Summary Geometry PCM/PTM Related PDB entries

A1IE3

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
N	CA	sing	1.47Å	1.48Å
CA	CB	sing	1.54Å	1.52Å
CA	C	sing	1.54Å	1.52Å
CB	CG	sing	1.54Å	1.50Å
CG	CD	sing	1.53Å	1.55Å
CD	CE	sing	1.53Å	1.50Å
CE	NZ	sing	1.47Å	1.44Å
NZ	C1	doub	1.31Å	1.32Å
C	O	doub	1.19Å	1.22Å
C1	C2	sing	1.50Å	1.45Å
C2	C3	doub	1.44Å	1.41Å
C3	C4	sing	1.55Å	1.42Å
C4	O5	sing	1.25Å	1.35Å
O3	C3	sing	1.23Å	1.37Å
O4	C4	doub	1.25Å	1.30Å
V1	O3	sing	1.64Å	2.13Å
V1	O4	sing	1.65Å	2.06Å
V1	O7	sing	1.63Å	2.03Å
V1	O6	doub	1.62Å	1.63Å
V1	O8	sing	2.05Å	1.95Å
V1	O9	sing	2.06Å	2.00Å
O8	C8	sing	1.42Å	1.32Å
C8	C9	sing	1.52Å	1.43Å
O9	C9	doub	1.25Å	1.28Å
C9	O15	sing	1.25Å	1.38Å
C12	C8	sing	1.51Å	1.40Å
C12	C13	doub	1.40Å	1.45Å
O16	C13	sing	1.31Å	1.31Å
V2	O5	sing	1.94Å	1.88Å
V2	O11	sing	1.93Å	1.91Å
V2	O12	sing	1.94Å	1.99Å
V2	O13	doub	1.93Å	1.72Å
V2	O14	sing	1.61Å	1.92Å
C	H1	sing	0.95Å	1.08Å
N	H2	sing	0.91Å	1.00Å
N	H3	sing	0.91Å	1.00Å
CA	H5	sing	0.99Å	1.10Å
CB	H6	sing	0.98Å	1.10Å
CB	H7	sing	0.98Å	1.10Å
CG	H8	sing	0.98Å	1.10Å
CG	H9	sing	0.98Å	1.10Å
CD	H10	sing	0.98Å	1.10Å
CD	H11	sing	0.98Å	1.10Å
CE	H12	sing	0.98Å	1.10Å
CE	H13	sing	0.98Å	1.10Å
C1	H14	sing	0.95Å	1.08Å
C2	H15	sing	0.94Å	1.08Å
C8	H17	sing	0.98Å	1.10Å
O15	H18	sing	0.92Å	0.95Å
C12	H19	sing	0.94Å	1.08Å
C13	H20	sing	0.94Å	1.08Å
O16	H24	sing	0.87Å	0.95Å
H4	O7	sing	0.86Å	0.95Å
H16	O7	sing	0.86Å	0.95Å
H21	O11	sing	0.86Å	0.95Å
H22	O11	sing	0.86Å	0.95Å
H23	O12	sing	0.86Å	0.95Å
H25	O12	sing	0.86Å	0.95Å
H26	O14	sing	0.86Å	0.95Å
H27	O14	sing	0.86Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
N	CA	CB	108.7°	111.9°
N	CA	C	107.2°	111.5°
CA	N	H2	109.5°	110.5°
CA	N	H3	109.5°	110.5°
N	CA	H5	110.4°	106.6°
CB	CA	C	110.7°	111.5°
CA	CB	CG	116.1°	116.8°
CB	CA	H5	109.9°	108.3°
CA	CB	H6	107.8°	108.4°
CA	CB	H7	107.8°	108.0°
CA	C	O	121.3°	123.2°
CA	C	H1	119.4°	113.8°
C	CA	H5	109.9°	106.7°
CB	CG	CD	109.0°	115.2°
CG	CB	H6	107.8°	108.1°
CG	CB	H7	107.8°	108.0°
CB	CG	H8	109.6°	108.2°
CB	CG	H9	109.6°	108.2°
CG	CD	CE	117.7°	114.6°
CD	CG	H8	109.6°	108.7°
CD	CG	H9	109.6°	108.9°
CG	CD	H10	107.4°	109.0°
CG	CD	H11	107.4°	108.8°
CD	CE	NZ	112.3°	112.2°
CE	CD	H10	107.4°	107.5°
CE	CD	H11	107.4°	109.0°
CD	CE	H12	108.8°	109.8°
CD	CE	H13	108.7°	108.8°
CE	NZ	C1	128.1°	122.7°
NZ	CE	H12	108.8°	108.7°
NZ	CE	H13	108.8°	109.4°
NZ	C1	C2	121.2°	126.6°
NZ	C1	H14	119.4°	117.0°
O	C	H1	119.3°	123.0°
C1	C2	C3	116.0°	125.3°
C2	C1	H14	119.4°	116.4°
C1	C2	H15	122.0°	120.3°
C2	C3	C4	120.4°	125.8°
C2	C3	O3	123.3°	121.3°
C3	C2	H15	122.0°	114.4°
C3	C4	O5	124.7°	120.9°
C4	C3	O3	116.2°	112.9°
C3	C4	O4	115.2°	113.6°
O5	C4	O4	120.1°	125.5°
C4	O5	V2	133.3°	114.7°
C3	O3	V1	112.7°	106.0°
C4	O4	V1	117.9°	104.8°
O3	V1	O4	76.5°	100.4°
O3	V1	O7	80.7°	85.6°
O3	V1	O6	169.4°	172.1°
O3	V1	O8	84.9°	87.3°
O3	V1	O9	88.2°	99.0°
O4	V1	O7	97.0°	98.4°
O4	V1	O6	95.3°	87.2°
O4	V1	O8	159.6°	167.0°
O4	V1	O9	88.0°	89.1°
O7	V1	O6	93.8°	91.2°
O7	V1	O8	88.0°	92.6°
O7	V1	O9	166.4°	170.4°
V1	O7	H4	109.5°	111.2°
V1	O7	H16	109.5°	112.5°
O6	V1	O8	104.1°	85.6°
O6	V1	O9	98.3°	83.1°
O8	V1	O9	83.2°	79.3°
V1	O8	C8	111.8°	110.1°
V1	O9	C9	109.0°	113.4°
O8	C8	C9	114.6°	111.4°
O8	C8	C12	122.2°	108.8°
O8	C8	H17	90.8°	106.8°
C8	C9	O9	120.1°	117.2°
C8	C9	O15	118.1°	117.8°
C9	C8	C12	123.1°	113.1°
C9	C8	H17	90.7°	107.6°
O9	C9	O15	121.8°	125.0°
C9	O15	H18	109.5°	108.5°
C8	C12	C13	120.2°	124.3°
C12	C8	H17	90.7°	108.9°
C8	C12	H19	119.9°	118.1°
C12	C13	O16	125.2°	118.2°
C13	C12	H19	119.9°	117.6°
C12	C13	H20	117.4°	121.8°
O16	C13	H20	117.4°	120.0°
C13	O16	H24	109.5°	108.6°
O5	V2	O11	167.8°	152.9°
O5	V2	O12	82.0°	87.5°
O5	V2	O13	95.9°	86.8°
O5	V2	O14	87.6°	103.4°
O11	V2	O12	86.0°	86.6°
O11	V2	O13	96.3°	86.5°
O11	V2	O14	92.1°	103.7°
V2	O11	H21	109.5°	109.5°
V2	O11	H22	109.4°	109.5°
O12	V2	O13	176.5°	153.1°
O12	V2	O14	79.6°	103.4°
V2	O12	H23	109.5°	110.2°
V2	O12	H25	109.4°	110.2°
O13	V2	O14	97.6°	103.5°
V2	O14	H26	109.5°	109.5°
V2	O14	H27	109.5°	109.6°
H2	N	H3	109.5°	107.1°
H6	CB	H7	109.5°	107.2°
H8	CG	H9	109.5°	107.4°
H10	CD	H11	109.4°	107.7°
H12	CE	H13	109.5°	107.8°
H4	O7	H16	109.5°	107.5°
H21	O11	H22	109.5°	107.4°
H23	O12	H25	109.5°	107.6°
H26	O14	H27	109.5°	107.4°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
N	CA	CB	C	117.5°	125.7°
N	CA	CB	H5	120.9°	117.2°
N	CA	C	H5	120.0°	116.0°
N	CA	CB	CG	175.9°	154.4°
N	CA	C	O	47.3°	46.5°
N	CA	C	H1	132.7°	133.5°
CA	N	H2	H3	120.0°	120.4°
N	CA	CB	H6	63.2°	83.2°
N	CA	CB	H7	54.9°	32.6°
CB	CA	C	H5	121.5°	118.1°
CA	CB	CG	H6	121.0°	122.5°
CA	CB	CG	H7	121.0°	121.9°
CA	CB	CG	CD	172.4°	179.3°
CB	CA	C	O	71.1°	79.4°
CB	CA	C	H1	108.9°	100.5°
CB	CA	N	H2	180.0°	178.1°
CB	CA	N	H3	60.0°	63.5°
CA	CB	H6	H7	117.0°	116.4°
CA	CB	CG	H8	67.7°	57.5°
CA	CB	CG	H9	52.5°	58.6°
C	CA	CB	CG	58.3°	79.9°
CA	C	O	H1	180.0°	180.0°
C	CA	N	H2	60.3°	52.4°
C	CA	N	H3	59.7°	170.8°
C	CA	CB	H6	179.3°	42.4°
C	CA	CB	H7	62.6°	158.2°
CB	CG	CD	H8	119.9°	121.6°
CB	CG	CD	H9	119.9°	121.7°
CB	CG	CD	CE	178.4°	176.4°
CG	CB	CA	H5	63.3°	37.2°
CG	CB	H6	H7	117.0°	116.2°
CB	CG	H8	H9	120.2°	116.6°
CB	CG	CD	H10	60.4°	55.9°
CB	CG	CD	H11	57.2°	61.4°
CG	CD	CE	H10	121.2°	121.3°
CG	CD	CE	H11	121.2°	122.2°
CG	CD	CE	NZ	179.2°	141.5°
CD	CG	CB	H6	51.4°	58.2°
CD	CG	CB	H7	66.7°	57.4°
CD	CG	H8	H9	120.2°	117.7°
CG	CD	H10	H11	116.3°	117.9°
CG	CD	CE	H12	58.7°	20.4°
CG	CD	CE	H13	60.4°	97.3°
CD	CE	NZ	H12	120.4°	121.7°
CD	CE	NZ	H13	120.4°	120.8°
CD	CE	NZ	C1	141.1°	176.6°
CE	CD	CG	H8	58.5°	62.1°
CE	CD	CG	H9	61.7°	54.6°
CE	CD	H10	H11	116.3°	117.3°
CD	CE	H12	H13	118.7°	118.4°
CE	NZ	C1	C2	0.6°	2.1°
NZ	CE	CD	H10	59.6°	97.2°
NZ	CE	CD	H11	58.0°	19.3°
NZ	CE	H12	H13	118.7°	118.5°
CE	NZ	C1	H14	179.4°	177.9°
NZ	C1	C2	H14	180.0°	179.9°
NZ	C1	C2	C3	174.8°	179.6°
C1	NZ	CE	H12	98.5°	61.7°
C1	NZ	CE	H13	20.7°	55.8°
NZ	C1	C2	H15	5.2°	0.3°
O	C	CA	H5	167.3°	162.5°
C1	C2	C3	H15	180.0°	179.9°
C1	C2	C3	C4	175.5°	177.8°
C1	C2	C3	O3	0.4°	2.2°
C2	C3	C4	O3	176.2°	179.9°
C2	C3	C4	O5	7.4°	0.2°
C2	C3	C4	O4	172.5°	179.6°
C2	C3	O3	V1	179.7°	170.0°
C3	C2	C1	H14	5.2°	0.5°
C3	C4	O5	O4	179.9°	179.3°
C4	C3	O3	V1	3.7°	10.1°
C3	C4	O4	V1	13.8°	9.4°
C3	C4	O5	V2	174.8°	146.5°
C4	C3	C2	H15	4.5°	2.1°
O5	C4	C3	O3	168.7°	179.8°
O5	C4	O4	V1	166.3°	170.0°
C4	O5	V2	O11	125.0°	7.7°
C4	O5	V2	O12	134.1°	70.0°
C4	O5	V2	O13	48.6°	83.6°
C4	O5	V2	O14	146.0°	173.2°
O3	C3	C4	O4	11.3°	0.5°
C3	O3	V1	O4	2.4°	14.3°
C3	O3	V1	O7	101.9°	112.0°
C3	O3	V1	O6	42.4°	178.7°
C3	O3	V1	O8	169.3°	155.2°
C3	O3	V1	O9	85.9°	76.5°
O3	C3	C2	H15	179.7°	177.9°
C4	O4	V1	O3	9.0°	13.8°
C4	O4	V1	O7	87.7°	100.8°
C4	O4	V1	O6	177.8°	168.3°
C4	O4	V1	O8	15.4°	111.6°
C4	O4	V1	O9	79.6°	85.2°
O4	C4	O5	V2	5.1°	34.2°
O3	V1	O4	O7	78.7°	87.0°
O3	V1	O4	O6	173.2°	177.9°
O3	V1	O4	O8	24.4°	125.4°
O3	V1	O4	O9	88.6°	99.0°
O3	V1	O7	O6	170.9°	172.8°
O3	V1	O7	O8	85.1°	87.1°
O3	V1	O7	O9	35.7°	119.1°
O3	V1	O6	O8	147.4°	26.2°
O3	V1	O6	O9	127.6°	105.9°
O3	V1	O8	O9	88.8°	99.7°
O3	V1	O8	C8	78.4°	74.9°
O3	V1	O9	C9	78.0°	60.2°
O3	V1	O7	H4	170.9°	110.8°
O3	V1	O7	H16	50.9°	128.6°
O4	V1	O7	O6	95.8°	87.4°
O4	V1	O7	O8	160.2°	173.1°
O4	V1	O7	O9	110.8°	141.1°
O4	V1	O6	O8	173.8°	169.2°
O4	V1	O6	O9	88.7°	89.4°
O4	V1	O8	O9	65.0°	26.9°
O4	V1	O8	C8	54.5°	51.7°
O4	V1	O9	C9	154.6°	160.6°
O4	V1	O7	H4	95.8°	149.4°
O4	V1	O7	H16	24.2°	28.7°
O7	V1	O6	O8	88.9°	92.5°
O7	V1	O6	O9	173.9°	172.2°
O7	V1	O8	O9	169.7°	174.8°
O7	V1	O8	C8	159.2°	160.4°
O7	V1	O9	C9	42.8°	57.8°
V1	O7	H4	H16	120.0°	123.5°
O6	V1	O8	O9	96.9°	83.8°
O6	V1	O8	C8	107.3°	108.6°
O6	V1	O9	C9	110.3°	112.1°
O6	V1	O7	H4	0.0°	62.0°
O6	V1	O7	H16	120.0°	58.7°
V1	O8	C8	C9	11.7°	21.8°
O8	V1	O9	C9	7.0°	25.3°
V1	O8	C8	C12	170.8°	147.1°
V1	O8	C8	H17	79.5°	95.4°
O8	V1	O7	H4	104.0°	23.7°
O8	V1	O7	H16	136.0°	144.4°
O9	V1	O8	C8	10.4°	24.8°
V1	O9	C9	C8	2.7°	20.0°
V1	O9	C9	O15	179.8°	159.1°
O9	V1	O7	H4	153.4°	8.3°
O9	V1	O7	H16	86.6°	112.4°
O8	C8	C9	C12	177.4°	122.9°
O8	C8	C9	H17	91.2°	116.8°
O8	C8	C9	O9	6.1°	1.5°
O8	C8	C9	O15	171.5°	179.4°
O8	C8	C12	H17	91.4°	116.1°
O8	C8	C12	C13	18.5°	112.0°
O8	C8	C12	H19	161.5°	68.0°
C8	C9	O9	O15	177.5°	179.0°
C9	C8	C12	H17	91.4°	119.6°
C9	C8	C12	C13	164.2°	123.7°
C8	C9	O15	H18	180.0°	169.7°
C9	C8	C12	H19	15.8°	56.3°
O9	C9	C8	C12	176.5°	124.4°
O9	C9	C8	H17	85.1°	115.3°
O9	C9	O15	H18	2.5°	11.3°
O15	C9	C8	C12	5.9°	56.5°
O15	C9	C8	H17	97.3°	63.8°
C8	C12	C13	H19	180.0°	179.9°
C8	C12	C13	O16	167.3°	180.0°
C8	C12	C13	H20	12.6°	0.1°
C12	C13	O16	H20	180.0°	179.9°
C13	C12	C8	H17	72.9°	4.1°
C12	C13	O16	H24	180.0°	180.0°
O16	C13	C12	H19	12.7°	0.0°
O5	V2	O11	O12	9.1°	77.9°
O5	V2	O11	O13	173.6°	76.1°
O5	V2	O11	O14	88.5°	179.1°
O5	V2	O12	O13	51.7°	78.0°
O5	V2	O12	O14	89.0°	103.2°
O5	V2	O13	O14	88.4°	103.0°
O5	V2	O11	H21	173.6°	10.0°
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O5	V2	O12	H23	180.0°	82.9°
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O11	V2	O13	O14	93.0°	103.3°
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V2	O12	H23	H25	120.0°	120.2°
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O12	V2	O14	H27	57.8°	23.2°
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O13	V2	O14	H27	120.0°	156.3°
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V2	O14	H26	H27	120.0°	118.9°
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H20	C13	O16	H24	0.0°	0.1°

Release date:	2025-04-16
Definition date:	2024-06-18
Last modified:	2026-07-31
Release status:	REL
Processing site:	PDBE
Derived from:	9FMY