PDB-4c07: Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c07

タイトル

Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with CaCl2 at 1.5 Angstroms

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Mailliot, J. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Functional Insights from High Resolution Structures of Mouse Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Bonnefond, L. / Stojko, J. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Wurtz, J.M. / Cianferani, S. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c07.cif.gz	203.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c07.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c03C 4c04C 4c05C 4c06C 4c08C 2y1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c04-1 5fqn-1 4c08-1 5e8r-d 4hc4-1 6sq4-d 5fqo-1 4c06-1 6wad-1 5lv5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.740, 79.740, 118.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT6 分子量: 42321.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.01 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 100 MM HEPES PH 8.0, 200 MM CACL2, 12% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARRERESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.44
反射	解像度: 1.5→40.86 Å / Num. obs: 58495 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.59
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1W

2y1w

解像度: 1.499→40.857 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1573	2943	5 %
R_work	0.1327	-	-
obs	0.1421	58495	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→40.857 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	0	6	259	2827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	3559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.747	959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4998-1.5256	0.2895	138	0.2816	2429	X-RAY DIFFRACTION	82
1.5256-1.5534	0.2766	128	0.2608	2667	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5534-1.5832	0.2471	149	0.247	2742	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5832-1.6156	0.2653	150	0.2399	2772	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6156-1.6507	0.241	139	0.209	2809	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6507-1.6891	0.208	149	0.2061	2777	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6891-1.7313	0.2242	149	0.2037	2809	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7313-1.7781	0.1913	153	0.1915	2823	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7781-1.8305	0.2043	147	0.1868	2803	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8305-1.8895	0.2028	144	0.172	2781	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8895-1.9571	0.188	146	0.1688	2813	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9571-2.0354	0.1749	149	0.1568	2812	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0354-2.128	0.1878	145	0.1588	2782	X-RAY DIFFRACTION	95
2.128-2.2402	0.1687	147	0.15	2803	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2402-2.3805	0.15	152	0.1468	2820	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3805-2.5643	0.1563	146	0.1407	2806	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5643-2.8223	0.1547	148	0.1318	2826	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8223-3.2304	0.1639	147	0.1218	2794	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2304-4.069	0.1373	150	0.0968	2843	X-RAY DIFFRACTION	95
4.069-35.4224	0.1139	150	0.0893	2840	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4068	-6.0101	-6.2423	4.9139	4.9806	5.4536	0.581	0.148	0.8363	-0.5947	0.281	-0.3355	-0.7477	-0.1887	-0.7853	0.3663	-0.0113	0.0668	0.3089	-0.0193	0.2742	40.9073	-17.4307	-1.4257
2	1.9726	-0.4252	0.4077	1.8473	0.3275	2.8142	0.1002	0.0957	-0.2031	0.0291	0.0013	0.0572	0.1755	-0.0882	-0.0587	0.0758	0.0001	-0.0007	0.0917	0.0007	0.135	17.2316	-17.7559	7.0332
3	1.1303	1.075	0.5053	2.6565	1.1673	1.3475	0.0443	0.0826	-0.0332	-0.0075	-0.0823	0.1391	0.0282	-0.0927	0.0353	0.0664	0.0245	0.002	0.1117	0.0033	0.1342	12.0843	-4.518	3.5802
4	6.2669	3.1817	3.4078	1.7461	1.8823	2.0306	0.0412	0.0245	0.0278	0.0902	0.0355	0.048	0.0314	0.05	-0.0777	0.0978	0.0192	0.0177	0.1387	-0.002	0.1437	44.1504	18.4085	11.4005
5	2.3995	-0.9942	0.1391	5.8661	1.1973	5.9412	0.0719	-0.3139	0.1425	0.2176	-0.044	-0.075	-0.1271	0.0211	-0.0399	0.1006	-0.0412	0.0504	0.0206	0.0326	0.0863	21.4956	11.7565	15.6106
6	1.4718	0.7367	0.2675	2.3827	0.4761	0.9516	0.031	0.0125	0.0699	0.0606	-0.0157	0.0456	-0.0729	-0.0033	-0.0141	0.0826	0.0201	0.0363	0.0936	0.0108	0.1078	18.6664	10.9962	11.5267
7	2.8123	0.9616	0.4347	5.6794	3.3312	5.2499	0.0282	0.0721	0.0906	-0.2608	0.0079	-0.0154	-0.2478	-0.0092	-0.0232	0.091	0.0004	0.0361	0.1049	0.0538	0.1149	22.143	16.0056	-0.0462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 49:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 55:147)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 148:201)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 202:240)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 241:258)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 259:342)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 343:377)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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