PDB-4c06: Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c06

タイトル

Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with MgCl2

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ARGININE METHYLTRANSFERASE /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Mailliot, J. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Functional Insights from High Resolution Structures of Mouse Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Bonnefond, L. / Stojko, J. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Wurtz, J.M. / Cianferani, S. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c06.cif.gz	209 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c06.ent.gz	169 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c03C 4c04C 4c05C 4c07C 4c08C 2y1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fqo-1 5fqn-1 4c05-1 4c08-1 5lv5-1 4hc4-1 6sqh-d 4c07-1 4c04-1 6wad-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.758, 79.758, 118.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2247- HOH

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT6 / 分子量: 42321.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40.92 Å / Num. obs: 48039 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.29
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1W

2y1w

解像度: 1.6→40.923 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	2403	5 %
R_work	0.1554	-	-
obs	0.1573	48036	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2567	0	1	355	2923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.279	3639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.285	993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6004-1.6331	0.2973	125	0.2962	2247	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6331-1.6686	0.3045	125	0.2764	2527	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6686-1.7074	0.2807	146	0.2557	2658	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7074-1.7501	0.2855	140	0.2322	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7501-1.7975	0.2786	144	0.2188	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7975-1.8504	0.2404	144	0.2088	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8504-1.9101	0.2387	144	0.1969	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9101-1.9783	0.2153	141	0.1695	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9783-2.0576	0.2033	145	0.1628	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0576-2.1512	0.206	143	0.1522	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1512-2.2646	0.1929	144	0.1476	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2646-2.4065	0.1808	143	0.1431	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4065-2.5922	0.1812	143	0.1415	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5922-2.8531	0.182	144	0.1502	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8531-3.2658	0.1876	144	0.1481	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2658-4.1139	0.1774	144	0.1307	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1139-40.9363	0.1615	144	0.1335	2766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8109	-2.2755	-3.8997	7.2146	7.4651	9.0424	0.7469	-0.4965	-0.0334	0.2053	-0.5321	-0.2111	-1.5012	-0.0747	-0.1042	0.8147	0.0031	-0.0898	0.636	-0.0113	0.404	41.828	-18.6206	-1.3077
2	2.2335	-0.4335	1.6915	1.7944	0.3082	3.4969	0.2026	0.0893	-0.3946	0.0197	-0.0373	0.0945	0.3095	-0.0469	-0.1057	0.1459	0.0019	0.0095	0.1368	-0.0042	0.1962	17.1974	-17.8113	6.9756
3	2.3506	2.4473	1.3555	4.5261	2.2331	2.067	0.0184	0.0986	-0.0759	-0.1546	-0.1256	0.1847	-0.027	-0.1164	0.1062	0.1199	0.0379	0.0087	0.1591	-0.0032	0.1571	12.1286	-4.5546	3.4409
4	6.4539	2.4521	2.9804	0.9088	1.1158	1.361	0.0783	0.1068	0.1356	0.1254	0.0093	0.0198	0.0568	0.0612	-0.0873	0.2003	0.0344	0.013	0.2657	-0.0065	0.2232	44.3763	18.5179	11.3326
5	4.3752	-0.6955	0.9256	5.8917	1.3743	7.584	-0.0424	-0.4287	0.0833	0.3737	-0.0275	0.1403	-0.153	0.0141	0.009	0.1642	-0.0478	0.0641	0.0629	0.0443	0.0862	21.4833	11.779	15.6497
6	1.5769	0.5692	-0.2094	2.5339	0.1011	1.2026	0.051	0.0009	0.1568	0.0677	-0.0099	0.1305	-0.114	-0.0341	-0.0378	0.1308	0.0178	0.0373	0.1436	0.0141	0.1294	18.8559	11.0474	11.3556
7	2.8313	1.2677	0.5637	6.0915	1.6892	5.7874	0.1468	0.2158	0.0918	-0.2716	-0.0658	-0.0999	-0.1532	-0.0882	-0.0856	0.1455	0.0113	0.0501	0.1615	0.0677	0.1315	22.0953	15.993	0.0471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 48:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 55:147)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 148:201)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 202:240)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 241:258)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 259:342)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 343:377)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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