Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

A1JTN

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
RH1	RH2	sing	2.33Å	2.36Å
RH2	O3	sing	2.08Å	52.51Å
RH2	O4	sing	2.08Å	52.51Å
RH1	O2	sing	2.09Å	51.63Å
RH1	O1	sing	2.09Å	51.63Å
O3	C1	doub	1.25Å	0.00Å
O4	C2	doub	1.25Å	0.00Å
O1	C3	sing	1.26Å	0.00Å
O2	C4	sing	1.25Å	0.00Å
C3	C5	sing	1.50Å	0.00Å
C3	O6	doub	1.26Å	0.00Å
C1	C7	sing	1.50Å	0.00Å
C1	O5	sing	1.25Å	0.00Å
C2	C9	sing	1.50Å	0.00Å
C2	O8	sing	1.25Å	0.00Å
C4	C6	sing	1.50Å	0.00Å
C4	O9	doub	1.26Å	0.00Å
RH2	O9	sing	2.09Å	52.51Å
RH1	O5	sing	2.08Å	51.63Å
RH1	O8	sing	2.08Å	51.63Å
RH2	O6	sing	2.09Å	52.51Å
C5	H1	sing	0.97Å	0.00Å
C5	H2	sing	0.97Å	0.00Å
C5	H3	sing	0.97Å	0.00Å
C7	H4	sing	0.97Å	0.00Å
C7	H5	sing	0.97Å	0.00Å
C7	H6	sing	0.97Å	0.00Å
C9	H7	sing	0.97Å	0.00Å
C9	H8	sing	0.97Å	0.00Å
C9	H9	sing	0.97Å	0.00Å
C6	H10	sing	0.97Å	0.00Å
C6	H11	sing	0.97Å	0.00Å
C6	H12	sing	0.97Å	0.00Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
RH1	RH2	O3	67.0°	88.0°
RH1	RH2	O4	67.0°	88.2°
RH2	RH1	O2	110.6°	88.6°
RH2	RH1	O1	110.6°	88.3°
RH1	RH2	O9	67.0°	88.5°
RH2	RH1	O5	110.6°	88.7°
RH2	RH1	O8	110.6°	88.5°
RH1	RH2	O6	67.0°	88.9°
O3	RH2	O4	NaN°	89.8°
RH2	O3	C1	90.0°	110.0°
O3	RH2	O9	NaN°	89.0°
O3	RH2	O6	NaN°	176.7°
RH2	O4	C2	90.0°	109.3°
O4	RH2	O9	NaN°	176.5°
O4	RH2	O6	NaN°	88.8°
O2	RH1	O1	0.0°	92.3°
RH1	O2	C4	90.0°	114.5°
O2	RH1	O5	0.0°	89.1°
O2	RH1	O8	0.0°	176.9°
RH1	O1	C3	90.0°	116.4°
O1	RH1	O5	0.0°	176.7°
O1	RH1	O8	0.0°	88.6°
O3	C1	C7	90.0°	118.3°
O3	C1	O5	90.0°	124.1°
O4	C2	C9	90.0°	118.3°
O4	C2	O8	90.0°	124.0°
O1	C3	C5	90.0°	117.5°
O1	C3	O6	90.0°	125.7°
O2	C4	C6	90.0°	117.9°
O2	C4	O9	90.0°	125.1°
C5	C3	O6	90.0°	116.8°
C3	C5	H1	90.0°	109.8°
C3	C5	H2	90.0°	109.6°
C3	C5	H3	90.0°	109.6°
C3	O6	RH2	90.0°	116.3°
C7	C1	O5	90.0°	117.6°
C1	C7	H4	90.0°	109.7°
C1	C7	H5	90.0°	109.6°
C1	C7	H6	90.0°	109.6°
C1	O5	RH1	90.0°	110.0°
C9	C2	O8	90.0°	117.7°
C2	C9	H7	90.0°	109.8°
C2	C9	H8	90.0°	109.6°
C2	C9	H9	90.0°	109.6°
C2	O8	RH1	90.0°	109.7°
C6	C4	O9	90.0°	117.0°
C4	C6	H10	90.0°	109.7°
C4	C6	H11	90.0°	109.7°
C4	C6	H12	90.0°	109.7°
C4	O9	RH2	90.0°	114.1°
O9	RH2	O6	NaN°	92.2°
O5	RH1	O8	0.0°	89.8°
H1	C5	H2	90.0°	109.3°
H1	C5	H3	90.0°	109.2°
H2	C5	H3	90.0°	109.3°
H4	C7	H5	90.0°	109.2°
H4	C7	H6	90.0°	109.3°
H5	C7	H6	90.0°	109.3°
H7	C9	H8	90.0°	109.3°
H7	C9	H9	90.0°	109.4°
H8	C9	H9	90.0°	109.3°
H10	C6	H11	90.0°	109.2°
H10	C6	H12	90.0°	109.2°
H11	C6	H12	90.0°	109.3°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
RH1	RH2	O3	O4	90.0°	88.2°
RH1	RH2	O3	O9	90.0°	88.5°
RH1	RH2	O3	O6	90.0°	22.4°
RH1	RH2	O4	O9	90.0°	18.2°
RH1	RH2	O4	O6	90.0°	89.0°
RH2	RH1	O2	O1	90.0°	88.3°
RH2	RH1	O2	O5	90.0°	88.7°
RH2	RH1	O2	O8	90.0°	19.2°
RH2	RH1	O1	O5	90.0°	25.8°
RH2	RH1	O1	O8	90.0°	88.5°
RH1	RH2	O3	C1	90.0°	23.7°
RH1	RH2	O4	C2	90.0°	24.1°
RH2	RH1	O1	C3	90.0°	13.3°
RH2	RH1	O2	C4	90.0°	13.5°
RH1	RH2	O6	C3	90.0°	8.4°
RH2	RH1	O5	C1	90.0°	19.4°
RH2	RH1	O8	C2	90.0°	19.9°
RH1	RH2	O9	C4	90.0°	18.0°
RH1	RH2	O9	O6	90.0°	88.9°
RH2	RH1	O5	O8	90.0°	88.5°
O3	RH2	O4	O9	90.0°	69.9°
O3	RH2	O4	O6	90.0°	177.0°
O3	RH2	RH1	O2	0.0°	91.0°
O3	RH2	RH1	O1	0.0°	176.7°
O3	RH2	O4	C2	90.0°	63.9°
O3	RH2	O6	C3	90.0°	30.8°
RH2	O3	C1	C7	90.0°	127.3°
RH2	O3	C1	O5	90.0°	52.7°
O3	RH2	O9	C4	90.0°	106.0°
O3	RH2	O9	O6	90.0°	176.9°
O3	RH2	RH1	O5	0.0°	1.9°
O3	RH2	RH1	O8	0.0°	88.0°
O4	RH2	RH1	O2	0.0°	179.1°
O4	RH2	RH1	O1	0.0°	86.8°
O4	RH2	O3	C1	90.0°	111.9°
O4	RH2	O6	C3	90.0°	96.7°
RH2	O4	C2	C9	90.0°	126.0°
RH2	O4	C2	O8	90.0°	54.1°
O4	RH2	O9	C4	90.0°	36.1°
O4	RH2	O9	O6	90.0°	107.0°
O4	RH2	RH1	O5	0.0°	91.8°
O4	RH2	RH1	O8	0.0°	1.9°
O2	RH1	O1	O5	90.0°	114.3°
O2	RH1	O1	O8	90.0°	177.0°
O2	RH1	O1	C3	90.0°	75.2°
O2	RH1	O5	C1	90.0°	69.2°
O2	RH1	O8	C2	90.0°	0.8°
RH1	O2	C4	C6	90.0°	145.2°
RH1	O2	C4	O9	90.0°	34.8°
O2	RH1	RH2	O9	0.0°	1.9°
O2	RH1	O5	O8	90.0°	177.1°
O2	RH1	RH2	O6	0.0°	90.3°
O1	RH1	O2	C4	90.0°	74.8°
RH1	O1	C3	C5	90.0°	154.3°
RH1	O1	C3	O6	90.0°	25.6°
O1	RH1	O5	C1	90.0°	45.2°
O1	RH1	O8	C2	90.0°	108.3°
O1	RH1	RH2	O9	0.0°	94.3°
O1	RH1	O5	O8	90.0°	62.7°
O1	RH1	RH2	O6	0.0°	2.1°
O3	C1	C7	O5	90.0°	180.0°
C1	O3	RH2	O9	90.0°	64.8°
O3	C1	O5	RH1	90.0°	50.4°
C1	O3	RH2	O6	90.0°	46.1°
O3	C1	C7	H4	90.0°	0.2°
O3	C1	C7	H5	90.0°	119.8°
O3	C1	C7	H6	90.0°	120.3°
O4	C2	C9	O8	90.0°	180.0°
C2	O4	RH2	O9	90.0°	5.9°
O4	C2	O8	RH1	90.0°	52.0°
C2	O4	RH2	O6	90.0°	113.1°
O4	C2	C9	H7	90.0°	0.1°
O4	C2	C9	H8	90.0°	120.1°
O4	C2	C9	H9	90.0°	120.1°
O1	C3	C5	O6	90.0°	180.0°
C3	O1	RH1	O5	90.0°	39.1°
C3	O1	RH1	O8	90.0°	101.8°
O1	C3	O6	RH2	90.0°	23.2°
O1	C3	C5	H1	90.0°	0.2°
O1	C3	C5	H2	90.0°	120.0°
O1	C3	C5	H3	90.0°	120.1°
O2	C4	C6	O9	90.0°	179.9°
O2	C4	O9	RH2	90.0°	37.0°
C4	O2	RH1	O5	90.0°	102.2°
C4	O2	RH1	O8	90.0°	32.6°
O2	C4	C6	H10	90.0°	0.1°
O2	C4	C6	H11	90.0°	119.8°
O2	C4	C6	H12	90.0°	120.2°
C5	C3	O6	RH2	90.0°	156.8°
C3	C5	H1	H2	90.0°	120.3°
C3	C5	H1	H3	90.0°	120.2°
C3	C5	H2	H3	90.0°	120.1°
C3	O6	RH2	O9	90.0°	80.0°
O6	C3	C5	H1	90.0°	179.8°
O6	C3	C5	H2	90.0°	60.0°
O6	C3	C5	H3	90.0°	59.9°
C7	C1	O5	RH1	90.0°	129.5°
C1	C7	H4	H5	90.0°	120.2°
C1	C7	H4	H6	90.0°	120.3°
C1	C7	H5	H6	90.0°	120.2°
C1	O5	RH1	O8	90.0°	107.9°
O5	C1	C7	H4	90.0°	179.9°
O5	C1	C7	H5	90.0°	60.2°
O5	C1	C7	H6	90.0°	59.8°
C9	C2	O8	RH1	90.0°	128.1°
C2	C9	H7	H8	90.0°	120.2°
C2	C9	H7	H9	90.0°	120.3°
C2	C9	H8	H9	90.0°	120.1°
C2	O8	RH1	O5	90.0°	68.8°
O8	C2	C9	H7	90.0°	180.0°
O8	C2	C9	H8	90.0°	60.0°
O8	C2	C9	H9	90.0°	59.9°
C6	C4	O9	RH2	90.0°	143.0°
C4	C6	H10	H11	90.0°	120.2°
C4	C6	H10	H12	90.0°	120.3°
C4	C6	H11	H12	90.0°	120.3°
C4	O9	RH2	O6	90.0°	70.9°
O9	C4	C6	H10	90.0°	179.9°
O9	C4	C6	H11	90.0°	60.1°
O9	C4	C6	H12	90.0°	59.9°
O9	RH2	RH1	O5	0.0°	87.2°
O9	RH2	RH1	O8	0.0°	177.0°
O5	RH1	RH2	O6	0.0°	179.4°
O8	RH1	RH2	O6	0.0°	90.7°
H1	C5	H2	H3	90.0°	119.4°
H4	C7	H5	H6	90.0°	119.6°
H7	C9	H8	H9	90.0°	119.6°
H10	C6	H11	H12	90.0°	119.5°

Release date:	2025-12-17
Definition date:	2025-11-04
Last modified:	2026-07-31
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	9T05