コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正 最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明され ...

登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries（関連エントリー）”に対応するDOIを記載することが推奨されます。 以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ...

最新の情報は、wwPDB: wwPDB New Deposition and Annotation System-Frequently Asked Questions （英語）をご覧ください。

NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and exchanging data from nuclear magnetic resonance spectroscopic experiments Journal of Biomolecular NMR, ...

PDBjは9/16(水)～9/18(金)にオンライン開催される第58回日本生物物理学会年会において オンライン展示会を開催いたします 日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、生体高分子の立体構造データのデータベースであり、 今年で設立20周年を迎えました。 米国RCSB PDBと欧州PDBeと共にwwPDBを組織し，アジア・中東地区からの構造データの登録を行っています。 本展示会では、２０年を迎えたPDBjと、最近のPDBの動向に加え、 正式なファイル ...

PDBエントリー内の糖鎖に関する新たなデータ表現方法と、高分子構造中における糖鎖の検索性と相互運用性を向上させることを目的とした参照データをPDBデータに組み込みました。 PDBアーカイブにおける糖鎖表現を修正し改良するために、wwPDBでは以下のことを行いました。 - IUPAC-IUBMB勧告にしたがい化合物辞書の命名法を標準化 - オリゴ糖に対するばらつきのない表記法を提供 - 糖鎖科学のコミュニティのツールを使い、このコミュニティで一般的に使われている線形記述法を採用 - PDB構造にお ...

7/29を以って、PDBj FTPサイトにおけるPDBj Mine旧RDBのダンプファイルや週次差分ファイル群(ftp://ftp.pdbj.org/mine/) の提供を終了いたします。 今後は現行のRDBデータファイル群 (ftp://ftp.pdbj.org/mine2/) をご利用ください。 現行のRDBには、validation report(vrpt)の新しいスキーマも加わっています。 vrptについても、PDBj FTP site (ftp://ftp.pdbj.org/mine2/) にて、 ...

PDBjで提供しているデータベースダンプファイルをロードすることにより、 PDBj Mineの関係データベースをローカルにインストールすることができます。 このデータベースダンプファイルは、最新のPostgreSQLで作られています。 今後、ローカルデータベースをインストールし、維持していくための管理用スクリプトなども公開していく予定です。 質問等ございましたら、PDBjのお問い合わせページからお願いします。 必須要件 - 最新のPostgreSQL 12以上が推奨バージョンです(それよ ...

PDBjメンバー - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所 教授） - 宮ノ入 洋平（大阪大学蛋白質研究所 准教授） 外部研究者メンバー - 光岡 薫（大阪大学超高圧電子顕微鏡センター 教授） - 神田 大輔（九州大学 生体防御医学研究所 教授） - 千田 俊哉（高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 教授） - 山本 雅貴（理化学研究所 放射光科学総合研究センター 利用システム開発研究部門 部門長） - 齋藤 純一（協和キリン株式会社低分子医薬研究所 副所長） - Kyeong Kyu Kim ...

日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は2020年7月で設立20周年を迎えました。JST-BIRD（当時）の支援を受けて最初のPDBエントリーの登録処理を行ったのが2000年7月6日です。2000年には，わずか157件であったPDBjでのデータ登録処理数は，RCSB PDBの協力も得て軌道に乗り，2001年には376件，2002年には602件の登録を行いました。2003年にRCSB PDBとPDBeと共にwwPDBを組織し，アジア・オセアニア地区の全データ登 ...

PDBエントリー内の糖鎖に関する新たなデータ表現方法と、高分子構造中における糖鎖の検索性と相互運用性を向上させることを目的とした参照データをPDBデータに組み込みます。PDBアーカイブにおける糖鎖表現を修正し改良するために、wwPDBでは以下のことを行いました。 - IUPAC-IUBMB勧告にしたがい化合物辞書の命名法を標準化 - オリゴ糖に対するばらつきのない表記法を提供 - 糖鎖科学のコミュニティのツールを使い、このコミュニティで一般的に使われている線形記述法を採用 - PDB構造における ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 生物種情報 生物種に関する情報は以下のカテゴリに記載されています。 また、brief_summaryテーブルのbiol_speciesには これらの情報がまとめられています（学名と一般名を空白区切りでつなげた値が入っている）。 カテゴリ名 内容 entity_src_natカテゴリ 分子を直接由来生物種から採取した場合の由来生物種情報 entity_src_genカテゴリ 由来生物種の遺伝情報を利用し、別の宿主生物を利用して分 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBIDを構成する文字が4文字とも数字であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE pdbid ~ '[0-9]{4}' 要素 データ型 内容 brief_summary.pdbid text（文字列） PDBID タグ - 主要項目テーブル「brief_summary」を使う - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 分子情報 項目名 データ型 内容 例 chain_type text[]（文字列の配列） エントリーに含まれる各分子（エンティティ）の分子種別（_entity_poly.type）のリスト chain_type_ids integer[]（整数の配列） エントリーに含まれる各分子の分子種別番号（下記参照）のリスト chain_number integer（整数） エントリーに含まれる高分子 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 PDBj Mine（https://pdbj.org/rdb/search）のSQL検索ではSQLというデータベース問い合わせ言語を使って、データベースに問い合わせを行い結果を得ることができます。 SQL検索では詳細な条件での検索もできますが、利用するにはPDBのデータ構造やSQLの文法についても知識が必要です。PDBj MineデータベースはPDBx/mmCIFのデータ構造に基づいてつくられており、以下のような仕様となっています。 - ...

国や公的機関からの研究費ではまかなえない広報活動を充実・整備することを目的としたPDBjへの寄付窓口を大阪大学未来基金に開設しました。 寄付金は所得税や住民税の控除対象となります。税制上の優遇措置について詳しくはこちらをご覧ください。 皆さまのご支援をお待ちしております。

大阪大学蛋白質研究所では、2000年からPDBjの活動を開始し、欧米と協調して国際的蛋白質構造データバンクを推進し、基礎から応用まで幅広い研究分野に対して蛋白質構造データを国内から発信・供与してまいりました。その業績「国際的蛋白質構造データバンク構築への貢献と統合利用の振興」に対し、2020年4月7日付にて、PDBjの前統括責任者の中村 春木（国立大学法人大阪大学名誉教授）と現統括責任者の栗栖 源嗣（国立大学法人大阪大学蛋白質研究所教授）が、令和2年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞（振興部門）を受 ...

2020年4月15日から、電子顕微鏡データバンク（EMDB）は、一次マップと関連ファイルの公開の前にエントリーのメタデータ （いわゆるXMLヘッダファイル）を公開する手続きを終了します。 EMDBマップの新しい登録に対しては、マップが公開されるまで、メタデータはEMDBのFTPアーカイブに公開されません。 すでにメタデータが公開済みの未公開エントリーについては、マップが公開されるまで、状態に変更はありません。 EMDBは、登録者に、できるだけマップを早く公開するよう求めます。 EMDBヘッダファ ...

NHK

PDBjでは，猛威をふるう新型コロナウイルス感染症（COVID-19）に直接関連する構造情報をまとめて公開しました。 新型コロナウイルス（SevereAcute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）がもつ蛋白質の情報を、 何処よりも早く正確に公開します。 【COVID-19特集ページ】 https://pdbj.org/featured/covid-19 【今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ】 https:// ...

2020年7月に、wwPDBは糖鎖分子の標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データファイルを更新し、PDBデータの発見可能性（Findability）と相互運用可能性（Interoperability）を改善します。 この改善作業に関する詳細情報とPDBx/mmCIF辞書の拡張情報、500件以上のサンプルファイルは、 wwPDBサイトからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり、または視覚化するソフトウェアパッケージの開発者は、変更情報を確認して、必要に応じてソフトウェア ...

2020年2月18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者（PI）は、同じPDBアクセッションコードを保持したままモデル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持できるようになります。 バージョニングプロジェクトの最終段階では、現在のwwPDB OneDepシステムが開始される前に登録された構造についても、バージョン管理機能を拡張しました。 OneDepで登録されたエントリーについては、登録者はまずOneDep登録サイトにログインし、コミュニケーションパネルから、変更したい旨を連絡 ...

PDBデータが、蛋白質構造に基づいた新薬発見の出発点となります。 新型コロナウイルス（2019-nCoVコロナウイルス）由来の3CL加水分解酵素(Mpro)の高分解能の結晶構造を、上海科技大学のRao Zihe氏とYang Haitao氏が率いる研究チームが決定しました。 このウイルスのメインプロテアーゼ構造（PDB 6lu7）が直ちに一般に公開されることで、新たに認識されたヒト病原体に関する研究が進むことが期待されます。 新型コロナウイルス（2019-nCoV）の最近の出現により、WHOは公衆 ...

本日、リニューアルしたEDMapサービスを開始しました。 新しいバージョンのEDMapは、新エントリーについては、最近、wwPDBから導入された電子密度マップ係数を表示します。 既存のエントリーに対しては、古いデータが使われますが、デフォルトのマップ表示領域が、10 Å から25 Å に大きくなるように改良されています。 新エントリーに対しては、wwPDBから提供されているマップ係数 (2fo-fc と fo-fc)の両方、またはどちらかを選べるようになっています。 一方、既存のエントリーに対しては、 ...

Q) entity.typeでは各エンティティー（分子種）ごとにpolymer/non-polymerなどの分子タイプが規程されていますが、その判断基準はどのようになっているでしょうか？ A) 現在、ペプチド鎖の場合は3残基以上、核酸の場合は2塩基以上の分子についてpolymerと規程し登録処理を行っています。ただし、古いPDBエントリーの中にはこの基準に適合しない記述がみられるものもあります。 また糖鎖については現状各糖単位を別々の分子としnon-polymerと規程していますが、近日次のように規 ...