5-5j) リガンドの特定処理において、ミスマッチを指摘されています。どうすれば良いですか?- wwPDB D&A FAQ -
化合物辞書(CCD)に登録済みのリガンドIDが登録構造中のリガンドで使用され、構造が完全には一致しない場合、ミスマッチが指摘されます。
「選択したリガンドを調べる(Inspect Selected Ligands)」を選択後、提案される選択肢の中から適切なものを選択してください。
- 登録構造中のリガンドの構造は、CCDの定義通りである場合・・・“Use originally proposed ID of YYY” (ここでYYYはCCDに定義され、登録構造にも含まれるリガンドID)
- 登録構造中のリガンドは、CCDに登録済みの別のIDを持つリガンドと一致する場合・・・“Use exact match ID of XXX instead of originally proposed ID” (ここでXXXは提案されたリガンドID)
- 登録構造中のリガンドがCCDに登録されておらず、新しいリガンドとして登録する場合・・・“Provide us with information about the ligand”
作成日: 2015-10-15