6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？ - validation FAQ -

wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは、よく似た化学環境をもったCSD低分子構造を同定し、測定値に対する分布を見つけます。