構造ドメイン

構造ドメイン は、分子の２次構造と３次構造の間に位置する構造階層を指しますが、 １つのドメインで構成されている分子では、構造ドメインは３次構造に等しいものと考えられます。 構造ドメインを考える上で、その順序と構造は中心的な要素となりますが、 残念ながら１つに定まった構造ドメインの定説はなく、 実際はいくつかある構造ドメインの定義に頼らざるをえません。

PDBj Mine では、 SCOP と CATH 両方のデータベースへのリンクを提供しています。この２つのデータベースは比較的広く受け入れられている方法を用いて構造ドメインを分類しており、多くのPDBエントリーはこれらデータベースの定義を利用しています。

Structure Navigator では、これら２つのデータベースに登録されていない構造については タンパク質ドメインパーサー （PDP）プログラムも利用しています。