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検索

PDBjのChemieサービスを使うと、PDBエントリー中に見られる蛋白質や核酸以外の化合物に対して、更に詳しく調べることができます。 化合物は、PDBjのChemie search(化合物の検索)を使って検索することができます。
PDBj のChemie Search(化合物の検索)サービス
検索できる項目は次の通りです。
  • 簡易検索 (全ての化合物項目とメタデータの検索)
  • コード (3文字表記の化合物ID)
  • 分子名
  • 化学式
  • SMILES 表現
  • InChi 表現
注釈:
  • 簡易検索のクエリ中でワイルドカード「*」を使用すると、部分的にテキストが一致する結果が得られます。 例えば、"pyridinyl*"で検索すると、pyridinylから始まる化合物の結果が得られます。
  • 分子名で検索する場合は、ワイルドカード検索が自動的に行われます。
  • SMILES項目を使用して検索を行うと、SMILES表現が化学的フィンガープリントに変換され、完全一致と部分一致に対する検索が行われます。 あるいは、全文検索を行う場合は、”簡易検索”を使用して、クエリの先頭に”@smiles”を追加してください。
  • InChI表現は、常に全文検索の方法で検索が行われます。

検索結果

ページ上部の検索ボックスを使って検索すると、デフォルトでは簡易検索が行われます。 検索結果は、MineのPDB検索結果とよく似たレイアウトで表示されます。
PDBj のChemie Search(化合物の検索)結果 (クエリ"*"(ワイルドカード)では、全てがマッチします)

探究

検索結果のエントリー(化合物コード)を選択すると、MineのPDBエントリーとよく似たレイアウトで、更に詳細な情報が表示されます。
PDBj Chemie エントリー "000"の例
各エントリーごとに3つのタブがあります。
  • 1番目のタブには、化合物の概要が示されます
  • 2番目のタブには、幾何学データが示されます(結合長や結合角、ねじれ等)
  • 3番目のタブには、この化合物を含む、全てのPDBエントリーの一覧が表示されます
右側のメニューには、化合物分子の2次元表現(SVGフォーマット)と、 Molmilを使った対話的な3次元表現が示されています。 "+"アイコンをクリックすると、2次元又は3次元の画像が、別の大きいウインドウで開きます。

化合物辞書に関して詳しくはwwPDBの化合物辞書のページをご覧下さい。

2014-08-21 (last edited: more than 1 year ago)2015-11-06
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