本日2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になりました。 X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられます。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを広範囲に収集できるため、構造の ...

2019/6/26（水）、第19回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/6/26（水）12:55-13:45 場所 神戸国際会議場（兵庫県神戸市中央区港島中町６丁目９−１）アクセス・Google Map E会場（5F 501） 参加費 無料（別途年会参加費は必要） 参加方法 セミナーへのご参加自体については、学会に参加されていれば特に追加の手続きはありません。 開始時間前になりましたら直接会場にお越しください。 入場は先着順です。満席となりまし ...

このツールを使って、PDBx/mmCIFやmmJSONフォーマットのファイルを、PDBjのMine PDBエクスプローラーサービス上でPDBx/mmCIFファイルが表示されるように、ツリー構造で表示できます。 PDBx/mmCIFに加えてSTARフォーマットのファイルでも動作します。 ファイルを選択し、ファイル種別（STARフォーマットの場合はPDBx/mmCIF、mmJSONフォーマットの場合はPDBx/mmJSON）を選択した後、「Load」ボタンをクリックしてください。 ファイルはサーバにはア ...

CIFフォーマットのマップ係数ファイルは、以下のいずれかの方法でMTZフォーマットへ変換できます。 - CCP4 まずcif2mtzを使ってcifファイルをMTZファイルへ変換し、 mtzutilsを使って、２つのMTZファイルを統合します。 以下の簡単なスクリプトを使えばこの手続きが行えます。生成されたMTZファイルは、Cootの"Auto Open MTZ"オプションで開くことができます。 #!/usr/bin/env sh FILE1=$1 FILE2=$2 OUTPUT_ ...

注目するリガンド（Ligand Of Interest = LOI）は、登録者の研究課題となるものです。検証レポートでは、登録の際に登録者が選択したLOI情報を使用しています。 LOIは、PDBx/mmCIF辞書のカテゴリpdbx_entity_instance_featureに定義されています。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

PDBML は下記文献で最初に紹介された PDBデータの正式なXML形式のフォーマットの一つで PDBx/mmCIF フォーマットをXML形式に変換したものです。 PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML. Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM. Bioinformatics, 2005, 21(7):988-992. ...

PDBML-extatom ファイルには原子座標情報が簡略化された形式で格納されています。 データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。 - http://pdbj.org/schema/pdbx-v50.xsd 正式なPDBMLファイル（allatomファイル）では、原子座標情報は以下のように表記されています。 例：atom_site 要素

PDBML-noatom ファイルは PDBML ファイルから原子座標情報（atom_siteCategory要素）だけを取り除いたものです。 データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。 - http://pdbj.org/schema/pdbx-v50.xsd 以下のページに別形式のPDBMLについて記しています。合わせてご覧下さい。 - PDBML - PDBML-extatom

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー4uv7の鎖ID（auth_asym_id、lable_asym_id）、エンティティID、エンティティ名、鎖の種別（高分子かどうか）を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id entity_id, e1.pdbx_description chain_name, e1.type FROM entity e1 WHERE e1.pdbid='4uv7') ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、label_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id entity_id, e1.pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE e1.pdbx_ ...

リガンド検証の２次元平面図及びリガンドとその周辺の電子密度マップを表す画像は、 登録者が「Ligand of Interest（注目するリガンド）」として選択したリガンドに対しては評価結果に関わらず表示され、また、 分子量が250ダルトンより大きいリガンドに対しては、構造化学的に標準値から外れた値を持つリガンドに対してのみ表示されます。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

cifファイルを使う場合、２段階のプロセスで行います。 1. cifファイルをMTZファイルへ変換します。 (7.5節をご覧ください) 2. Cootでは、オプション「Auto open MTZ」を使って、先に変換したMTZファイルを読み込みます。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

wwPDBが最近行った検証レポートの改良により、リガンドの検証情報が非常に明確になりました。 改良した検証レポートには、リガンドの幾何学的な検証を強調表示した２次元平面図と、結晶解析構造の場合には、電子密度の３次元表示図が含まれます。 また、検証レポートの解析に使用された電子密度マップの係数を登録者に提供します。 リガンドの検証 wwPDBは、Global Phasing社と協力して、wwPDB/CCDC/D3Rリガンド検証ワークショップによって提案されたように、 buster- ...

最新の情報は、wwPDB: wwPDB validation report FAQs （英語）をご覧ください。 1. レポートの種類 2. 検証レポートと登録手続き 3. 検証サーバ 4. 既存のPDBエントリーに対する検証レポート 5. 検証レポートの内容 6. 検証レポートの内容（リガンド） 7. 検証レポートの内容（X線結晶解析） 1. レポートの種類 - 1-1) 検証レポートには、どんな種類がありますか？ - 1-2) "Preliminary"な検証レポートでは、何が ...

この度、Michael G. Rossmann先生ご逝去の知らせを聞いて、wwPDB一同悲しみに包まれるとともに、Rossmann先生のご家族ならびにご友人の方々に心よりお悔やみ申し上げます。 Rossmann先生は、構造生物学の分野で大きな貢献をなさり、また、wwPDBとその活動を支援してくださいました。Rossmann先生への感謝とともにPDBアーカイブへのRossmann先生の貢献について共有したいと思います。 1977年から2019年の間で、Rossmann先生はPDBエントリーを300件以 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 日付 日付に関する情報は以下の項目にあります。 WHERE節を併用し 条件に合ったエントリーの必要情報を取り出すことができます。 項目名 内容 deposition_date エントリーの登録日。 release_date エントリーの公開日。 modification_date エントリーの最終更新日。 update_date データベースレコードの最終更新時刻？ 以下 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 指定した複数のPDBIDそれぞれの公開日を得る 検索はこちら SELECT pdbid,release_date FROM brief_summary WHERE pdbid IN ('1crn','2prg','1gof','1ubq') 要素 内容 brief_summary.release_date エントリーの公開日。 タグ - 主要項目テーブル「brief_summary」を使う - エントリー情報 ...

CiCLE: クライオ電顕単粒子解析 データ処理講習会 開催趣旨：近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電顕画像取得後のデータ処理のノウハウを、実際に計算機を使った講習会形式で体験していただきます。 日本電子のクライオ電子顕微鏡CRYO ARMで撮影された画像を題材として、３次元画像再構成、原子モデルの作成の講義・講習を行います。 主催 医療研究開発革新基盤創成事業( ...

GIRAF は2019年4月30日をもってサービス提供を終了しました。長らくのご利用ありがとうございました。 - The URL - GIRAFの紹介 - GIRAF検索の実行方法 - 条件指定 検索対象を特定の蛋白質サブユニットに限定する（オプション） 電子メール通知（オプション） 検索を実行する - 条件指定 - 検索対象を特定の蛋白質サブユニットに限定する（オプション） - 電子メール通知（オプション） - 検索を実行する - GIRAF検索結果の調べ方 - 結果の並べ替え 全部のヒットを調べる ...

2019年4月30日をもってGIRAFサービスの提供を終了します。長年のご利用ありがとうございました。

結晶構造をPDBへ登録する際にPDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になることをActa Crystallographica Section D (Acta Cryst. D)に発表しました。 著者には、wwPDBの各サイトのメンバーに加えて、主要な結晶構造精密化ソフトウェアの代表も含まれています。 Acta Cryst. Dから出版された論文“Announcing mandatory submission of PDBx/mmCIF format files for ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、lebel_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid,e1.id entity_id,e1.pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE ...

蛋白質構造データバンクの中国における新たなアーカイブ拠点「中国蛋白質構造データバンク」（Protein Data Bank China: PDBc）を設けるにあたり、当拠点の統括責任者を公募します。 この職位は、中国の国立蛋白質科学研究センター上海（NCPSS）、上海科技大学 iHuman研究所、同大学 免疫化学研究所（SIAIS）の兼任となります。採用者は、国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の中心メンバー（米国のRCSB PDB、BMRB、欧州のPDBe、日本のPDBj）と協力し、PDBcが ...

今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は15万件に達し、総数は150,145 となりました。 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、1971年に創設されたPDBアーカイブは大きな節目を迎えることができました。このアーカイブは、世界中の研究者が無償で利用できます。 wwPDBを構成する4つのデータセンターでは、生体高分子の三次元構造のオンラインアクセスを提供しています。これらPDBのサービスは臨床医学、農業、基礎生物学において、病気や ...

2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になります。 2019年7月1日からは、X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられるようになります。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを ...