1RF
Bonds
| First atom | Second atom | Bond order type | Distance (experimental model) | Distance (ideal model) | Properties |
| C3 | O8 | sing | 1.43Å | 1.38Å | |
| C3 | C4 | sing | 1.53Å | 1.49Å | |
| O8 | C2 | sing | 1.43Å | 1.38Å | |
| C4 | O9 | sing | 1.43Å | 1.38Å | |
| C2 | C1 | sing | 1.53Å | 1.49Å | |
| C1 | O1 | sing | 1.43Å | 1.38Å | |
| O1 | V2 | sing | 1.84Å | 1.70Å | |
| O7 | V2 | sing | 1.84Å | 1.70Å | |
| O3 | V2 | sing | 1.84Å | 1.70Å | |
| V2 | O6 | sing | 1.84Å | 1.70Å | |
| V2 | O4 | sing | 1.84Å | 1.70Å | |
| C1 | H1 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C1 | H2 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C2 | H3 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C2 | H4 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C3 | H5 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C3 | H6 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C4 | H7 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| C4 | H8 | sing | 1.09Å | 1.10Å | |
| O9 | H9 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O3 | H10 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O4 | H11 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O7 | H12 | sing | 0.97Å | 0.95Å | |
| O6 | H13 | sing | 0.97Å | 0.95Å |
Angles
| First atom | Second atom | Third atom | Angle (experimental model) | Angle (ideal model) |
| O8 | C3 | C4 | 117.6° | 109.5° |
| C3 | O8 | C2 | 119.5° | 114.0° |
| O8 | C3 | H5 | 107.4° | 109.5° |
| O8 | C3 | H6 | 107.4° | 109.5° |
| C3 | C4 | O9 | 117.7° | 109.4° |
| C4 | C3 | H5 | 107.4° | 109.5° |
| C4 | C3 | H6 | 107.4° | 109.5° |
| C3 | C4 | H7 | 107.4° | 109.4° |
| C3 | C4 | H8 | 107.4° | 109.5° |
| O8 | C2 | C1 | 117.6° | 109.5° |
| O8 | C2 | H3 | 107.4° | 109.5° |
| O8 | C2 | H4 | 107.4° | 109.5° |
| O9 | C4 | H7 | 107.4° | 109.5° |
| O9 | C4 | H8 | 107.4° | 109.5° |
| C4 | O9 | H9 | 109.5° | 114.0° |
| C2 | C1 | O1 | 117.6° | 109.5° |
| C2 | C1 | H1 | 107.4° | 109.5° |
| C2 | C1 | H2 | 107.4° | 109.5° |
| C1 | C2 | H3 | 107.4° | 109.4° |
| C1 | C2 | H4 | 107.4° | 109.4° |
| C1 | O1 | V2 | 119.5° | 114.0° |
| O1 | C1 | H1 | 107.4° | 109.4° |
| O1 | C1 | H2 | 107.4° | 109.5° |
| O1 | V2 | O7 | 90.0° | 90.0° |
| O1 | V2 | O3 | 90.0° | 90.0° |
| O1 | V2 | O6 | 90.0° | 90.0° |
| O1 | V2 | O4 | 180.0° | 180.0° |
| O7 | V2 | O3 | 115.4° | 120.0° |
| O7 | V2 | O6 | 129.2° | 120.0° |
| O7 | V2 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| V2 | O7 | H12 | 109.5° | 114.0° |
| O3 | V2 | O6 | 115.4° | 120.0° |
| O3 | V2 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| V2 | O3 | H10 | 109.5° | 114.0° |
| O6 | V2 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| V2 | O6 | H13 | 109.5° | 114.0° |
| V2 | O4 | H11 | 109.5° | 114.0° |
| H1 | C1 | H2 | 109.5° | 109.4° |
| H3 | C2 | H4 | 109.5° | 109.4° |
| H5 | C3 | H6 | 109.5° | 109.5° |
| H7 | C4 | H8 | 109.5° | 109.5° |
Dihedrals
| First atom | Second atom | Third atom | Fourth atom | Torsion (experimental model) | Torsion (ideal model) |
| O8 | C3 | C4 | H5 | 121.2° | 120.0° |
| O8 | C3 | C4 | H6 | 121.2° | 120.0° |
| O8 | C3 | C4 | O9 | 140.3° | 65.0° |
| C3 | O8 | C2 | C1 | 112.1° | 180.0° |
| C3 | O8 | C2 | H3 | 9.1° | 60.0° |
| C3 | O8 | C2 | H4 | 126.7° | 60.0° |
| O8 | C3 | H5 | H6 | 116.3° | 120.0° |
| O8 | C3 | C4 | H7 | 98.5° | 175.0° |
| O8 | C3 | C4 | H8 | 19.1° | 55.0° |
| C4 | C3 | O8 | C2 | 64.7° | 180.0° |
| C3 | C4 | O9 | H7 | 121.2° | 120.0° |
| C3 | C4 | O9 | H8 | 121.2° | 120.0° |
| C4 | C3 | H5 | H6 | 116.3° | 120.0° |
| C3 | C4 | H7 | H8 | 116.3° | 120.0° |
| C3 | C4 | O9 | H9 | 180.0° | 180.0° |
| O8 | C2 | C1 | H3 | 121.2° | 120.0° |
| O8 | C2 | C1 | H4 | 121.2° | 120.1° |
| O8 | C2 | C1 | O1 | 120.0° | 65.0° |
| O8 | C2 | C1 | H1 | 1.1° | 175.0° |
| O8 | C2 | C1 | H2 | 118.8° | 55.0° |
| O8 | C2 | H3 | H4 | 116.3° | 120.1° |
| C2 | O8 | C3 | H5 | 56.4° | 60.0° |
| C2 | O8 | C3 | H6 | 174.1° | 60.0° |
| O9 | C4 | C3 | H5 | 19.1° | 175.0° |
| O9 | C4 | C3 | H6 | 98.5° | 55.0° |
| O9 | C4 | H7 | H8 | 116.3° | 120.1° |
| C2 | C1 | O1 | H1 | 121.2° | 120.0° |
| C2 | C1 | O1 | H2 | 121.2° | 120.0° |
| C2 | C1 | O1 | V2 | 82.5° | 180.0° |
| C2 | C1 | H1 | H2 | 116.3° | 120.0° |
| C1 | C2 | H3 | H4 | 116.3° | 119.9° |
| C1 | O1 | V2 | O7 | 169.0° | 60.0° |
| C1 | O1 | V2 | O3 | 75.6° | 60.0° |
| C1 | O1 | V2 | O6 | 39.8° | 180.0° |
| C1 | O1 | V2 | O4 | 171.8° | 72.9° |
| O1 | C1 | H1 | H2 | 116.3° | 120.0° |
| O1 | C1 | C2 | H3 | 118.8° | 174.9° |
| O1 | C1 | C2 | H4 | 1.1° | 55.0° |
| O1 | V2 | O7 | O3 | 90.0° | 90.0° |
| O1 | V2 | O7 | O6 | 90.0° | 90.1° |
| O1 | V2 | O7 | O4 | 180.0° | 180.0° |
| O1 | V2 | O3 | O6 | 90.0° | 90.0° |
| O1 | V2 | O3 | O4 | 180.0° | 180.0° |
| O1 | V2 | O6 | O4 | 180.0° | 180.0° |
| V2 | O1 | C1 | H1 | 156.3° | 60.0° |
| V2 | O1 | C1 | H2 | 38.6° | 59.9° |
| O1 | V2 | O3 | H10 | 180.0° | 180.0° |
| O1 | V2 | O4 | H11 | 180.0° | 47.1° |
| O1 | V2 | O7 | H12 | 180.0° | 0.0° |
| O1 | V2 | O6 | H13 | 180.0° | 180.0° |
| O7 | V2 | O3 | O6 | 180.0° | 179.9° |
| O7 | V2 | O3 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| O7 | V2 | O6 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| O7 | V2 | O3 | H10 | 90.0° | 90.0° |
| O7 | V2 | O4 | H11 | 177.2° | 180.0° |
| O7 | V2 | O6 | H13 | 90.0° | 89.9° |
| O3 | V2 | O6 | O4 | 90.0° | 90.0° |
| O3 | V2 | O4 | H11 | 67.4° | 60.0° |
| O3 | V2 | O7 | H12 | 90.0° | 90.0° |
| O3 | V2 | O6 | H13 | 90.0° | 90.0° |
| O6 | V2 | O3 | H10 | 90.0° | 90.0° |
| O6 | V2 | O4 | H11 | 48.0° | 60.0° |
| O6 | V2 | O7 | H12 | 90.0° | 90.1° |
| O4 | V2 | O3 | H10 | 0.0° | 0.0° |
| O4 | V2 | O7 | H12 | 0.0° | 180.0° |
| O4 | V2 | O6 | H13 | 0.0° | 0.0° |
| H1 | C1 | C2 | H3 | 120.0° | 54.9° |
| H1 | C1 | C2 | H4 | 122.3° | 64.9° |
| H2 | C1 | C2 | H3 | 2.4° | 65.0° |
| H2 | C1 | C2 | H4 | 120.0° | 175.1° |
| H5 | C3 | C4 | H7 | 140.3° | 55.0° |
| H5 | C3 | C4 | H8 | 102.0° | 65.0° |
| H6 | C3 | C4 | H7 | 22.6° | 65.0° |
| H6 | C3 | C4 | H8 | 140.3° | 175.0° |
| H7 | C4 | O9 | H9 | 58.8° | 60.0° |
| H8 | C4 | O9 | H9 | 58.8° | 60.1° |
