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振動する分子の3次元画像

10個の最低振動数モードそれぞれについて、振動する様子をjV(PDBj)やJmolで3次元画像として見ることができる。

(1) 変位ベクトル図

10個の最低振動数モードそれぞれについて、分子が振動する様子を変位ベクトルで表現した図で、ｊVあるいはJmolで表示する。1度に最大3個のモードを同時に表示できる。jVでは右側パネルにある、またJmolでは画面下にあるチェックボックスで、個々のモードの表示・非表示の切り替えができる。

更にjVでは、主鎖原子と側鎖原子の変位ベクトルの表示・非表示を制御することができる。変位ベクトルにはmainchainという属性が設定してあり、主鎖原子はmainchain=1、側鎖原子はmainchain=0である。

[例]　すべての変位ベクトルが表示されているとき(デフォルト）、ｊVのコマンド

selectvertex mainchain=0
displayvertex off

で側鎖原子の変位ベクトルを非表示にすることができる。

[例] 変位ベクトルがまったく表示されていないとき、ｊVのコマンド

selectvertex mainchain=1
displayvertex on

で、主鎖原子の変位ベクトルだけを表示することができる。

変位ベクトルの長さは、全原子の平均があらかじめ与えられた値になるように設定されている。その値に関する情報は、ページ下の「計算に関するメモ」に与えられている。

(2) アニメーション

10個の最低振動数モードそれぞれについて、分子が振動する様子をjV(PDBj)あるいはJmolを使い、アニメーションで見ることができる。

振動の振幅は、全原子の平均があらかじめ与えられた値になるように設定されている。その値に関する情報は、ページ下の「計算に関するメモ」に与えられている。

(3) 変位ベクトルの静止画とGIFアニメーション

10個の最低振動数モードそれぞれについて、２種類の変位ベクトル図とGIFアニメーションが与えられている。

[ALL]をクリックするとすべての変位ベクトル図、[MainC]をクリックすると主鎖原子のみの変位ベクトル図の拡大図が現れる。また、[GIF]をクリックすると、GIFアニメーションを見ることができる。

時間平均および10個の最低振動数モードに対する結果

(1) 原子のゆらぎ

図には２つのグラフがある（図をクリックすると拡大した図が現れる）。

下のグラフでは、原子のゆらぎの時間平均が残基番号に対してプロットされている。各残基内でのすべての原子の平均、主鎖原子の平均、そしてCα原子(核酸の場合はC4'原子)に対する値がプロットされている。

上のグラフでは、３つの最低振動数モードそれぞれについて、同様な値がプロットされている。

(2) 二面角のゆらぎ

図には２つのグラフがある（図をクリックすると拡大した図が現れる）。

下のグラフでは、二面角（アミノ酸に対してはφ、ψ、χ₁、核酸に対してはα、 β、δ）のゆらぎの時間平均が残基番号に対してプロットされている。

上のグラフでは、３つの最低振動数モードそれぞれについて、二面角(アミノ酸に対してはψ、核酸に対してはβ)がプロットされている。

(3) 原子ゆらぎの相関

三角図が12個与えられている（図をクリックすると拡大した図が現れる）。 最初の10個には、10個の最低振動数モードそれぞれについて、原子ゆらぎの相関が与えられている。最後の２つは、原子ゆらぎの相関の時間平均とCα間（核酸の場合はC４'間）の距離マップで、個々のモードの相関の三角図と比較するために与えられている。

結果ファイルのダウンロード

計算結果、66個のファイルをまとめてダウンロードすることができる。xxxx-results.tgz　（xxxxはPDBコード）という名の圧縮ファイルで提供している。 含まれるファイルは以下の通りである。（いくつかのファイルは圧縮ファイルで提供されている。ｊVやJmolでそれらのファイルを利用する場合、解凍することなく読み込むことができる。）

(1) xxxx-min.pdb

PDBフォーマットの原子座標データ。

(2) xxxx.flcatmA, xxxx.flcangA

原子のゆらぎ、二面角のゆらぎの時間平均。

(3) xxxx.crratmA , xxxx.crrangA

原子のゆらぎ、二面角のゆらぎの相関の時間平均。

(4) xxxx_1.flcatmE, xxxx_2.flcatmE, ..., xxxx_10.flcatmE

10個の最低振動数モードそれぞれについて、原子のゆらぎ。

(5) xxxx_1.flcangE, xxxx_2.flcangE, ..., xxxx_10.flcangE

10個の最低振動数モードそれぞれについて、二面角のゆらぎ。

(6) xxxx_1-anm.pdb, xxxx_2-anm.pdb, ..., xxxx_10-anm.pdb,

10個の最低振動数モードそれぞれについて、jV (PDBj)とJmolのためのアニメーション用データ

(jVでの操作手順) プルダウンメニューより [File] → [Open-Local] → [Animation] を選択し、上記ファイルから1つ読み込む。　アニメションをスタートするには、プルダウンメニューより [Options] → [Animation] を選択すると、アニメーション用ダイアログが現れるので、"swing"にチェックをいれ、再生ボタンをクリックする。

(Jmolでの操作手順) プルダウンメニューより [File] → [Open] を選択し、上記ファイルを１つ読み込む。アニメーションをスタートするには、プルダウンメニューより [Tools] → [Animate] → [Palindrome]を選択する。

(7) xxxx_1-anm.xyz, xxxx_2-anm.xyz, ..., xxxx_10-anm.xyz

10個の最低振動数モードそれぞれについて、Chimeのためのアニメーション用データ

(Chimeでの操作手順) Chimeがインストールされていれば、上記ファイルをダブルクリックすれるだけでChimeが起動され、アニメーションがスタートする。

(8) xxxx_1-vec.xml, xxxx_2-vec.xml, ..., xxxx_10-vec.xml

10個の最低振動数モードそれぞれについて、jVのための変位ベクトル図用データ

(jVでの操作手順) プルダウンメニューから [File] → [Open-Local] → [PDB] を選択し、ファイル　xxxx-min.pdb fileを読み込む。 続いて、プルダウンメニューから [File] → [Open-Local] → [Polygon] を選択し、xxxx_1-vec.xml、 xxxx_2-vec.xml、...、xxxx_10-vec.xml から１つ、あるいは複数読み込む（ここまで、表示された分子の並進・回転・拡大等の操作はしないこと）。複数のモードを読み込んだ場合には、ｊVの右側のパネルに、それぞれのモードの変位ベクトルを「表示する」、「非表示にする」ためのチェックボックスが現れる。

変位ベクトルにはmainchainという属性が設定してあり、主鎖原子はmainchain=1、側鎖原子はmainchain=0である。これを利用して、主鎖原子と側鎖原子の変位ベクトルの表示・非表示を制御することができる。

[例]　すべての変位ベクトルが表示されているとき(デフォルト）、ｊVのコマンド

selectvertex mainchain=0
displayvertex off

を打ち込むことで、側鎖原子の変位ベクトルを非表示にすることができる。

[例] 変位ベクトルがまったく表示されていないとき、ｊVのコマンド

selectvertex mainchain=1
displayvertex on

を打ち込むことで、主鎖原子の変位ベクトルだけを表示することができる。

(9) xxxx_1-vec.Jmol-script, xxxx_2-vec.Jmol-script, ..., xxxx_10-vec.Jmol-script

10個の最低振動数モードそれぞれについて、Jmolのための変位ベクトル図用データ

(Jmolでの操作手順) プルダウンメニューから [File] → [Open] を選択し、ファイル xxxx-min.pdb を読み込む。 続いて、プルダウンメニューから [File] → [Open] を選択し、xxxx_1-vec.Jmol-script、 xxxx_2-vec.Jmol-script、 ...、 xxxx_10-vec.Jmol-scriptから １つ読み込む（ここまで、表示された分子の並進・回転・拡大等の操作はしないこと）。

各変位ベクトルは２本の線分からなり、$line##A***, $line##B*** と名づけられている。##はモード番号であり(したがって、## = 01, 02, ..., 10)、***の部分は変位ベクトルの通し番号である。そこで、複数のモードの変位ベクトルを読み込んだ場合、Jmolのconsole画面（[File] → [Output console ...])で,

hide $line07*

などと打ち込めば、特定のモード(この場合はモード番号７）を非表示にでき、

display $line05*

などと打ち込めば、特定のモード(この場合はモード番号5）を表示することができる。

(10) xxxx-note.txt

下記の「計算に関するメモ」。

計算に関するメモ

計算に関する情報が与えられている。