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eF-siteについて

eF-site(機能部位の静電的表面)はタンパク質の分子表面に関するデータベースで、 静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示し、 分子認識機構の分析に有用な情報を提供します。 コノリー表面はMSPプログラム(Connolly, M.L., J. Mol.Graph., 4, 93-96, 1986)によって作っています。 また静電的ポテンシャルは、中村春木とNishida.Sによるself-consistent boundary法によってポアソン-ボルツマン方程式を解いて計算しています(J. Phys. Soc. Jpn., 56, 1609-1622, 1987)。

seqinfoファイルとefvetファイル

このデータベースでは、各エントリーごとに、あらゆる情報を記録するために、2種類のファイル、seqinfoファイルとefvetファイルが使われています。 seqinfoファイルには、分子の生物学的な機能と、分子表面上の個々の機能サイトの化学的特徴が、記載されています。 efvetファイルには、分子表面の幾何学情報や色属性が、一連のポリゴンの形式で記載されています。 静電的ポテンシャルと疎水的性質は、表面の色で表現されます。 赤色から青色への変化は、静電的ポテンシャルが負から正へ変化することを表し、黄色は、疎水性残基の表面を示します。 seqinfoファイルとefvetファイルは、ともにXMLフォーマットで、各々のスキーマもご利用頂けます (seqinfo, efvet)。

Molmil

詳細については、Molmilのヘルプページをご覧ください。

jV

分子と分子表面を表示するために、Javaアプレットプログラムとして、jV が使用されています。 「jV」プログラムは、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一つとして、 JST-NBDC大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて、 木下賢吾東北大学大学院情報科学研究科教授) と中村春木大阪大学蛋白質研究所教授)によって開発されたものです。 2つのアプレットが表示されます。分子構造は左側のアプレットに、分子表面は、右側のアプレットに表示されます。 マウスの操作方法は以下の通りです。
Action Window, Linux Mac OS X
X軸(左右方向軸)、Y軸(上下方向軸)周りの回転 左ドラッグ ドラッグ
Z軸(奥行き方向軸)周りの回転 Shift + 右ドラッグ(左右方向) Shift + Command + ドラッグ(左右方向)
X,Y軸方向に平行移動 右ドラッグ Command + ドラッグ
Z軸方向に平行移動 (拡大縮小) Shift + 左ドラッグ Shift + ドラッグ

jVを使用するためには、Java Runtime Environment (JRE) 1.6以上のバージョンを、 ご利用のPCにインストールしておく必要があります。jVは無料で配布され、スタンドアロンのプログラムとしても、アプレットとしてもご利用頂けます。 マウスによる操作に加えて、コマンドラインのインターフェースもご利用頂けます。

jVのダウンロード

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About eF-site

eF-site (electrostatic-surface of Functional site) is a database for molecular surfaces of proteins' functional sites, displaying the electrostatic potentials and hydrophobic properties together on the Connolly surfaces of the active sites, for analyses of the molecular recognition mechanisms. The Connolly surfaces were made by using the MSP program (Connolly, M.L., J. Mol.Graph., 4, 93-96, 1986) and the electrostatic potentials were calculated by solving Poisson-Boltzmann equations with the self-consistent boundary method by Nakamura, H. & Nishida, S. (J. Phys. Soc. Jpn., 56, 1609-1622, 1987).

seqinfo and efvet files

In this database system, two kinds of file, seqinfo file and efvet file, are used to keep all information for each entry. The seqinfo file describes biological functions of the molecule and chemical properties of each functional site on the molecular surface. The efvet file contains geometric information and coloring attributes of the molecular surface in the form of a set of polygons. Electrostatic potentials and hydrophobic properties are discribed together by the surface color in such a way that red to blue colors correspond negative to positive electrostatic potentials, and yellow color indicates the surface of the hydrophobic residue. The seqinfo file and efvet file are both written in XML and schema documents for them are available (seqinfo, efvet).

Molmil

See the main article on Molmil for more information.

jV

jV is used to display molecules and their surfaces as a Java applet program. The program 'jV' has been developed by Kengo Kinoshita (Graduate School of Information Sciences, Tohoku University) and Haruki Nakamura (Institute for Protein Research, Osaka Univeristy), as one of the activities of Protein Data Bank Japan (PDBj), supported by grant-in-aid from National Bioscience Database Center, Japan Science and Technology Agancy (JST-NBDC) and Institute for Protein Research IPR, Osaka University. Two applets are displayed. The structure of the molecule is shown in the left applet and the molecular surface is displayed in the right applet. The mouse controls are as follows:
Action Window, Linux Mac OS X
rotate around X,Y axes left drag drag
rotate around Z axis Shift + right drag Shift + command + drag
translate along X,Y axes right drag command + drag
translate along Z axis (zoom in/out) Shift + left drag Shift + drag

In order to use jV, the Java Runtime Environment (JRE) 1.6 or later must be installed on your computer. jV is freely distributed and can be used as a stand-alone program as well as an applet. In addition to mouse controls, a command line interface is provided.

Download jV

2010-01-19 (last edited: more than 1 year ago)2015-09-17
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