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検索サービス > PDBj Mine

PDBj Mine は PDBjで開発された、PDBエントリーの検索サービスです。

  1. PDBj Mine は関係データベースを使っています。
  2. キーワード検索機能を強化しました。
  3. 複雑な検索条件の指定にはSQLを使います。

PDBj Mineの使い方を紹介した対話型チュートリアルもご覧ください。

下記文献はPDBj Mineに関する文献です。

[基本的な使い方]

PDBj各ページ上部にある検索ボックスを使って、以下の内容を対象にしてエントリーを検索することができます。 結果は、条件に適合したエントリーの一覧が簡単な要約付きで表示されます。

  • PDB IDまたはキーワード
  • アミノ酸または核酸配列
  • 著者名

PDB ID検索

  1. 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「PDB ID or Keyword」を選択して下さい。
  2. 入力ボックスにPDB ID を入力して下さい(例:1gof)。1〜9の半角数字1文字+半角英数字3文字という条件に合わない入力を行うと再入力を求められます。 なお、ワイルドカード(*)を使って前方一致検索(例:1g*、1gで始まるPDB ID)、後方一致検索(例:*of、ofで終わるPDB ID)、含むものの検索(例:*go*、goを含むPDB ID)を行うこともできます。
  3. GOボタンをクリックして下さい。

条件に特定のPDB IDを入力した場合は、直接そのエントリーの要約ページが表示されます(このようなページです→ mine:1gof )。 要約ページについて、詳しくは PDBエントリー検索結果 をご覧下さい。 ワイルドカードを使って検索を行った場合は、条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。

キーワード検索

  1. 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「PDB ID or Keyword」を選択して下さい。
  2. 入力ボックスに検索したいキーワードを入力して下さい(例:galactose)。
  3. GOボタンをクリックして下さい。

条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。

キーワード検索では、論理演算子(not(!)、and(&)、or(|))を利用することもできます。論理演算子の優先順位は NOT AND OR の順です。

AND(&)検索

複数のキーワードを「 and 」「 & 」または空白で区切って入力した場合、その複数のキーワード全てを含むエントリーが検索されます。

例:antibody(抗体)と virus(ウイルス)両方のキーワードを含むエントリーを検索する

antibody and virus

※下記記述でも同じ条件で検索されます。

antibody virus

OR(|)検索

複数のキーワードを「 or 」または「 | 」で区切って入力した場合、その複数のキーワードいずれか一つ以上を含むエントリーが検索されます。

例:erythrocyte(赤血球)と leukocyte(白血球)の少なくともどちらか一方のキーワードを含むエントリーを検索する

erythrocyte or leukocyte

否定 NOT(!)

あるキーワードを 含まない エントリーを検索したい場合、そのキーワードの前に「 not 」または「 ! 」を付けて下さい。

例:hydrolase(加水分解酵素)は含むが phosphate(リン酸)は含まないエントリーを検索する

hydrolase not phosphate

日本語検索

表示言語が「日本語」となっている場合、キーワードとして日本語も利用できます。日本語は自動的に英語に変換した上で検索されます。この場合、どのような英語に変換されたのかも合わせて結果ページに表示されます。

例:「ヘモグロビン」で検索

検索語をクォート記号で囲った場合

検索語をクォート記号で囲った場合、囲まれた語を一つの語とみなして処理します。 この扱いは新インタフェースのみです。従来版(legacy版)ではクォート記号で囲んでも囲まない場合の扱いと変わりません。

Alcohol Dehydrogenase
「Alcohol & Dehydrogenase」と同じ。「Alcohol」と「Dehydrogenase」の両方が含まれるエントリーを検索(両者が離れて記述されていてもよい)。
"Alcohol Dehydrogenase"
「"Alcohol Dehydrogenase"」この通りの記述が含まれるエントリーを検索(間に別の語がはさまったりしていたらヒットしない)
○→ヒット、×→ヒットしない
検索対象語 検索キーワード
alcohol dehydrogenase "alcohol dehydrogenase"
horse liver alcohol dehydrogenase complexed with ...
...anti alcohol-addiction agent, in complex with human mitochondrial aldehyde dehydrogenase. ×

配列検索

あるアミノ酸配列や核酸配列を含むエントリーを検索します。

  1. 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「sequence」を選択して下さい。
  2. 入力欄にアミノ酸配列または核酸配列を1文字表記で入力して下さい(例:KGFEPLIQFA)。検索できるのは5残基以上の配列です。
  3. GOボタンをクリックして下さい。

条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。

例:

KGFEPLIQFA

著者検索

ある名前を著者名に含むエントリーを検索します。

  1. 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「author name」を選択して下さい。
  2. 入力欄に名前を入力して下さい(例:Ito, N.)。『「姓」+「,」(コンマ)+「 」(空白)+「名の1文字目」+「.」(ピリオド)』という書式で指定します。
  3. GOボタンをクリックして下さい。

条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。

例:

Ito, N.

また著者名は1人しか指定できません。2人以上を指定する場合は詳細検索またはSQL検索をご利用下さい。

[詳細検索]

分解能(resolution)、ポリマーの種類(polymer type)のような条件を満たすPDBエントリーを得たい場合、 詳細検索(http://pdbj.org/advancedSearch)をご利用下さい。こちらでは様々な条件を指定して検索することができます。

[SQL文を指定して検索する]

詳細検索でも指定できる条件が十分ではない場合、関係データベースにおける標準の条件指定言語「SQL」で細かい条件を記述できるSQL検索をご利用下さい。 SQL検索を利用するには、PDBML(PDBの正式なXMLフォーマット)の構造だけでなく、SQLについても知っておく必要があります。 PDBj Mineで使っている関係データベースの構造はPDBMLに基づいています。 PDBMLの階層構造は各XML要素や属性の「ポインタ」によって定義された多重のグループで表現されます。

なお利用しやすいように、「brief_summary」テーブルおよびいくつかの支援関数を定義しています。

brief_summary」テーブルは詳細検索に必要な情報を抽出して作ったものです。

SQLの例など、詳しくは PDBj Mine:SQLクエリ文の事例 をご覧下さい。

2012-07-13 (last edited: more than 1 year ago)2015-03-31
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