PDBjランチョンセミナー この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください） 日時 平成27年9月13日（日）11：50－12：40 会場（部屋名) 金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館、 Room I（Lecture Room B） 席数 100席 <演者・演題> - 演者1：岩崎 憲治（大阪大学 蛋白質研究所） "Rapid advancement of high-resolution cryo-EM intrudes a database of atomic ...

2015年9月3日（木）、弘前大学にて開催された統合データベース講習会・AJACS津軽にて、立体構造データベースの講義（初心者向け）を行いました。（詳細）

10月3日（土）、大阪大学会館（豊中）にてwwPDB主催国際シンポジウムを開催いたします。（詳細...）

このページでは、PDBjサービスの基本的な使用手順について説明します。 [簡易検索（Quick Search）] 検索したい分子について、以下の内容が分かっている場合、 PDBjトップページ から直接検索を行うことができます。 - 分子のPDB ID（一部でも可） - キーワード - 残基配列 - 著者名 手順の詳細については PDBj Mine をご覧下さい。 [詳細検索（Advanced Search）] 簡易検索では指定できない複雑な条件を使って検索したい場合、詳細検索をお使い下さい。 ...

PDBアーカイブデータの２段階公開処理へ、結晶化pHの値が追加されます すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりで ...

PDBとCSDの登録データ対応情報の提供を始めました 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）とケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC http://www.ccdc.cam.ac.uk）より、 PDBに登録されている生体高分子と、PDBのリガンド分子でCSDの低分子X線結晶構造と完全に一致するものとの対応情報を含む新たなデータの提供開始をお知らせします。 PDBに登録されている各分子の化学構造は全て PDB化合物辞書（PDB Chemical Component Dictionary） に ...

初めての All-in-one 合同講習会」が開催されました。" /> 2015年7月18日(土)、大阪大学中之島センターにて、DBCLS/NBDC/PDBj/DDBJ合同講習会が開催されました。(詳細内容)

検索 PDBjのChemieサービスを使うと、PDBエントリー中に見られる蛋白質や核酸以外の化合物に対して、更に詳しく調べることができます。 化合物は、PDBjのChemie search（化合物の検索）を使って検索することができます。 PDBj のChemie Search（化合物の検索）サービス 検索できる項目は次の通りです。 - 簡易検索 (全ての化合物項目とメタデータの検索) - コード (3文字表記の化合物ID) - 分子名 - 化学式 - SMILES 表現 - InChi 表現 注釈 ...

ハイブリッド法に関する論文が出版されました wwPDBは、ハイブリッド法の研究に寄与する様々な実験手法の専門家やハイブリッドモデリングの専門家、アーカイブの専門家から成る wwPDBハイブリッド法委員会（タスクフォース）を設立しました。 2014年10月に開催された第一回目の会議に関する報告書が出版されました。 Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop Structure 23: 1156 ...

2015年7月19日より、X線結晶構造の登録には、wwPDBの新登録ツールのみご利用頂けます。 ADITによる登録受付は完全に終了します。 2015年1月27日付けのニュースでお知らせした通り、 ADITによるX線結晶構造の登録受付は、完全に終了します。 ADITによるX線結晶構造の登録途中のセッションは、それまでに完了してください。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、 登録ツールの提供を開始しました。 ...

PDBj&創薬等支援技術基盤プラットフォームランチョンセミナー この講習会は終了しました 日時 平成27年6月24日（水）11:45-12:45 会場 あわぎんホール4F・D会場 席数 100席 <講習会プログラム> 1. 「日本と世界の蛋白質構造データバンク : PDBj と wwPDB」講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） 2. 「BMRB と他の生命科学系データベースとの統合的検索」講師：小林 直宏（大阪大学 蛋白質研究所） 3. 「HOMCOS: 複合体立体構造の検索・ ...

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント このイベントは終了しました。 PDBj では、大阪大学いちょう祭にてタンパク質分子について知って頂くきっかけとなる様々な展示・実習・実演を行います。 - 開催日時： 2015年5月2日（土）13時－16時30分 - 会場： 大阪大学蛋白質研究所本館１階セミナー室 [Map] （注）会場が変更になりました 「タンパク質分子の『かたち』を見てみよう」 - ３Ｄメガネを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう！ - 紙でタンパク質分子を作ってみよう！ - ３Ｄプリンタ ...

H27年 PDBjing ＆ 創薬等情報拠点講習会 『見てわかるタンパク質－生命科学のための立体構造データの利用法』 のご案内

wwPDBの新登録システムが、PDBjサイトから直接ご利用頂けるようになりました （http://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition）。 データ登録のご案内もご覧ください。

- 基本的な使い方 - PDBデータの書式 - jV（分子Viewer） - Sequence Navigator - Structure Navigator - ASH - eF-site - eF-surf - eF-seek - eProtS - Protein Globe - データ登録のご案内

PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになりました すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を ...

分子構造情報の活用例について紹介した文献が出版されました。出版物ページもご覧ください。 工藤高裕「SCCJ Cafe –Season 4– 分子のかたち (3)『分子構造の活用』」 Journal of Computer Chemistry, 14 (1): A3-A5 (2015) [doi:10.2477/jccj.2015-0004]

PDBj が公開している蛋白質分子表面データベース(eF-site)をMolmil viewerによりタブレット端末等でも見ることができるサービスを開始しました

検索サービス > PDBj Mine > RESTインタフェース > PDBjウェブサイト検索 PDBjウェブサイト内の内容を検索します。 URLhttps://pdbj.org/rest/webSearch 入力 - query: 検索クエリ（文字列、必須） - limit: 取得結果数の上限（自然数、任意） - offset: 結果取得開始位置（自然数、任意、limitと組み合わせて利用） - sortBy: 並べ替え方法（1〜8の自然数、任意、指定がない場合の既定値は1、各値の意味は以下 ...

検索サービス > PDBj Mine > RESTインタフェース > PDBキーワード検索 PDBエントリーをキーワードで検索します。 URLhttps://pdbj.org/rest/quick_search 入力 - query: 検索クエリ（文字列、必須） - fields: 検索対象フィールド（文字列、任意、指定しない場合は要約データベースの全フィールドが検索対象） 返り値各フィールド（カテゴリ）ごとの結果一覧（json形式） 備考PDBjの全データベースから代表的な項目（ID、タイ ...

新しいWebインターフェースでアクセスできるサービスの多くは、RESTインターフェースで動作します。 このRESTインターフェースは、ユーザーに一般公開されています。 また、使い方の例も公開しています。 PDBjのRESTサービスは、/rest/というURLで公開されています。 検索 API URLhttps://pdbj.org/rest/newweb/search/omni 入力 - query: 検索クエリ - fields: 検索対象フィールド（任意、指定しない場合は全フィールドが検索対象 ...

Q) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？ A) 申し訳ございませんが、PDBjからの全データを含むCD-ROMの配布は、2004年版で終了しています。 ftpまたはrysncでダウンロードすることができますのでこちらをご利用下さい。詳細は、PDB Archive/Snapshot Archiveページ をご覧下さい。 なお米国のRCSB-PDBではDVDでの配布を行っています。ご希望される方は、cddvd@rcsb.rutgers.edu までご連絡下さい。 ...

電子密度マップのccp4形式のファイルを公開しました。 PDBj Mineの電子密度マップページからは、httpプロトコルにより、各entryのccp4形式ファイルがダウンロードできます。 また、PDBj FTPサイトからは、電子密度マップをもつエントリー全ての ccp4形式ファイルがダウンロードできます。なお、電子密度マップをもつエントリー一覧については、 FTPサイトにある、'edmap.list'をご利用ください。

2015年4月10日より、PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになります。 2015年4月10日より、毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなります。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列 ...

理論モデル（Theoretical Models） 2002年7月1日から、PDBは、理論モデルによる座標ファイルを、メインのPDBアーカイブから分離しました。 以降、メインアーカイブには、実験的な手法で解析された構造のみが保管されています。 理論モデルは、PDB FTPサイトからダウンロードできます。 - 理論モデルは全て（公開中及び廃止されたエントリー）FTPアーカイブ中の別の場所に保管されています。(pub/pdb/data/structures/models/current, pub/pdb/ ...