PDBj データサイト・FTPサイトの詳細

ディレクトリ構成の概要

以下にルートおよびコンテンツの種類ごとに分類したサブディレクトリの内容について、URLとともに記します。

内容	FTP URL
ドキュメントルート	ftp://ftp.pdbj.org/
PDB Archiveルート（各局共通コンテンツ）	ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data
二次データ（各局共通コンテンツ）	ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/derived_data
ドキュメント類（newsletterなど）（各局共通コンテンツ）	ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/doc
EMDB Archiveルート（各局共通コンテンツ）	ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb
構造検証レポート（各局共通コンテンツ）	ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports

ディレクトリ構成の詳細

[RDF]

pdb

pdb/[1-9][0-9a-z]{3}.rdf.gz

各PDBエントリーのPDBML（mmCIF）の内容をRDF形式に変換したものです。 wwPDB/RDF もご参照下さい。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/RDF/pdb/100d.rdf.gz

chem_comp

chem_comp/[0-9A-Z]{1,3}.rdf.gz

各化学グループのmmCIFの内容をRDF形式に変換したものです。 wwPDB/RDF もご参照下さい。

例:ATPの場合

ftp://ftp.pdbj.org/RDF/chem_comp/ATP.rdf.gz

sifts

SIFTSのRDF形式のデータを収めています。

• pdb_chain_cath_uniprot.ttl.gz
• pdb_chain_enzyme.ttl.gz
• pdb_chain_go.ttl.gz
• pdb_chain_interpro.ttl.gz
• pdb_chain_pfam.ttl.gz
• pdb_chain_scop_uniprot.ttl.gz
• pdb_chain_taxonomy.ttl.gz
• pdb_chain_uniprot.ttl.gz
• pdb_pubmed.ttl.gz
• uniprot_pdb.ttl.gz
　

　 　

vrpt-alt

　

　既存のmmCIFに準じた命名スキームとカテゴリを使用して再編成されたRDF形式の検証レポートを収めています。 　

　

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/RDF/vrpt-alt/00/100d-validation-alt.rdf.gz

[XML]

オリジナルのPDBMLファイルおよびPDBjでアノテーションを加えたPDBMLaddを収めています。PDBMLの定義内容については http://pdbml.rcsb.org/ や PDBML Schema pdbx-v40.xsd / pdbx-v42.xsdをご覧下さい。

all

全データを収めたPDBMLファイルがあります。 /pub/pdb/data/structures/all/XML の内容と同じです。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/XML/all/100d.xml.gz

all-extatom

原子座標部分だけを抽出したデータを収めたPDBMLファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/XML-extatom の内容と同じです。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/XML/all-extatom/100d-extatom.xml.gz

all-noatom

原子座標部分を除いたメタデータ部分のみを含むPDBMLファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/XML-noatom の内容と同じです。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/XML/all-noatom/100d-noatom.xml.gz

pdbmlplus

PDBML に、PDBjで独自に情報を追加した PDBMLaddファイル、およびそのスキーマファイル（ ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/PDBMLadd_v40.xsd）などがあります。

• pdbml_add

  PDBjで独自に情報を追加した内容を、PDBMLと結合できるXML形式で記したPDBMLaddファイルをgzip形式で圧縮したファイルがあります。

  例:PDBID 100dの場合

  ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_add/100d-add.xml.gz

vrpt-alt

既存のmmCIFに準じた命名スキームとカテゴリを使用して再編成されたPDBML形式の検証レポートを収めています。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/XML/vrpt-alt/00/100d-validation-alt.xml.gz

[chem_comp]

mmcif

mmcif/[0-9a-z]{1,3}.cif.gz

各化合物エントリーのmmCIFフォーマットのファイルです。

例: ATPの場合

ftp://ftp.pdbj.org/chem_comp/mmcif/ATP.cif.gz

PDBML

PDBML/[0-9A-Z]{1,3}.xml.gz

各化合物エントリーのmmCIFの内容をPDBML(XML)形式に変換したものです。

例:ATPの場合

ftp://ftp.pdbj.org/chem_comp/PDBML/ATP.xml.gz

RDF

RDF/[0-9A-Z]{1,3}.rdf.gz

各化合物エントリーのmmCIFの内容をRDF形式に変換したものです。

[doc]

newsletters

PDBjで発行しているニュースレターのPDFファイルがあります。ニュースレターページからダウンロードすることもできます。

• en ... 英語版ニュースレター
• ja ... 日本語版ニュースレター

[edmap]

このディレクトリには、電子密度マップ関連データが収められています。

• edmap.list ... 電子密度マップデータが作成されているPDBIDの一覧
• ccp4/([0-9a-z]{2})/[1-9]{1}[0-9a-z]{3}.ccp4.gz ... 電子密度マップデータ。PDBID中2文字ごとにサブディレクトリで分割して格納されている。

[emnavi]

• data ... EM Navigator で使用しているデータ。

[family]

[mine]

旧版PDBj Mineのデータベースダンプファイルなどがあります。旧版データの更新は2014年12月10日で終了しています。
新版PDBj Mineのデータベースデータについては次の"mine2"ディレクトリからご利用下さい。

[mine2]

現行版PDBj Mine のデータベースダンプファイルなどがあります。

• mine2.dump ... PDBj Mine データベース全体を１つのファイルにダンプしたファイル
• split/mine2.{aa,ab...} ... PDBj Mineデータベース全体を100MBごとに分割してダンプしたファイル群
• weekly/mine2_update_yyyymd.sql.gz ... PDBj Mine データベースのyyyy年m月d日の増分。
• readme.txt ... PDBj Mineデータベースをローカルインストールする方法について記しています。
• keywords.txt
• update.json
• sifts ... このディレクトリでは、PDBeで開発されているSIFTSのデータをPDBj Mine2関係データベースに統合するためのSQLとシェルのスクリプトを提供しています。

[mmCIF]

mmCIFファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/mmCIF/ にある内容と同じです。mmCIFフォーマットの定義内容については http://mmcif.pdbj.org/ をご覧下さい。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/mmcif/100d.cif.gz

[model]

現在、PDBのメインデータ領域に格納しているデータは実験で決定された構造のみであり、理論モデルは除外されています。このディレクトリにはその除外された理論モデル構造のPDBファイルが保管されています。

例:PDBID 163dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/model/pdb163d.ent.gz

[nmr]

NMR restraintファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints/ にある内容と同じです。

例:PDBID 108dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/nmr/108d.mr.gz

[nmr_chemical_shifts]

NMRで解かれた構造の化学シフト情報ファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_chemical_shifts/ にある内容と同じです。

例:PDBID 2l7eの場合

ftp://ftp.pdbj.org/nmr_chemical_shifts/2l7e_cs.str.gz

[nmr_v2]

NMR restraint version 2ファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/ にある内容と同じです。

例:PDBID 108dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/nmr_v2/108d_mr.str.gz

[pdb]

PDBフォーマットファイルです。gzip形式で圧縮されています。/pub/pdb/data/structures/all/pdb にある内容と同じです。PDBフォーマットの書式については http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html をご覧下さい。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/pdb/pdb100d.ent.gz

[pdb_h]

オリジナルのPDBフォーマットファイルから座標情報部分を取り除いたものです。gzip形式で圧縮されています。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/pdb_h/pdb100d.ent.gz

[pdb_nc]

gzip圧縮されていないオリジナルのPDBフォーマットファイルです。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/pdb_nc/pdb100d.ent

[structure_factors]

オリジナルの構造因子ファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/structure_factors/ にある内容と同じです。

例:PDBID 100dの場合

ftp://ftp.pdbj.org/structure_factors/r100dsf.ent.gz

[prd]

[prdcc]

[pub/emdb]

wwPDB各局(wwPDB, RCSB PDB, PDBe and PDBj)共通コンテンツのEMDBアーカイブデータ

doc

obsoleted

structures

[pub/pdb]

wwPDB各局(wwPDB, RCSB PDB, PDBe and PDBj)共通コンテンツのPDBアーカイブデータ

compatible/pdb_bundle

巨大構造エントリーは、旧来から利用されているPDBフォーマットでは原子数や鎖数を扱い切れないため、 多くの旧来からあるソフトウェアが処理できるようにするため、複数のPDBフォーマットファイルに変換したファイル群が提供されています。
このディレクトリには、複数の著者、引用文献の詳細、座標データ等、巨大構造に対して”可能な範囲で表現された(best-effort, minimal)”制限付きPDBフォーマットファイル(群)と 巨大構造の鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルを１つにまとめて圧縮した、PDB bundleファイルが置かれています。
各エントリーのPDB bundleファイルは、PDB IDの２文字（2文字目と3文字目）を名前にもつディレクトリに分類されています。
例えば、1ABCのPDB bundleファイルは、/pdb/compatible/pdb_bundle/ab/1abc/というディレクトリに公開されています。
PDB bundleファイルは、gzip フォーマットで圧縮されています。(例：1abc-pdb-bundle.tar.gz)

data

• biounit

• bird

• component-models

• monomers

  • components.cif 化合物辞書に登録されている全エントリーの構造データを一つにつなげたmmCIFファイルです。
  • components.cif.gz 前項をgzip圧縮したものです。
  • components_iupac.cif 化合物辞書に登録されている全エントリーの構造データを一つにつなげたmmCIFファイルです。
  • components_iupac.cif.gz 前項をgzip圧縮したものです。

• status

• structures

  原子座標などの構造データです。

  • all

    各データがそれぞれgzip圧縮され、全てのエントリーが一つのディレクトリに格納されています。

    • XML

      PDBMLファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/XML/100d.xml.gz

    • XML-extatom

      PDBMLファイル（gzip圧縮、座標情報のみ）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/XML-extatom/100d-extatom.xml.gz

    • XML-noatom

      PDBMLファイル（gzip圧縮、座標情報以外のみ）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/XML-noatom/100d-noatom.xml.gz

    • mmCIF

      mmCIFファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/mmCIF/100d.cif.gz

    • nmr_chemical_shifts

      NMR化学シフト情報ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 2l7eの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/nmr_chemical_shifts/2l7e_cs.str.gz

    • nmr_restraints

      NMR restraintファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 108dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints/108d.mr.gz

    • nmr_restraints_v2

      NMR restraintバージョン2ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 108dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/108d.mr.str.gz

    • pdb

      PDBフォーマットファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/pdb/pdb100d.ent.gz

    • structure_factors

      構造因子ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/structure_factors/r100dsf.ent.gz

  • divided

    各データはgzip圧縮され、PDBIDの真ん中２文字（2,3文字目）ごとにディレクトリを分けて格納されています。データはallにあるものと同一です。

    • XML

      PDBMLファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML/00/100d.xml.gz

    • XML-extatom

      PDBMLファイル（gzip圧縮、座標情報のみ）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML-extatom/00/100d-extatom.xml.gz

    • XML-noatom

      PDBMLファイル（gzip圧縮、座標情報以外のみ）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML-noatom/00/100d-noatom.xml.gz

    • mmCIF

      mmCIFファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/mmCIF/00/100d.cif.gz

    • nmr_chemical_shifts

      NMR化学シフト情報ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 2l7eの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_chemical_shifts/l7/2l7e_cs.str.gz

    • nmr_restraints

      NMR restraintファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 108dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_restraints/08/108d.mr.gz

    • nmr_restraints_v2

      NMR restraintバージョン2ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 108dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_restraints_v2/08/108d.mr.str.gz

    • pdb

      PDBフォーマットファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/00/pdb100d.ent.gz

    • structure_factors

      構造因子ファイル（gzip圧縮）

      例:PDBID 100dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/structure_factors/00/r100dsf.ent.gz

  • models

  • obsolete

    廃止されたエントリーのデータです。

    • XML ... PDBMLファイル（全データ、gzip圧縮）

      例：PDBID:415dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/XML/15/415d.xml.gz

    • mmCIF ... mmCIF形式のファイル（gzip圧縮）

      例：PDBID:415dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/mmCIF/15/415d.cif.gz

    • nmr_restraints ... NMR restraintファイル

      例：PDBID:228dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/nmr_restraints/28/228d.mr.gz

    • pdb…PDB形式のファイル（gzip圧縮）

      例：PDBID:415dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/15/pdb415d.ent.gz

    • structure_factors…構造因子ファイル（gzip圧縮）

      例：PDBID:415dの場合

      ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/structure_factors/15/r415dsf.ent.gz

derived_data

doc

software

validation_reports

全てのX線結晶構造についての検証レポートファイル群。
各エントリーのファイル群は、PDB IDの２文字（2文字目と3文字目）を名前にもつディレクトリに分類されています。
例えば、1ABCのレポートは、/pdb/validation_reports/ab/1abc/というディレクトリ以下で公開されています。
ファイルは全て、gzip フォーマットで圧縮されています。

各エントリーごとに、５種類のファイルが公開されています。

• 標準版のwwPDB検証レポート（PDF）　(例：1abc_validation.pdf.gz)
• 完全版のwwPDB検証レポート（PDF）　(例：1abc_full_validation.pdf.gz)
• 全体的な品質を表す画像（PNG）　(例：1abc_multipercentile_validation.png.gz)
• 全体的な品質を表す画像（SVG）　(例：1abc_multipercentile_validation.svg.gz)
• 全ての診断を含むXML形式ファイル (XML) (例：1abc_validation.xml.gz)

status

毎週の更新で新規追加、更新、廃止・他のIDへの置換が行われたエントリーの情報が書かれたテキストファイル群が置かれています。

obsolete.dat

これまでに廃止または他のIDへの置換が行われたエントリーの一覧が以下に示すような PDBフォーマットに似た固定長の書式で記載されています。

 LIST OF OBSOLETE COORDINATE ENTRIES AND SUCCESSORS
OBSLTE    31-JUL-94 116L     216L
OBSLTE    15-APR-98 125D     1AW6
OBSLTE    20-SEP-99 14PS     1QJB
OBSLTE    30-OCT-78 151C     251C
OBSLTE    15-JAN-91 156B     256B
OBSLTE    08-JUL-08 179L     
OBSLTE    07-DEC-04 1A0V     1Y46
OBSLTE    07-DEC-04 1A0W     1Y4F
OBSLTE    07-DEC-04 1A0X     1Y4G
...

2行目以降についての詳細な仕様は以下の通りです。

列	内容	例
1-6	データ種識別子。「OBSLTE」固定	OBSLTE
11-19	更新年月日。[日付2桁]-[3文字月名]-[西暦下2桁]	31-JUL-94
21-24	更新・廃止対象エントリーのPDBID	116L
30-33	置換後のPDBID。廃止時は記入されない	216L

[yyyymmdd]ディレクトリ

yyyy年mm月dd日（yyyyは西暦4桁、mmは月2桁、ddは日2桁）の更新で追加、更新、廃止または置換されたエントリーのPDBIDを1行に1つずつ記した以下のファイル群が置かれています。

ファイル名	内容
added.pdb	新たに追加されたエントリーのPDBID
added.sf	新たに構造因子（Structure Factor）情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID
added.nmr	新たにNMR距離制限情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID
added.cs	新たに化学シフト（Chemical Shift）情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID
added.models	新たに追加された理論モデルエントリーのPDBID※
modified.pdb	情報が更新されたエントリーのPDBID
modified.sf	構造因子（Structure Factor）情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID
modified.nmr	NMR距離制限情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID
modified.cs	化学シフト（Chemical Shift）情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID
modified.models	更新された理論モデルエントリーのPDBID※
obsolete.pdb	廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID
obsolete.sf	構造因子（Structure Factor）情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID
obsolete.nmr	NMR距離制限情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID
obsolete.cs	化学シフト（Chemical Shift）情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID
obsolete.models	廃止または別IDのエントリーに置換された理論モデルエントリーのPDBID※

※現在、理論モデルの新たな受付は行っておらず、既存の理論モデルエントリーもPDBのメインアーカイブからは外されています。 これまでに登録されたすべての理論モデルエントリー一覧はこちらに掲載しています。

latest

最新の更新情報が書かれたディレクトリへのリンク