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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fqn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with SAH at 1.65 Angstroms | ||||||
要素 | PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AR3 methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity ...histone H2AR3 methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / protein modification process / 細胞老化 / histone binding / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.657 Å | ||||||
データ登録者 | Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Strcutures of Prmt6 in Complex with Sah in Alternative Conformations 著者: Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Cavarelli, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fqn.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fqn.ent.gz | 61.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44355.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PNEA-VH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | L315P NATURAL VARIANT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS PH 8.0 200 MM MGCL2 12% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日 詳細: A CONVEX PREFOCUSSING MIRROR AND A KIRKPATRICK- BAEZ PAIR OF FOCUSSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40.8 Å / Num. obs: 43482 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.724 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4C08 解像度: 1.657→40.772 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.657→40.772 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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