PDB-4c04: Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c04

タイトル

Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with inhibitor

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.576 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Mailliot, J. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Functional Insights from High Resolution Structures of Mouse Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Bonnefond, L. / Stojko, J. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Wurtz, J.M. / Cianferani, S. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c04.cif.gz	208.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c04.ent.gz	167.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c03C 4c05C 4c06C 4c07C 4c08C 2y1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c07-1 5fqn-1 4c08-1 6sq4-d 4hc4-1 5fqo-1 6wad-1 5e8r-d 4c06-1 5hzm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.835, 78.835, 118.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT6 / 分子量: 42321.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 100 MM HEPES PH 7.0, 200 MM MGCL2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→33.79 Å / Num. obs: 49529 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.84
反射シェル	解像度: 1.58→1.63 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1W

2y1w

解像度: 1.576→33.792 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	2478	5 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.1527	49522	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.576→33.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2571	0	27	224	2822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.321	3702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.246	1001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5762-1.6066	0.3148	133	0.2759	2455	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6066-1.6394	0.3117	137	0.2405	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6394-1.675	0.273	138	0.2231	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.675-1.714	0.2767	138	0.209	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.714-1.7568	0.2247	137	0.1958	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7568-1.8043	0.2378	137	0.1825	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8043-1.8574	0.2236	140	0.1762	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.9174	0.1985	134	0.1704	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9174-1.9859	0.2077	140	0.1575	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0654	0.1873	140	0.1533	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0654-2.1594	0.1896	137	0.1467	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1594-2.2732	0.1706	135	0.1401	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2732-2.4156	0.1594	138	0.1359	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4156-2.602	0.1863	139	0.1451	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.8637	0.1726	139	0.1477	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8637-3.2778	0.1908	137	0.1526	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2778-4.1286	0.1621	140	0.1335	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1286-33.7993	0.1703	139	0.1394	2664	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.423	-2.5228	-4.175	3.0106	4.9096	8.0412	0.402	-0.1371	-0.0481	1.2589	-0.381	-0.1	-2.0177	0.2938	-0.0302	0.8419	-0.0185	0.0033	0.6681	-0.0005	0.4515	41.0643	-18.8291	-0.8727
2	2.5567	-0.527	0.9054	1.9992	0.2746	3.2833	0.1472	0.0913	-0.2863	0.0301	-0.0415	0.0959	0.1825	-0.0411	-0.0858	0.1455	0.0028	0.0135	0.1671	-0.0044	0.1984	17.0734	-17.7921	7.5105
3	2.3431	2.5926	1.241	4.7166	2.0559	1.7436	0.0332	0.1196	-0.0652	-0.1091	-0.0932	0.2123	0.0023	-0.0909	0.0695	0.1411	0.0475	-0.0057	0.1986	0.0038	0.1703	11.9845	-4.455	3.9741
4	7.1987	2.6754	3.5119	0.5001	1.0639	1.1681	0.0634	0.2388	0.1419	0.0746	0.0085	0.0504	0.0091	0.0707	-0.0695	0.221	0.0199	0.0145	0.3398	-0.003	0.2532	44.0458	18.7296	11.8138
5	3.1809	-0.0601	2.037	6.9754	2.2624	7.5476	-0.0089	-0.3864	0.1964	0.3146	-0.0806	-0.0167	-0.0469	0.0335	0.0568	0.164	-0.0312	0.0566	0.0616	0.0561	0.0813	21.4129	11.7384	16.0002
6	1.7407	0.6698	-0.1607	2.6133	0.1257	1.2725	0.0439	0.0264	0.1635	0.1092	-0.0167	0.1632	-0.1106	-0.042	-0.0206	0.1353	0.0188	0.0344	0.1553	0.0148	0.1259	18.5263	11.0187	11.9899
7	3.5849	0.9301	0.5008	2.511	2.1165	7.9889	0.1587	0.2942	0.1182	-0.4298	-0.1868	0.0208	-0.2569	-0.1623	0.007	0.1557	0.0101	0.0435	0.2145	0.0834	0.1804	21.5127	16.2851	0.634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 48:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 55:147)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 148:201)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 202:240)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 241:258)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 259:342)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 343:376)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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