English 日本語简体中文繁體中文 한국어

✖

Menu

RCSB PDB PDBe BMRB Adv. Search Search help

Summary Geometry Related PDB entries

AO7

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
C11	O12	doub	1.21Å	1.24Å
C11	O13	sing	1.35Å	1.18Å
C01	C02	doub	1.38Å	1.40Å	Aromatic
C01	C06	sing	1.39Å	1.40Å	Aromatic
C02	C03	sing	1.39Å	1.40Å	Aromatic
C03	C04	doub	1.37Å	1.39Å	Aromatic
C04	C05	sing	1.39Å	1.41Å	Aromatic
C05	C06	doub	1.41Å	1.37Å	Aromatic
C05	C07	sing	1.48Å	1.48Å
C06	O10	sing	1.35Å	1.41Å
C07	C08	sing	1.47Å	1.47Å
C07	O14	doub	1.22Å	1.21Å
C08	C09	doub	1.36Å	1.35Å
C09	O10	sing	1.34Å	1.37Å
C09	C11	sing	1.48Å	1.86Å
C01	H011	sing	1.08Å	1.08Å
C02	H021	sing	1.08Å	1.08Å
C03	H031	sing	1.08Å	1.08Å
C04	H041	sing	1.08Å	1.08Å
C08	H081	sing	1.08Å	1.08Å
O13	H3	sing	0.97Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
O12	C11	O13	137.1°	120.0°
O12	C11	C09	108.2°	120.0°
O13	C11	C09	114.6°	120.0°
C11	O13	H3	109.5°	117.0°
C02	C01	C06	118.5°	119.8°
C01	C02	C03	120.7°	120.8°
C02	C01	H011	120.8°	120.1°
C01	C02	H021	119.7°	119.6°
C01	C06	C05	122.6°	118.9°
C01	C06	O10	117.7°	120.7°
C06	C01	H011	120.8°	120.1°
C02	C03	C04	118.7°	120.3°
C03	C02	H021	119.7°	119.5°
C02	C03	H031	120.6°	119.8°
C03	C04	C05	121.7°	119.6°
C04	C03	H031	120.7°	119.8°
C03	C04	H041	119.2°	120.1°
C04	C05	C06	117.9°	120.5°
C04	C05	C07	121.6°	121.5°
C05	C04	H041	119.1°	120.3°
C06	C05	C07	120.6°	118.0°
C05	C06	O10	119.7°	120.3°
C05	C07	C08	114.2°	116.0°
C05	C07	O14	123.1°	122.0°
C06	O10	C09	120.4°	121.7°
C08	C07	O14	122.7°	122.0°
C07	C08	C09	120.5°	118.2°
C07	C08	H081	119.7°	120.9°
C08	C09	O10	121.7°	122.8°
C08	C09	C11	119.8°	118.6°
C09	C08	H081	119.7°	120.9°
O10	C09	C11	115.9°	118.6°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
O12	C11	O13	C09	179.8°	179.8°
O12	C11	C09	C08	91.4°	0.0°
O12	C11	C09	O10	106.6°	180.0°
O12	C11	O13	H3	0.0°	0.0°
O13	C11	C09	C08	88.4°	179.7°
O13	C11	C09	O10	73.6°	0.3°
C02	C01	C06	H011	180.0°	179.7°
C01	C02	C03	H021	180.0°	179.9°
C01	C02	C03	C04	0.1°	0.2°
C02	C01	C06	C05	0.0°	0.3°
C02	C01	C06	O10	180.0°	179.3°
C01	C02	C03	H031	179.9°	179.8°
C06	C01	C02	C03	0.1°	0.0°
C01	C06	C05	C04	0.0°	0.4°
C01	C06	C05	O10	180.0°	179.6°
C01	C06	C05	C07	180.0°	179.2°
C01	C06	O10	C09	168.7°	164.9°
C06	C01	C02	H021	179.9°	179.9°
C02	C03	C04	H031	180.0°	180.0°
C02	C03	C04	C05	0.1°	0.0°
C03	C02	C01	H011	179.9°	179.7°
C02	C03	C04	H041	179.8°	180.0°
C03	C04	C05	H041	180.0°	180.0°
C03	C04	C05	C06	0.1°	0.3°
C03	C04	C05	C07	179.9°	179.4°
C04	C03	C02	H021	179.8°	179.7°
C04	C05	C06	C07	180.0°	179.7°
C04	C05	C06	O10	180.0°	179.2°
C04	C05	C07	C08	166.2°	167.4°
C04	C05	C07	O14	14.2°	12.6°
C05	C04	C03	H031	179.9°	179.9°
C06	C05	C07	C08	13.8°	12.3°
C06	C05	C07	O14	165.8°	167.8°
C05	C06	O10	C09	11.3°	15.5°
C05	C06	C01	H011	180.0°	180.0°
C06	C05	C04	H041	179.9°	179.7°
C07	C05	C06	O10	0.0°	1.2°
C05	C07	C08	O14	179.6°	180.0°
C05	C07	C08	C09	17.8°	12.6°
C07	C05	C04	H041	0.1°	0.7°
C05	C07	C08	H081	162.2°	167.4°
C06	O10	C09	C08	7.4°	15.6°
C06	O10	C09	C11	169.0°	164.4°
O10	C06	C01	H011	0.0°	0.4°
C07	C08	C09	H081	180.0°	180.0°
C07	C08	C09	O10	7.8°	0.8°
C07	C08	C09	C11	153.1°	179.3°
O14	C07	C08	C09	161.8°	167.4°
O14	C07	C08	H081	18.2°	12.6°
C08	C09	O10	C11	161.6°	180.0°
O10	C09	C08	H081	172.1°	179.3°
C11	C09	C08	H081	26.9°	0.7°
C09	C11	O13	H3	179.8°	179.7°
H011	C01	C02	H021	0.1°	0.3°
H021	C02	C03	H031	0.2°	0.3°
H031	C03	C04	H041	0.1°	0.0°

222415

PDB entries from 2024-07-10

PDB statistics

PDBj update info

Contact PDBj

numon