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Summary Geometry Related PDB entries

53C

Bonds

First atom	Second atom	Bond order type	Distance (experimental model)	Distance (ideal model)	Properties
C05	C04	doub	1.38Å	1.39Å	Aromatic
C05	C06	sing	1.38Å	1.39Å	Aromatic
C04	C03	sing	1.40Å	1.39Å	Aromatic
C01	C02	sing	1.51Å	1.51Å
C06	C07	doub	1.39Å	1.39Å	Aromatic
C03	C02	sing	1.47Å	1.50Å
C03	C08	doub	1.40Å	1.39Å	Aromatic
C02	O10	doub	1.21Å	1.21Å
C07	C08	sing	1.38Å	1.39Å	Aromatic
C07	O09	sing	1.36Å	1.40Å
C01	H1	sing	1.09Å	1.10Å
C01	H2	sing	1.09Å	1.10Å
C01	H3	sing	1.09Å	1.10Å
C04	H4	sing	1.08Å	1.08Å
C05	H5	sing	1.08Å	1.08Å
C06	H6	sing	1.08Å	1.08Å
C08	H7	sing	1.08Å	1.08Å
O09	H8	sing	0.97Å	0.95Å

Angles

First atom	Second atom	Third atom	Angle (experimental model)	Angle (ideal model)
C04	C05	C06	119.3°	120.3°
C05	C04	C03	120.1°	120.0°
C05	C04	H4	119.9°	120.0°
C04	C05	H5	120.4°	119.9°
C05	C06	C07	120.3°	120.2°
C06	C05	H5	120.3°	119.8°
C05	C06	H6	119.8°	119.9°
C04	C03	C02	119.1°	120.2°
C04	C03	C08	120.9°	119.7°
C03	C04	H4	119.9°	120.0°
C01	C02	C03	119.3°	120.0°
C01	C02	O10	120.3°	120.0°
C02	C01	H1	109.5°	109.4°
C02	C01	H2	109.5°	109.4°
C02	C01	H3	109.4°	109.4°
C06	C07	C08	120.5°	120.1°
C06	C07	O09	119.9°	120.0°
C07	C06	H6	119.9°	119.8°
C02	C03	C08	120.0°	120.2°
C03	C02	O10	120.4°	120.0°
C03	C08	C07	118.9°	119.8°
C03	C08	H7	120.6°	120.1°
C08	C07	O09	119.6°	120.0°
C07	C08	H7	120.6°	120.1°
C07	O09	H8	109.5°	113.9°
H1	C01	H2	109.5°	109.5°
H1	C01	H3	109.5°	109.5°
H2	C01	H3	109.5°	109.5°

Dihedrals

First atom	Second atom	Third atom	Fourth atom	Torsion (experimental model)	Torsion (ideal model)
C04	C05	C06	H5	180.0°	179.9°
C05	C04	C03	H4	180.0°	180.0°
C04	C05	C06	C07	0.3°	0.0°
C05	C04	C03	C02	179.6°	180.0°
C05	C04	C03	C08	0.7°	0.3°
C04	C05	C06	H6	179.7°	180.0°
C06	C05	C04	C03	0.7°	0.0°
C05	C06	C07	H6	180.0°	180.0°
C05	C06	C07	C08	0.1°	0.3°
C05	C06	C07	O09	179.8°	180.0°
C06	C05	C04	H4	179.3°	180.0°
C04	C03	C02	C01	0.4°	0.3°
C04	C03	C02	C08	179.7°	179.7°
C04	C03	C02	O10	179.0°	179.8°
C04	C03	C08	C07	0.3°	0.5°
C03	C04	C05	H5	179.3°	180.0°
C04	C03	C08	H7	179.7°	179.7°
C01	C02	C03	O10	179.4°	179.9°
C01	C02	C03	C08	179.3°	180.0°
C02	C01	H1	H2	120.0°	120.0°
C02	C01	H1	H3	120.0°	120.0°
C02	C01	H2	H3	120.0°	119.9°
C06	C07	C08	C03	0.1°	0.5°
C06	C07	C08	O09	179.9°	179.7°
C07	C06	C05	H5	179.7°	180.0°
C06	C07	C08	H7	179.9°	179.7°
C06	C07	O09	H8	180.0°	90.0°
C02	C03	C08	C07	180.0°	179.7°
C03	C02	C01	H1	179.4°	180.0°
C03	C02	C01	H2	60.6°	60.0°
C03	C02	C01	H3	59.4°	60.0°
C02	C03	C04	H4	0.4°	0.0°
C02	C03	C08	H7	0.0°	0.1°
C08	C03	C02	O10	1.3°	0.0°
C03	C08	C07	H7	180.0°	179.8°
C03	C08	C07	O09	179.8°	179.7°
C08	C03	C04	H4	179.3°	179.8°
O10	C02	C01	H1	0.0°	0.0°
O10	C02	C01	H2	120.0°	120.0°
O10	C02	C01	H3	120.0°	120.0°
C08	C07	C06	H6	179.9°	179.8°
C08	C07	O09	H8	0.1°	89.7°
O09	C07	C06	H6	0.2°	0.0°
O09	C07	C08	H7	0.2°	0.1°
H1	C01	H2	H3	120.0°	120.1°
H4	C04	C05	H5	0.7°	0.1°
H5	C05	C06	H6	0.3°	0.1°

222926

PDB entries from 2024-07-24

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