5H85

Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with UO37D

> 概要

5H85 の概要

分子名称EPH receptor A3 (E.C.2.7.10.1)
機能のキーワードtranscription, inhibitor, transferase
由来する生物種Homo sapiens (Human)
細胞内の位置Cytoplasm Q92793
ポリマー鎖数1
分子量合計14520.62
構造登録者
Dong, J.,Caflisch, A. (登録日: 2015-12-23, 公開日: 2017-01-11)
主引用文献
Dong, J.,Caflisch, A.
Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with UO37D
To Be Published,
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (1.701 Å)
?

構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.1682000.8%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

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回転なし
Molmil generated image of 5h85
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5h85
y軸(上下方向)周りに90°回転

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
ACREB-binding proteinpolymer11914223.31
UniProt (Q92793)
Pfam (PF00439)
Pfam (PF06001)
Homo sapiens (Human)
methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoatenon-polymer297.31
waterwater18.0220

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数1
分子量合計14223.3
非ポリマー*分子数1
分子量合計297.3
全て*分子量合計14520.6
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (1.701 Å)

格子定数 [Å]24.41345.314104.660
格子定数 [度]90.0090.0090.00
空間群P 21 21 21
分解能 [Å] (低 - 高)41.58 - 1.70
最も高い分解能シェルの値1.832 - 1.701
R因子0.163
R-work0.16110
最も高い分解能シェルの値0.172
R-free0.19850
最も高い分解能シェルの値0.220
結合長の平均二乗偏差(RMSD) [Å]0.006
結合角の平均二乗偏差(RMSD) [度]0.832

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)52.33 - 1.70
最も高い分解能シェルの値 -
独立反射数13297
最も高い分解能シェルの値0.400
完全性 [%]98.8
冗長性11.4
最も高い分解能シェルの値9.1

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP7.5277

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
AC111binding site for residue 5XS A 1201
鎖名残基
APRO1110
AGLN1113
AVAL1115
AASN1168
AVAL1174
AHOH1317
AHOH1370
AHOH1380
AHOH1410
AHOH1429
AHOH1446

?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
5XS_5h85_A_120113methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate binding site
鎖名残基ligand
ALEU1109-PHE11115XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
AGLN11135XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
AVAL11155XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
ALEU11205XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
AILE11225XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
ATYR11255XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
AALA11645XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
ATYR1167-ASN11685XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate
AARG1173-VAL11745XS: methyl 3-(7~{H}-purin-6-ylcarbamoyl)benzoate

?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
PS006331
鎖名残基詳細
ASER1108-TYR1167

?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
SWS_FT_FI41Acetyl-CoA; via carbonyl oxygen. {ECO:0000250|UniProtKB:Q09472}.
鎖名残基詳細
ANA*

SWS_FT_FI52Acetyl-CoA. {ECO:0000250|UniProtKB:Q09472}.
鎖名残基詳細
ANA*
ANA*

?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

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