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- PDB-3r18: Chicken sulfite oxidase double mutant with altered activity and s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r18
タイトルChicken sulfite oxidase double mutant with altered activity and substrate affinity
要素Sulfite oxidase亜硫酸オキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / molybdenum (モリブデン) / molybdopterin (モリブドプテリン) / sulfite oxidase (亜硫酸オキシダーゼ) / nitrate reductase (硝酸レダクターゼ) / oxotransferase / metal binding (金属) / nitrogen assimilation
機能・相同性
機能・相同性情報


亜硫酸オキシダーゼ / sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / ミトコンドリア / heme binding / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Oxidoreductase, molybdopterin binding site ...Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Immunoglobulin E-set / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM ATOM / Chem-MTE / 亜硫酸オキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Qiu, J.A. / Wilson, H.L. / Rajagopalan, K.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure-based alteration of substrate specificity and catalytic activity of sulfite oxidase from sulfite oxidation to nitrate reduction.
著者: Qiu, J.A. / Wilson, H.L. / Rajagopalan, K.V.
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4173
ポリマ－50,9261
非ポリマー4912
水3,567198
1
A: Sulfite oxidase
ヘテロ分子

A: Sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8356
ポリマ－101,8522
非ポリマー9834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.623, 85.623, 153.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sulfite oxidase / 亜硫酸オキシダーゼ


分子量: 50926.117 Da / 分子数: 1 / 断片: rCSO 2NR residues 94-466 / 変異: Y322N, R450M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SULFITE OXIDASE, SUOX / プラスミド: PTRC99A RCSO 2NR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: P07850, 亜硫酸オキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#3: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE UNIPROT SEQUENCE FOR P07850 CONTAINS A NUMBER OF ENTRIES THAT WERE CORRECTED IN PDB ENTRY 1SOX. ...THE UNIPROT SEQUENCE FOR P07850 CONTAINS A NUMBER OF ENTRIES THAT WERE CORRECTED IN PDB ENTRY 1SOX. THE CLONED GENE USED IN THIS STUDY HAS THE SAME CORRECTIONS AS REPORTED IN KARAKAS ET AL. J BIOL CHEM. 2005 SEP 30;280(39):33506-15.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% PEG 10,000 (W/V), 10 mM barium chloride dihydrate, 100 mM ammonium acetate, 100 mM bis-TRIS propane pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.51 Å / Num. all: 21499 / Num. obs: 21499 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A99

2a99


解像度: 2.4→47.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.152 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1098 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.269 20379 --
obs0.167 20379 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 25 198 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9664109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89622.5132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60515435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.611530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4921.51870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97123021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62931128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7464.51087
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 86 -
Rwork0.243 1428 -
obs--94.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40480.06860.22860.75810.07122.2169-0.0412-0.05310.08070.03310.03920.1248-0.0861-0.43110.00190.11880.0645-0.0110.16750.00230.0527-25.3-1.99443.146
21.68740.11030.10781.1853-0.84274.56-0.0605-0.0824-0.07290.13020.043-0.0374-0.0624-0.04990.01750.0985-0.00640.01620.0692-0.01110.0867-13.733-5.00448.128
31.19040.2078-0.12870.4095-0.17332.019-0.0191-0.0345-0.1659-0.0108-0.0312-0.00260.1624-0.19250.05030.16490.0116-0.01120.1093-0.00630.0431-16.357-8.87744.15
42.08970.66620.16911.4828-0.02351.7733-0.09650.37670.3847-0.19850.07680.1411-0.311-0.20640.01970.17180.0532-0.02270.13480.07060.0714-9.079.97726.426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A94 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2A197 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 352
4X-RAY DIFFRACTION4A353 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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