2NAN

NMR structure of human DCL-1 (CD302) extracellular domain

> 概要

2NAN の概要

分子名称CD302 antigen
機能のキーワードc-type lectin like receptor, immune system
由来する生物種Homo sapiens (human)
細胞内の位置Membrane ; Single-pass type I membrane protein  Q8IX05
ポリマー鎖数1
分子量合計16228.08
構造登録者
Pospisilova, E.,Kukacka, Z.,Kavan, D.,Novak, P.,Chmelik, J. (登録日: 2016-01-06, 公開日: 2017-01-11)
主引用文献
Pospisilova, E.,Kukacka, Z.,Kavan, D.,Novak, P.,Chmelik, J.
NMR structure of human DCL-1 (CD302) extracellular domain
To be Published,
実験手法
SOLUTION NMR
?

構造検証レポート

ClashscoreRamachandran outliersSidechain outliers241.1%12.5%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all structuresPercentile relative to all NMR structures
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 2nan
回転なし
Molmil generated image of 2nan
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 2nan
y軸(上下方向)周りに90°回転

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
ACD302 antigenpolymer14016228.11
UniProt (Q8IX05)
Pfam (PF00059)
Homo sapiens (human)C-type lectin BIMLEC, C-type lectin domain family 13 member A, DEC205-associated C-type lectin 1, Type I transmembrane C-type lectin receptor DCL-1

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数1
分子量合計16228.1
非ポリマー*分子数0
分子量合計0.0
全て*分子量合計16228.1
*水分子は含んでいません

> 実験情報

分光器

実験手法:SOLUTION NMR

分光器のID分光器のメーカー分光器のモデル 分光器の種類分光器の磁場強度
1BrukerAvance IIIBruker Avance III600

実験

実験のID条件のID溶液のID実験の種類
1112D 1H-15N HSQC
2113D HNCO
3113D HN(CA)CO
4113D HNCA
5113D HN(CO)CA
6113D HNCACB
7113D CBCA(CO)NH
8112D 1H-13C HSQC aliphatic
9112D 1H-13C HSQC aromatic
10113D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
12113D 1H-13C NOESY aromatic
13113D 1H-15N TOCSY
14113D H(CC)(CO)NH
15113D (H)CC(CO)NH
16112D (HB)CB(CGCD)HD
17113D HCCH-TOCSY
18113D HCCH-TOCSY aromatic

NMRの試料

条件のIDNMR試料のpHNMR試料の圧力NMR試料の温度
16.51303.15

原子構造

計算した原子構造の総数500
登録した原子構造の総数10

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

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