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Omokage検索
- 生体超分子の形状類似性検索 -

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検索条件

検索に使う構造:

EMDB/PDB/SASBDBのID:
  • EMDB マップ
    4つの数字のIDコード (または、"e"で始まる文字列) (例: 1003, EMD-1003, e1003)
  • PDBの登録構造(非対称単位, AU)
    4文字のIDコード (または、IDに"-d"を付加) (例: 100d, 100d-d)
  • PDBの集合体(生物学的単位, BU)
    ID + ハイフン + assembly-ID (例: 1oel-1)
    PDB-IDを入力した後に、この下に表示される画像をクリックして選択することもできます
  • SASBDBのモデル
    SASBDB-ID または model-ID (例: SASDAA5, 100, sas-100)
  • 3つのデータバンクの比較

サンプル:

象徴的な結果が得られるサンプル

RNAポリメラーゼIIの電子顕微鏡による25Å分解能の3Dマップデータです。この検索で、EMDBとPDBの両データベースから原子モデル・3Dマップ両方のRNAポリメラーゼの構造データが見つかります。検索を実行

DNAクランプはDNA代謝に必須のリング状オリゴマー分子です。どのDNAクランプも形状はよく似ていますが、細菌では2量体、真核生物や古細菌では3量体のタンパク質がこれを構成します。この3量体クランプの検索から、両方のタイプのクランプの構造データが見つかります。検索を実行

翻訳伸長因子EF-Tu・tRNA複合体とEF-Gの形状はよく似ています。前者はタンパク質・RNA複合体、後者は単量体タンパク質なのに、です。このような類似性は「分子擬態」と呼ばれています。このEF-Tu・tRNAの検索から、EF-Gの構造データも見つかります。検索を実行

このデータは小角散乱法で得られたルマジン合成酵素のダミー原子モデルです。この検索で、同じ分子の結晶構造が見つかります。検索を実行

EMDBとPDBにはたくさんの70Sリボソームの構造データが登録されています。Omokage検索はこういった巨大複合体の構造データを「総ざらい」するのにも便利です。検索を実行

さらに巨大な分子、例えばこのイネ萎縮ウイルスのような構造データ検索にも、Omokage検索は役に立ちます。検索を実行

巨大な分子だけでなく、例えばこのDNA断片のような、比較的小さな分子の構造データにも使えます。この結果からはDNA断片だけでなく、(幸か不幸か)それに似た形状のタンパク質の構造も見つかります。検索を実行

これは比較的小さな分子のもう一つの例です。このようなベータプロペラ構造と形状が似ているタンパク質には、どのようなものがあるでしょうか?検索を実行

EMDB

PDB

SASBDB

オリジナルの構造や、既存のものを改変した構造を使った検索が可能です。下のフォームでデータ形式を選択し、ファイルをアップロードしてください。

データのタイプ:

PDB形式の座標ファイル (原子モデル、SAXSビーズモデルなど)
非圧縮または、gzip圧縮したファイル

ファイル:

CCP4/MRC 形式の3次元密度マップファイル(ボクセルが立方体のマップのみです)
最大ボクセル数は200程度です。事前に切り出しや縮小処理をすることを推奨します
非圧縮または、gzip圧縮したファイルを利用できます

ファイル:
表面レベル:

Situs パッケージのqvolかqpdbで作成したコードブックベクトル。Omokage比較では、30点と50点の2つのモデルを利用します。解説は作成中です。

30点モデル:
50点モデル:

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Omokage検索について

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お知らせ

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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2015年12月4日: Omokage検索の論文がオンライン出版されました

Omokage検索の論文がオンライン出版されました

関連情報: Omokage検索 / gmfit

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2015年11月28日: SASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりました

SASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりました

  • Omokage検索のデータベースにSASBDBの登録モデルを追加しました。
  • SASBDBは、小角散乱の実験データを扱うデータバンクです。
  • SASBDBモデルを検索クエリとして利用できます。
  • 検索結果の中にSASBDBモデルが含まれるようになります。

関連情報: Omokage検索 / SASBDB / 3つのデータバンクの比較

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2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索

新規サービス: Omokage検索

  • 形状類似検索「Omokage検索」を開始しました。
  • 関連情報: Omokage検索

    すべてのお知らせ

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    Omokage検索

    「カタチ」で構造検索

    • Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
    • 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造(通常は非対称単位、AU)、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
    • EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
    • 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
    • 比較はiDRプロファイル法によって行います。

    関連情報: 3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし

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