°
O7	RH1	RH2	O2	89.3°	78.4°
O7	RH1	RH2	O9	179.3°	168.2°
O7	RH1	O0	C5	16.9°	0.2°
O7	RH1	O1	C1	80.2°	48.4°
O7	RH1	O3	H13	180.0°	134.1°
O7	RH1	O3	H5	60.0°	16.7°
C3	O8	RH2	O4	94.1°	79.8°
C3	O8	RH2	RH1	2.7°	8.1°
C3	O8	RH2	O2	83.3°	102.4°
C3	O8	RH2	O9	3.8°	11.7°
O8	C3	C4	H6	172.2°	179.6°
O8	C3	C4	H7	52.2°	59.5°
O8	C3	C4	H8	67.8°	60.4°
O8	RH2	O4	RH1	88.2°	90.9°
O8	RH2	O4	O2	62.2°	93.8°
O8	RH2	O4	O9	176.2°	175.9°
O8	RH2	RH1	O2	90.1°	89.9°
O8	RH2	RH1	O9	179.9°	179.7°
O8	RH2	RH1	O0	179.9°	167.6°
O8	RH2	RH1	O1	92.0°	103.3°
O8	RH2	O2	O9	176.2°	175.9°
O8	RH2	O9	C5	0.7°	40.2°
O8	RH2	O2	C1	87.4°	87.7°
O8	RH2	O4	H14	180.0°	62.9°
O8	RH2	O4	H1	60.0°	54.6°
O4	RH2	RH1	O2	178.7°	179.8°
O4	RH2	RH1	O9	91.3°	90.0°
O4	RH2	RH1	O0	91.4°	77.3°
O4	RH2	RH1	O1	179.3°	166.4°
O4	RH2	O2	O9	114.0°	90.3°
O4	RH2	O9	C5	89.5°	51.3°
O4	RH2	O2	C1	25.2°	178.5°
RH2	O4	H14	H1	120.0°	118.8°
RH2	RH1	O0	O1	86.7°	80.2°
RH1	RH2	O2	O9	88.0°	85.0°
RH2	RH1	O0	C5	2.2°	6.8°
RH2	RH1	O1	C1	6.0°	35.1°
RH1	RH2	O9	C5	1.8°	36.7°
RH1	RH2	O2	C1	0.9°	3.2°
RH2	RH1	O3	H13	93.7°	142.3°
RH1	RH2	O4	H14	91.8°	28.0°
RH1	RH2	O4	H1	148.2°	145.5°
RH2	RH1	O3	H5	26.3°	100.2°
O0	RH1	RH2	O2	89.8°	102.5°
O0	RH1	RH2	O9	0.2°	12.6°
O0	RH1	O1	C1	96.6°	124.5°
RH1	O0	C5	O9	6.5°	43.5°
RH1	O0	C5	C6	174.0°	136.5°
O0	RH1	O3	H13	3.0°	53.0°
O0	RH1	O3	H5	117.0°	170.4°
O1	RH1	RH2	O2	1.9°	13.4°
O1	RH1	RH2	O9	88.1°	76.5°
O1	RH1	O0	C5	88.8°	87.1°
RH1	O1	C1	O2	8.1°	54.5°
RH1	O1	C1	C2	172.1°	125.9°
O1	RH1	O3	H13	77.1°	26.7°
O1	RH1	O3	H5	162.9°	90.8°
RH2	O2	C1	O1	5.6°	38.4°
O2	RH2	O9	C5	87.9°	130.9°
RH2	O2	C1	C2	174.6°	142.0°
O2	RH2	O4	H14	117.8°	156.7°
O2	RH2	O4	H1	122.2°	39.2°
RH2	O9	C5	O0	6.4°	60.4°
RH2	O9	C5	C6	174.0°	119.7°
O9	RH2	O2	C1	88.8°	88.2°
O9	RH2	O4	H14	3.8°	113.0°
O9	RH2	O4	H1	123.8°	129.5°
O0	C5	O9	C6	179.6°	179.9°
O0	C5	C6	H10	0.0°	0.1°
O0	C5	C6	H11	120.0°	120.2°
O0	C5	C6	H12	120.0°	119.8°
O1	C1	O2	C2	179.9°	179.7°
O1	C1	C2	H2	0.0°	0.7°
O1	C1	C2	H3	120.0°	120.8°
O1	C1	C2	H4	120.0°	119.3°
O9	C5	C6	H10	179.7°	179.9°
O9	C5	C6	H11	59.7°	59.8°
O9	C5	C6	H12	60.2°	60.2°
C5	C6	H10	H11	120.0°	120.3°
C5	C6	H10	H12	120.0°	120.2°
C5	C6	H11	H12	120.0°	120.2°
O2	C1	C2	H2	179.9°	179.0°
O2	C1	C2	H3	60.2°	58.9°
O2	C1	C2	H4	59.8°	61.0°
C1	C2	H2	H3	120.0°	120.2°
C1	C2	H2	H4	120.0°	120.2°
C1	C2	H3	H4	120.0°	120.1°
H2	C2	H3	H4	120.0°	119.5°
H6	C4	H7	H8	119.9°	119.5°
H10	C6	H11	H12	120.0°	119.4°

Release date:	2022-06-08
Definition date:	2021-12-14
Last modified:	2026-09-16
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	7QHR