PDB-4c08: Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c08

タイトル

Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with CaCl2 at 1.34 Angstroms

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.338 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Mailliot, J. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Functional Insights from High Resolution Structures of Mouse Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Bonnefond, L. / Stojko, J. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Wurtz, J.M. / Cianferani, S. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c08.cif.gz	210.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c08.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c03C 4c04C 4c05C 4c06C 4c07C 2y1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c07-1 4c06-1 5fqn-1 4c04-1 4qqk-1 6sq4-d 5e8r-d 6sqh-d 4hc4-1 4c05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.325, 79.325, 118.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT6 分子量: 42321.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.21 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS PH 8.0, 200 MM CACL2, 19% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→33.98 Å / Num. obs: 81559 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.99
反射シェル	解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1W

2y1w

解像度: 1.338→33.983 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1642	4077	5 %
R_work	0.1405	-	-
obs	0.1417	81555	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.338→33.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2553	0	21	314	2888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.232	3697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.482	1020
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3382-1.3539	0.3956	122	0.3002	2310	X-RAY DIFFRACTION	87
1.3539-1.3705	0.3285	137	0.278	2609	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3705-1.3878	0.2782	140	0.2479	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3878-1.4061	0.2302	140	0.2021	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4061-1.4253	0.2071	141	0.1787	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4253-1.4457	0.1794	141	0.1663	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4457-1.4673	0.2001	141	0.1525	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4673-1.4902	0.1714	142	0.149	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4902-1.5146	0.1761	141	0.1279	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5146-1.5407	0.1758	142	0.1368	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5407-1.5688	0.1332	140	0.12	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5688-1.5989	0.1538	142	0.1176	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5989-1.6316	0.1394	141	0.1115	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6316-1.667	0.1426	140	0.1065	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.667-1.7058	0.1645	141	0.1133	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7058-1.7485	0.1283	142	0.115	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7485-1.7957	0.1768	142	0.1151	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7957-1.8486	0.1486	143	0.1188	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8486-1.9082	0.1426	140	0.118	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9082-1.9764	0.1619	141	0.1207	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9764-2.0556	0.1359	141	0.1217	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0556-2.1491	0.1438	143	0.1223	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1491-2.2624	0.1493	141	0.1222	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2624-2.4041	0.1521	142	0.1315	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4041-2.5897	0.1484	140	0.1365	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5897-2.8502	0.1694	143	0.1486	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8502-3.2623	0.1841	142	0.1596	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2623-4.109	0.1667	142	0.1385	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.109-33.9938	0.1661	144	0.1567	2737	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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